فلاطوری كه از نوادگان آخوند ملا اسماعیل اصفهانی بود مدرک دیپلم فنی را از دبیرستان آلمانی-ایرانی در سال ۱۳۲۲ش. دریافت كرد. وي از همان آغاز تحصيلات حوزوي خود را نيز ابتدا در حوزه علميه اصفهان و سپس مشهد و تهران ادامه داد به طوري كه در سالهای ۱۳۲۸-۱۳۲۹ش. از میرزا مهدی آشتیانی اجازه تدریس فلسفه دریافت می‌كند. او پس از اخذ درجه لیسانس فلسفه از دانشگاه تهران در اکتبر ۱۹۵۴ به آلمان می‌رود و در دانشکده فلسفه ادامه تحصیل می‌دهد.
از آغاز ترم زمستانی ۶۱-۱۹۶۰ در دانشگاه هامبورگ به عنوان استادیار مشغول می‌گردد و به آموزش زبان و ادبیات فارسی و فلسفه اسلامی مبادرت می‌کند.
فلاطوری در سال ۱۹۶۲ در رشته فلسفه با نگارش رساله‌ای با عنوان «تفسیر اخلاق کانت در پرتو احترام» با پیوست مقدمه‌ای در تحصیل لغت نامه عمومی کانت، دکتری‌اش را اخذ می‌کند.
در سال ۱۹۷۳ در دانشکده فلسفه دانشگاه کلن (رشته اسلام شناسی) پیرامون تغییر جریان فلسفه یونانی از طریق تفکرات اسلامی تحقیق می‌کند که بدین وسیله در ۱۹۷۴ عنوان پروفسور بدو داده می‌شود.
او بنیان‌گذار کتابخانه شیعی در دانشگاه کلن آلمان و نیز آکادمی علوم اسلامی در این کشور است. فلاطوری با اقدام به اصلاح محتوای اسلامی کتاب‌های درسی مدارس آلمان و نیز چند کشور دیگر اروپایی، تلاش کرد نگرش اروپایی معاصر به اسلام را تغییر دهد. او معتقد بود باید دین را از فلسفه جدا کرد و هم‌چنین از منتقدان فلسفه ملاصدرا بود.
وی در ۷۱ سالگی، ۹ دی ماه ۱۳۷۵ش. در آلمان درگذشت و پیکرش در روز ۲۱ همان ماه در اصفهان کنار آرامگاه حاج آقا رحیم ارباب (تکیه فاضل هندی) به خاک سپرده شد.
کارنامه علمي:
- «اخلاق عملی کانت»، بن، 1965 م، پایان‌نامه دکترا در دانشگاه بن، توضیح: عنوان اصلی این اثر این گونه است: تفسیر اخلاق کانت در پرتو احترام. (آلمانی/ تالیف)
- اسلام در تدریس: مقاله‌هایی در باره تربیت بین فرهنگی در اروپا، عبدالجواد فلاطوری با همکاری براون اشوابگ و اودو تروشکا، مقدمه‌ی هنریش ارنست، آلمان، موسسه گئورگ - اترت، 1991 م، 54 ص.
- اسلام در دیالوگ، کلن، آکادمی علمی اسلامی، 1987 - 1992، توضیح: فلاطوری در این مجموعه‌ی مقالات متعدد نوشته است.
- اسلام در کتب درسی اروپا، لندن، 1990، (کتاب/ انگلیسی/تالیف).
- اسلام در کتب درسی جمهوری فدرال آلمان، هفت جلد، فرانکفورت، موسسه گئورگ- اکرت، 1986 - 1988 م. توضیح: این اثر با عنوان عام فوق در هفت جلد با عناوین فرعی خاص به نظارت و سرپرستی فلاطوری تهیه شده است. دیگر همکاران مهم ایشان عبارت بودند از: مونیکا تروشکا، هربرت شولت، براون اشوایک، موریس دستروگ، هانس وکینگ، هانس زیرکر، ادو تروشکا و گئورک اشتوبر. عناوین فرعی این کتب این گونه است: تحلیل کتب تاریخی دربارهی اسلام، تحلیل کتب دینی و پروتستانی دربارهی اسلامف تحلیل کتب جغرافیایی دربارهی اسلام، تحلیل کتب مذهب کاتلویک درباره ی اسلام، تحلیل خط مشی آموزشی و نظام درسی استان‌های آلمان در حوزه‌ی اسلام، فهرست و منابع و طرح کلی، ضمایم، (کتاب/ آلمانی/ تالیف).
