به گزارش ایسنا، شمس‌الواعظین در گفت‌وگو با «همدلی» گفته است: «آبان ماه ۱۳۷۸ بود که سعید مرتضوی رئیس شعبه ۱۴۰۱ دادگاه کارکنان دولت (دادگاه مطبوعات) مرا احضار کرد. آقایان دکتر محمد سیف‌زاده وکیل برجسته کشور و دکتر حمیدرضا جلایی‌پور هم مرا همراهی کردند. سیف‌زاده برای راهنمایی‌های حقوقی و جلایی‌پور سند در دست برای وثیقه‌گذاری در صورت نیاز. سعید مرتضوی بلافاصله شروع به بازجویی از من کرد و پرسش‌هایی از قبیل قصاص در اسلام و فقه اثنی‌عشری مطرح کرد. درپاسخ گفتم: «اول شما علت احضار را اعلام کنید و اگر اتهامی علیه من مطرح است تفهیم اتهام کنید و بعد شروع به بازجویی کنید». دکتر جلایی‌پور هم با خشم خطاب به مرتضوی گفت: «شما در حال تفتیش عقاید هستید و من همین حالا می‌روم بیرون و به خبرنگاران می‌گویم.» دکترجلایی پور رفت و آقای سیف‌زاده خطاب به سعید مرتضوی گفت: «شما ابتدا به ساکن شروع به طرح سوال‌های عجیبی کردید که ارتباطی به موکل من ندارد.» سعید مرتضوی که از خروج دکتر جلایی‌پور از دادگاه ناراحت شده بود به من متوسل شد که با جلایی‌پور تماس بگیرم و از او تقاضا کنم به دادگاه بازگردد.
جلایی پور پاسخ نداد و مرتضوی به من نزدیک شد و گفت: «آقای شمس الواعظین! سوال‌های من واقعا تفتیش عقاید بود؟»، به آرامی پاسخ دادم که سوال‌های شما «انگیزاسیون» است. مرتضوی گفت ممکن است سوال‌های من انگیزاسیون باشد اما تفتیش عقاید نیست!!
من خاطره خوبی از زندان‌هایی که به حکم سعید مرتضوی با سربلندی گذراندم، ندارم و برای مرتضوی نیز علاقه‌ای به زندان افتادنش ندارم چون مرتضوی در پرونده‌های بی‌شماری متهم است و روزی روزگاری باید به همه آنها رسیدگی شود که به نظرم دیر یا زود چنین خواهد شد اما من در دادگاه خودم که مرتضوی رئیس آن بود (اواخر آبان ۷۸) به خودش گفتم: «روزی در همین جمهوری اسلامی فرا می‌رسد که به اتهام ارتکاب جنایات علیه بشریت به زندان خواهی رفت و مرتضوی پوزخندی به من زد و گفت: «چنین آرزویی را به‌گور خواهی برد.»
این جدال لفظی دوطرفه در حضور خبرنگاران در دادگاه علنی‌ام صورت گرفت و از سوی صداوسیما نیز ضبط شد.
اما روزهای تعطیلات نوروز سال 1379 بود که دکتر نعمت احمدی یکی از وکلایم در آن دادگاه به من تلفن کرد و گفت بد نیست برای شادباش عید نوروز به دیدار آقای علیزاده رئیس دادگستری وقت استان تهران و سعید مرتضوی رئیس دادگاه مطبوعات وقت برویم تا کمی فضا تلطیف شود چون مرتضوی چند ماه پیش از آن حکم بدوی را علیه من صادر کرده بود و من و وکلایم در انتظار نتیجه دادگاه تجدیدنظر به‌سر می‌بردیم. روز ۲۱ فروردین ۷۹ که در آن‌زمان سردبیر روزنامه «عصرآزادگان» بودم به اتفاق دکتر نعمت احمدی به دادگاه رفتم. آقای علیزاده در محل کارش حضور نداشت. به سراغ سعید مرتضوی رفتیم و پس از تبریک عید و احوالپرسی چند دقیقه‌ای نشستیم. رئیس دفترم از روزنامه تلفن کرد که ساعت ۱۱ ملاقات دارم و باید به روزنامه بروم. از جا برخاستم و از مرتضوی خدا حافظی کردم. مرتضوی گفت: «کجا می‌روی؟ شما بازداشت هستی!»، گفتم: «دیگر به چه اتهامی؟» که مرتضوی پاسخ داد، اتهام جدیدی نیست، حکم دادگاه تجدید نظرت اکنون می‌رسد و باید بروی زندان. گفتم: «آقای مرتضوی! ابلاغ حکم تشریفاتی دارد و اجرای احکام باید حکم تجدیدنظر را رسما به خودم یا وکیلم ابلاغ کند» ... گفت: «خب حالا ابلاغ می‌کنیم، هم به تو و هم به وکیلت.» سپس تلفن را برداشت و با یکجایی پچ پچ کرد. ناگهان یک افسر نیروی انتظامی وارد اتاق شد و به من گفت: «آقای شمس الواعظین شما به همراه من بیایید.»
