مسئولیت برگزاری آزمون دکتری تخصصی داخل کشور و پذیرش نهایی داوطلبان در حال حاضر به عهده دانشگاه‌ها گذاشته شده و هر دانشگاه به‌صورت مستقل اقدام به پذیرش دانشجویان در دوره دکتری تخصصی می‌کند، بدین صورت که هر داوطلب پس از کسب نمره حد نصاب در آزمون اولیه که معمولا زبان انگلیسی است مجوز حضور در آزمون تخصصی را به‌دست می‌آورد و پس از قبولی در آزمون تخصصی برای مصاحبه دعوت می‌شود.
معمولا 2 یا 3 برابر ظرفیت رشته برای مصاحبه معرفی می‌شوند. نکته مهم اینکه آزمون اولیه(زبان انگلیسی) معمولا 10 تا 15 درصد نمره کلی را دارد و 55تا 60 درصد کل نمره آزمون مربوط به آزمون دوم یا آزمون تخصصی و حدود 30 درصد کل نمره هم برای مصاحبه وسوابق در نظر گرفته می‌شود.
با توجه به عدم یکنواختی آزمون‌ها(خصوصا آزمون تخصصی ومصاحبه) و احتمال اعمال سلایق شخصی، به برخی از مشکلات این روش گزینش دانشجو اشاره می‌شود.
1 - سرفصل‌های درسی دوره فوق لیسانس در هر دانشگاه بسته به سلیقه استاد، متفاوت است و گاهی مبحثی در یک دانشگاه 30ساعت وقت از 50 ساعت درس را پر می‌کند در حالی که در دانشگاه دیگر 10ساعت هم وقت نمی‌گیرد، این مسئله امکان موفقیت فارغ‌التحصیل یک دانشگاه در دانشگاه‌های دیگر را کاهش می‌دهد.
2 - اتلاف وقت بسیار زیاد برای متقاضیان. یک نفر داوطلب رشته عمران برای افزایش شا نس قبولی خود باید در تعداد بیشتری دانشگاه (6 دانشگاه در تهران) برای آزمون دکتری شرکت کند، چون هر دانشگاه حداقل 2 و معمولا 3مرحله آزمون دارد و هر داوطلب باید در فاصله 4 فصل در 18 جلسه امتحانی شرکت کند!
3 - امکان وجود تخلف به علت عدم کنترل دقیق برگه سؤالات بدین صورت که مشاهده شده با توجه به تعداد محدود شرکت‌کنندگان در مرحله آزمون کتبی تخصصی، در مواردی استاد و دانشجو از عدم نظارت دقیق سوء استفاده کرده و احیانا در برگه امتحانی دخل و تصرفاتی انجام می‌شود!
4 - مشخص نبودن دقیق سهمیه پذیرش که این موضوع باعث ابهاماتی در نحوه پذیرش دانشجو شده و بعضی مواقع ظرفیت‌ها(به دلایلی مانند حدنصاب نمره و...) خالی مانده است در حالی که بعد از شروع کلاس‌ها مشاهده می‌شود به‌رغم پذیرش نهایی 3 نفر، 5 نفر در کلاس ثبت نام کرده‌اند!
5 - عدم شفافیت در اعلام نتایج شامل اعلام نشدن نمره خام دروس و همچنین عدم اعلام رتبه داوطلبان به‌صورت کلی و رتبه در هر درس. در حالی که هر متقاضی حق دارد بداند وضعیت درسی او چگونه است، تا برای آزمون‌های بعدی درصورت نیاز تلاش بیشتری کند.
6 - با توجه به اینکه مرحله دوم (یا سوم) آزمون، مربوط به مصاحبه حضوری و سوابق است هر دانشگاه عمدتا به دانشجویان خود نمره بهتری داده و آنها را انتخاب می‌کند.
برای تک تک موارد اشاره شده مصادیقی وجود دارد که یک نمونه آن در آزمون ورودی دکتری تخصصی دانشگاه سمنان تیر ماه سال‌جاری رخ داد و اصلا کارنامه‌ای صادر نشد!
یکی از علل فرار یا مهاجرت مغزها مشکلات ورود به دوره‌های تحصیلات تکمیلی خصوصا دوره‌های دکتری تخصصی داخل کشور است و طبق آمار، تعداد زیادی از مهاجران کشور را فارغ‌التحصیلان دانشگاه‌ها وجوانان مستعد با مدرک فوق لیسانس(که تعداد دقیق آن قابل محاسبه است) تشکیل می‌دهند در حالی‌که در داخل کشور امکان ادامه تحصیل با کیفیت به مراتب بالاتر از کشورهایی چون هند، مالزی، اوکراین و... وجود دارد.
با توجه به موارد فوق، لازم است تمهیدات زیر برای عادلانه‌تر شدن آزمون دکتری اندیشیده شود.
1 - آزمون ورودی دوره‌های دکتری تخصصی داخل کشور مانند آزمون اعزام به خارج به‌صورت سراسری برگزار شده و نفرات برتر علمی پس از انتخاب گرایش تخصصی و دانشگاه مورد نظر به دانشگاه‌ها معرفی شده و مصاحبه از ایشان به‌عمل آید که در این صورت هر دانشگاه می‌تواند به‌طور مستقل نفرات مرتبط با تخصص هر یک از استادان محترم را انتخاب کند.
2 - نمره آزمون تخصصی اولیه با وزن 70 درصد و نمره آزمون مصاحبه با وزن 30 درصد مناسب است.
3 - با توجه به افزایش ظرفیت‌های پذیرش و موضوعات تخصصی در هر رشته، می‌توان در دفتر چه انتخاب رشته موضوعات تخصصی هر دانشگاه و تعداد دانشجوی مورد نیاز را اعلام کرد و آزمون مصاحبه را حذف یا وزن نمره مصاحبه را کمترکرد.
4 - نحوه گزینش سراسری باید توسط مسئولان محترم وزارت علوم وفناوری و سازمان سنجش آموزش کشور و مجلس شورای اسلامی بررسی شده و مشکلات آن برطرف و برای اجرا به دانشگاه‌ها و وزارت علوم ابلاغ شود.