- اسلام در گفت‌وگو، کلن، آکادمی علمی اسلامی، 1985 - 1996 م. سه جلد. (کتاب/ آلمانی/ مجموعه مقاله/ تالیف).
- اسلام در متون آموزش اروپا، کلن، آکادمی علمی اسلامی، 1990 م، 107 ص (کتاب/ انگلیسی / تالیف)
- اسلام: فضای فرهنگی - تاریخ- دین، کلن، 1990 . (کتاب/ آلمانی/تالیف).
- التعلیم، المدرسه، التسامح، ترجمه‌ی محمد ابوحطب خالد، به کوشش عبدالجواد فلاطوری، کلن، 1994. توضیح: این کتاب مشتمل بر مقالات عرضه شده به کنگره اسلام در کتب درسی اروپا است که در 1993 در کلن آلمان به کوشش فلاطوری برگزار شد. (کتاب/ آلمانی و عربی/ تالیف).
- امکانات و حدود گفت‌‌و‌گوی بین فرهنگ‌ها، Mitenander - was sonst? ، کلن، وین، 1990، ص 45 - 47 . (کتب/ انگلیسی/ تالیف).
- اندیشه‌های مسلمانان برای معلمان و مولفان کتب درسی، لندن، 1990، (کتاب/ انگلیسی/ تالیف).
- تاریخ ایران در قرون نخستین اسلامی. برتولد اشپولر، ترجمه از آلمانی توسط عبدالجواد فلاطوری، تهران ، شرکت انتشارات علمی و فرهنگی، 2 ج، چاپ اول 1349، چاپ سوم 1369، (کتاب/ فارسی/ ترجمه).
- «جبهه آزاد: دربارهی مصلح مسلمانان سید جمال الدین اسدآبادی» ، تهران، 1332، (جزوه/ فارسی/ تالیف)
- «شرح فلسفه اسلامی: شرح دررالفوائد فی غررالفرائد» ، ملاهادی سبزواری، شرح محمدتقی آملی، به کوشش عبدالجواد فلاطوری، تهران، 1331. (کتاب/ عربی/ شرح متون/ به کوشش و تصحیح)
- شرح منطق سبزواری، ملاهادی سبزواری، شرح مهدی آشتیانی، به کوشش عبدالجواد فلاطوری، تهران، 1332. توضیح: بعدا همین اثر توسط دکتر مهدی محقق در کتبای همراه با مقدمه انگلیسی توشی هیکو ایزوتسو آورده شد. (کتاب/ عربی/ شرح متون/ به کوشش و تصحیح).
- شرق اسلامی: بنیادهایی برای شناخت سرزمین‌های یک حوزه فرهنگی، به کوشش عبدالجواد فلاطوری و چند تن از مستشرقین آلمان، کلن، آکادمی علمی اسلامی، 1990، TXV، 417ص ، توضیح: فلاطوری غیر از مدیریت این مجموعه، چند مقاله با عناوین «محمد به عنوان فرستاده خدا»، «مسلمانان در اروپای امروزی»، «اسلام و جامعه‌ی مسلمانان» در آن درج نموده است. (کتاب/ آلمانی/ مجموعه‌ی مقاله/ تالیف).
- فلاطوری‌نامه، کلن، دانشگاه کلن، 1997 م، توضیح: این مجموعه به مناسبت مراسم درگذشت او در دانشگاه کلن توسط گروه مشرق‌شناسی، برگزار شده بود، تهیه شده. غیر از متن چند سخنرانی دربارهی او، 9 مقاله از فلاطوری به تمامی آمده است. بعضا مقالاتی است که به آلمانی بوده و توسط دوستان و همکاران ایشان به فارسی ترجمه و در این مجموعه آمده است . (مجموعه مقاله/ فارسی/ تالیف).