به اتاق کنار اتاق مرتضوی یعنی اتاق اجرای احکام به سرپرستی آقای «تشکری» رفتیم ... تحت الحفظ ... به آقای تشکری گفتم: «قصد دارید حکم تجدید نظرم را حالا ابلاغ کنید؟» گفت: «بله اما باید منتظر باشید تا حکم برسد.» گفتم: «از کجا برسد؟» گفت: «از فاکس» نگاهی به فاکس کرد و گفت بنشینید تا حکم برسد. گفتم: «خب، من زندان‌ندیده نیستم. اجازه دهید بروم و اتومبیلم را به خانه ببرم و بعد هر جا که خواستید خود را معرفی می‌کنم.» خنده تمسخرآمیزی کرد و گفت: «من به زبان فارسی صحبت کردم. شما بازداشت هستید. سوییچ اتومبیل را هم به وکیلت بده تا به خانه تان ببرد.» بعد از حدود نیم ساعت چند برگ فاکس تحویلم دادند که این حکم تجدید نظر است و سپس از من همین چند برگه را گرفتند. ناگهان سعید مرتضوی با شنیدن جدال من و تشکری وارد اتاق شد. به او گفتم چرا حکمم را از من می‌گیرید؟ پاسخ آماده داشت: «به رویت رسیدن حکم کافی است! آیا می خواهید بروید و برگه‌های فاکس را به خبرنگاران نشان دهید تا آبروی دادگاه را ببرید؟» گفتم: «مگر دادگاه شما آبرویی هم دارد که من آن‌را از بین ببرم؟» با صدای بلند و تقریبا با بی‌ادبی خطاب به افسر نیروی انتظامی دستور داد مرا به زندان ببرد و از خیابان‌های فرعی بروید و مواظب خبرنگاران باشید که دنبال شما راه نیفتند.
به این ترتیب و بدون رعایت حداقل تشریفات قانونی مرا برای تحمل 2 سال و نیم زندان به اوین بردند. من البته با وجود گذشت ۱۷ سال از این ماجرا هنوز نمی‌دانم چه کسی یا چه کسانی سناریوی دعوت به تبریک عید را مهندسی کردند چون از لحظه ورودم به دادگاه بر من آشکار شد و از حرکات مرموز سعید مرتضوی و ... معلوم شد که مرا وارد تور کردند تا به زندان ببرند. حدود ۲۰ روز بعد یعنی در نیمه اول اردیبهشت ۷۹ روزنامه‌های منتقد کشور به صورت فله‌ای توقیف شدند تا فصل جدیدی از سیه‌روزی تاریخ مطبوعات گشوده شود.»
به گزارش ایسنا به نقل از «فرارو»، احمد زیدآبادی نیز در کانال تلگرامی خود نوشت: «اینک که سعید مرتضوی از اسب چموش قدرت به زمین افتاده و راه برای افشای رفتارهای غریب او در مقام قاضی و دادستان سابق پایتخت هموار شده است، شاید در این میانه، چندان شایسته نباشد که من نیز سنگی به سمت او پرتاب کنم.
با این همه، نه از باب تحقیر و تخفیف شخصی او بلکه به منظور عبرت آموزی از روزگار، ناچارم در این باره نکته‌ای را یادآور شوم.
صبحگاه 17 مرداد سال 79 مرا در منزلم دستگیر کردند و پس از ساعت‌ها چرخاندن در خیابان‌های تهران، به پیش سعید مرتضوی بردند. مرتضوی در آن زمان رئیس شعبۀ 1410 مجتمع قضایی ویژۀ کارکنان دولت واقع در خیابان میرعماد بود. از آنجا که مطالعاتی در زمینۀ معارف دینی داشتم و بخصوص با نهج البلاغه بسیار آشنا بودم، با خود می‌پنداشتم که با آن همه سخت‌گیری امام علی (ع) در بارۀ شرایط قاضی در نظام اسلامی، مرتضوی حتی اگر یک‌هزارم آن شرایط را هم داشته باشد، لابد آدمی کم و بیش معقول و عادی است و می‌توان با او از در بحث و گفت‌وگو درآمد.
در نخستین لحظۀ رویارویی اما مرتضوی چنان رفتاری از خود نشان داد که بی‌اختیار یاد این گفتۀ امام حسین افتادم که "علی الاسلام سلام ...". با خود اندیشیدم که آدمی با این میزان از «شأنیت» را چه فرد یا افرادی و به چه قصد و غرضی در مقام قاضی نشانده‌اند؟
با این حال، به نظر من، سهم اندکی از فجایع دوران قضاوت و دادستانی مرتضوی به گردن شخص اوست چرا که وی برای کتمان خصایص و ویژگی‌های خود، پرده‌پوشی اندکی به خرج می‌داد و به واقع مصداق این بیت مولانا بود که:
زیر چادر مرد رسوا و عیان
سخت پیدا چون شتر بر نردبان
از این‌رو، مسئول اصلی کارنامۀ مرتضوی در حقیقت کسانی هستند که با وجود آشکاری ماهیت رفتاری‌اش، تا حد دادستان پایتخت نیز او را برکشیدند.»