واژه «هکاتون» کلمه مرکبی است که از ترکیب هک و ماراتن درست شده‌است.
کلمه «هک» در اینجا «بازیگوشی» و برنامه‌نویسی اکتشافی معنا می‌دهد و با کلمه هک معروف و رایج در جرایم رایانه‌ای، تفاوت دارد.
گفته می‌شود این واژه هم توسط توسعه‌دهندگان اوپن‌بی‌اس‌دی و هم توسط تیم بازاریابی سان مایکروسیستمز به شکل مستقل ایجاد شده باشد که هر دو اولین بار در سال ۱۹۹۹ مورد استفاده قرار گرفتند.
اولین استفاده شناخته‌شده از این کلمه توسط اوپن‌بی‌اس‌دی، اشاره به رویدادی دارد که توسعه‌دهندگان اوپن‌بی‌اس‌دی در ۴ ژوئیه ۱۹۹۴ در شهر کلگری کانادا برای توسعه یک نرم‌افزار رمزنگاری گرد هم جمع شدند.این گردهمایی، به خاطر پرهیز کردن از مشکلات قانونی که از مقررات صدور نرم‌افزارهای رمزنگاری در ایالات متحده ناشی می‌شدند، برگزار شد.
هکاتون‌ها معمولا با یک یا چند ارائه درباره یک رویداد یا موضوعی خاص آغاز می‌شوند.سپس شرکت‌کنندگان ایده‌هایشان را پیشنهاد می‌کنند و تیم‌ها براساس علائق و مهارت‌های فردش شکل می‌گیرند. اینجاست که کار اصلی هکاتون آغاز می شود و می تواند تا چند ساعت یا چند روز ادامه پیدا کند.
در هکاتون‌هایی که 24 ساعت یا بیشتر طول می‌کشند به‌خصوص نوع رقابتی آنها خورد و خوراک بخش غیررسمی رویداد است و بیشتر شرکت‌کنندگان سراغ خوراکی‌های مختصر و فست‌فود می‌روند.حتی برخی اوقات خواب جزو برنامه غیررسمی می‌شود.به نوعی می‌شود گفت خواب و خوراک ندارند؛ البته احتمالا در مدل خارجی، بیشتر.
در هکاتون‌های خارجی شرکت‌کنندگان کیسه خواب همراه‌شان است.
پایان هکاتون معمولا مجموعه‌ای از ارائه کار است که هر گروه نتیجه کارش را به نمایش می‌گذارد و توضیح می‌دهد.
در هکاتون‌های رقابتی گروه داوران حضور دارند و تیم‌های برتر را انتخاب کرده و به آنها جایزه می‌دهند.
در بسیاری از هکاتون‌ها داوران درحقیقت برگزارکنندگان رویداد و حامیان مالی برنامه هستند.
انواع هکاتون
برای اپلیکیشن
بعضی هکاتون‌ها بر روی یک پلت‌فرم خاص مانند اپ‌های موبایل،سیستم عامل دسک‌تاپ متمرکز هستند.
خاص یک زبان برنامه‌نویسی مشخص،ای‌پی‌ای یا فریم‌ورک
برخی هکاتون‌ها به تولید اپلیکیشن‌هایی اختصاص دارد که از یک زبان یا فریم‌ورک خاص مانند ایچ‌تی‌ام‌ال 5 (HTML5) استفاده می‌کنند.
برای یک هدف یا دلیل خاص
تعدادی از هکاتون‌ها برای توسعه و بهبود عملکرد دولت طراحی می‌شوند.
برای یک گروه مشخص
برخی هکاتون‌ها خاص یک گروه سنی،جنسیتی یا تحصیلی مشخص برنامه ریزی می‌شوندومثل هکاتون‌های مخصوص نوجوانان، دانشجویان کالج یا خانم‌ها.
برای کارکنان شرکت‌ها
گاهی برای کارکنان یک شرکت خاص مانند گوگل هکاتون برگزار می‌شود.
تولید یک اپلیکیشن
در برخی از هکاتون‌ها کل کار روی تولید یک برنامه کاربردی مشخص متمرکز می شود.
عمومی
گاهی یک هکاتون بدون موضوع خاص، یا هرگونه محدودیتی برای شرکت‌کننده‌ها و محتوا برگزار می‌شود تا اپلیکیشن‌های جالب به سرعت تولید شوند.
درحال حاضر کپی‌رایت و برند تجاری این کلمه را یک شرکت المانی دراختیار دارد.
نخستین هکاتون ایرانی به همت سازمان فناوری اطلاعات شهرداری تهران، آذرماه 97 در طی برنامه و همایش تهران هوشمند برگزار شد.