- کاتالوگ کتابخانه آثار شیعی در گروه شرق شناسی در دانشگاه، کلن، نیویورک، پاریس، 1988، (کتاب/ آلمانی/ تالیف)
- کتاب الخمسین مسئله فی کسر المنطق: ابونجاه الفرید، به اهتمام عبدالجواد فلاطوری، (از مجموعه متون و مقالات تحقیقی، به اهتمام دکتر مهدی محقق و توشی هیکو ایزوتسو)، تهران، موسسه مطالعات اسلامی دانشگاه مک‌گیل کانادا، 1353، توضیح: همین اثر به همت فلاطوری به آلمانی ترجمه و در کلن 1974 منتشر شد. (کتاب/ عربی/ تصحیح).
- «گفت‌وگو بین مسیحیت و اسلام»، رادیو جنوب آلمان، 1980 م، (جزوه/ آلمانی/ سخنرانی‌های ارائه شده در رادیو).
- «ما همه به یک خدا معتقدیم»، مسلمانان در آلمان، کلن، 1985 م، (کتاب/ آلمانی/ تالیف).
- مجموعه مقاالات پروفسور عبدالجواد فلاطوری: انسان، اسلام غرب، به کوشش یونس نوربخش، هامبورگ، آکادمی اسلامی آلمان، بی‌تا. توضیح: تماما مقالات مرحوم فلاطوری در این مجموعه گردآوری می‌شود. این جلد در چهارده فصل تنظیم شده است. اکثر این مقالات به آلمانی بوده که در اینجا به فارسی ترجمه شده است. برخی از این مقالات سخنرانی و برخی میزگرد بوده که از نوار پیاده شده و به فارسی ترجمه شده است. (مجموعه مقاله/ فارسی/ تالیف و میزدگرد و سخنرانی و مصاحبه).
- محکمه قضایی جانشینان محکوم: ترجمه کتاب الاستغاثه فی بدع الثلاثه، ابوالقاسم کوفی، ترجمه عبدالجواد فلاطوری، بی‌جا، بی‌نا، بی‌تا، 248 ص، (کتاب/ فارسی/ ترجمه).
- مشاعر ملاصدرای شیرازی. ترجمه از عربی به فارسی همراه با توضیحات. تهران ، 1332. (پایان‌نامه کارشناسی در دانشگاه تهران/ فارسی/ ترجمه).
- مقاله‌هایی درباره اندیشه حقوقی اسلامی: بررسی نظریه‌های حقوقی غیراروپایی، زیر نظر عبدالجواد فلاطوری، رین هارد مای، اشتوتگارت، فرانتس اشتیز، 1985م، 139 ص، توضیح: در این مجموعه مقالاتی از اروین گرافف تئودور ویگ، رین هارد مای، ریچارد دبس، فرهاد زیاده، کنراد دلگر، ا.ک. بروهی و عبدالجواد فلاطوری درج شده است. بنابراین فلاطوری علاوه بر نظارت و مدیریت، یک مقاله هم نوشته است. عنوان مقاله فلاطوری این گونه است: «طرح دعوی در دادگاه و قضاوت در حقوق سنتی اسلامی». (کتاب/ آلمانی/ مجموعه مقالات/ زیر نظر و به کوشش و تالیف).
- مقدمه‌ای بر آموزش زبان فارسی، کلن، 1971 م، (کتاب/ آلمانی/ تالیف/ آموزش).
- نصاب آموز: (لغت‌نامه‌ی فارسی- عربی برای مدارس) : تهران، 1331. (کتاب/ فارسی-عربی/ تالیف)
- «نقد کتاب فرهاد سبحانی: آموزش زبان عامیه فارسی»، برلین، 1965م. (کتاب/ آلمانی/ تالیف/ نقد)
- «نقد کتاب ل،پ، الول- سوتون: گرامر مقدماتی فارسی»، برلین، 1965م. (کتاب/ آلمانی/ تالیف/ نقد)
- نقد کتاب ندیم‌القصر: الایمان بین‌الفلسفه و العلم فی القرآن، برلین، 1965م. توضیح: فلاطوری کتاب الایمان از ندیم‌القصر (مفتی اهل سنت در تریپولی و شمال لبنان) را بررسی و نقادی کرده است. (کتاب/ آلمانی/ تالیف/ نقد)