در این میان سازمان جاسوسی آمریکا انگشت اتهام را به سوی القاعده نشانه رفته و برای حل این معما تز «القاعده بود» را دنبال می‌کند.
اشپیگل آنلاین از واشنگتن گزارش داد، برای سیا این پرونده کاملا روشن است. حمله به بی‌نظیر بوتو کار شبکه تروریستی القاعده و هم‌پیمانان آن بوده است.[تکذیب القاعده]
مایکل هایدن، رییس سیا روز جمعه 28 دی، در مصاحبه‌ای که در «واشنگتن پست» منتشر شد، گفت هیچ تردیدی وجود ندارد که جنگجویان قبیله بیت‌الله محسود که تحت حمایت القاعده در پس این اقدام قرار دارند.
وی در این باره که چگونه چنین اطلاعاتی به دست آمده است، چیزی نگفت. با این حال ارزیابی وی مطابق موضع دولت پاکستان است که اندکی پس از ترور بوتو محسودی‌ها را متهم کرده کرده بود.[موضع رسمی اسلام‌آباد]
بسیاری از مردم در پاکستان به این نظریه تردید دارند به طوری که در یک نظرسنجی مشخص شد تقریباً از هر دو پاکستانی یک نفر معتقد است خود دولت پشت این ترور بوده است. برخی دیگر نیز احتمال می‌دهند همسر بوتو در قتل وی دست داشته باشد. [گزارش رسمی درباره مرگ بوتو و واکنش‌ها به آن]
اما هایدن این ترور را «جبهه سازمان یافته» حملات به سیاستمداران پاکستانی توصیف کرد. به گفته وی همین شبکه قصد دارد دولت پرویز مشرف، رییس جمهور پاکستان را بی‌ثبات کند. هدف از این اقدامات نیز لطمه زدن به پاکستان است.