کلیدواژه‌های «دانش‌بنیان» و «شرکت دانش‌بنیان» برای اولین بار در قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران وارد ادبیات قانونگذاری کشور شد. این قانون در جلسه علنی روز چهارشنبه یازدهم شهریور ماه ۱۳۸۳ مجلس شورای اسلامی در زمان ریاست غلامعلی حداد عادل بر مجلس شورای اسلامی تصویب شد.
ماده ۴۷ قانون برنامه چهارم توسعه بر ایجاد و توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان تصریح دارد؛ به این ترتیب که : «به‌منظور ایجاد و توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان و تقویت همکاری‌های بین‌المللی، اجازه داده می‌شود واحدهای پژوهشی و فناوری و مهندسی مستقر در پارک‌های علم و فناوری در جهت انجام مأموریت‌های محوله از مزایای قانونی مناطق آزاد در خصوص روابط کار، معافیت‌های مالیاتی و عوارض، سرمایه‌گذاری خارجی و مبادلات مالی بین‌المللی برخوردار گردند.»
شرکت دانش‌بنیان بر اساس قوانین مربوط به حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان، عبارت است از شرکت یا مؤسسه خصوصی یا تعاونی است که به منظور هم‌افزایی علم و ثروت، توسعه اقتصاد دانش‌محور، تحقق اهداف علمی و اقتصادی (شامل گسترش و کاربرد اختراع و نوآوری) و تجاری‌سازی نتایج تحقیق و توسعه (شامل طراحی و تولید کالا و خدمات) در حوزه فناوری‌های برتر و با ارزش‌افزوده فراوان به ویژه در تولید نرم‌افزارهای مربوط تشکیل می‌شود.
به این ترتیب شرکت‌ها و موسساتی که در زمینه گسترش و کاربرد اختراع و نوآوری و تجاری‌سازی نتایج تحقیق و توسعه شامل طراحی و تولید کالا و خدمات در حوزه فناوری‌های برتر و با ارزش افزوده بالا فعالیت می‌کنند، شرکت یا موسسه دانش‌بنیان محسوب می‌شوند.
بر اساس قانون، شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری مسئولیت سیاستگذاری، برنامه‌ریزی و پیگیری اجرای قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان مصوب ۸ مرداد ماه ۱۳۸۹ مجلس شورای اسلامی را برعهده دارد. تعیین معیارهای تشخیص شرکت‌های دانش‌بنیان توسط شورایی متشکل از نمایندگان رییس‌جمهور، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری؛ معاونت علمی و فناوری رییس جمهوری، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی؛ وزارت صنعت، معدن و تجارت و وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و مدیرعامل صندوق نوآوری و شکوفایی صورت می‌گیرد.
به منظور اجرایی‌سازی حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان، صندوق نوآوری و شکوفایی وابسته به شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری پیش‌بینی شده است تا از طریق ارائه کمک و تسهیلات قرض‌الحسنه و تسهیلات به شرکت‌های دانش‌بنیان، ایفای نقش کند.
حمایت‌ها و تسهیلاتی که بر اساس قانون مصوب مجلس شورای اسلامی می‌تواند به شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان تخصیص پیدا کند شامل معافیت از پرداخت مالیات، عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادراتی به مدت ۱۵ سال است. همچنین تامین تمام یا بخشی از هزینه تولید، عرضه یا بکارگیری نوآوری و فناوری با اعطای تسهیلات کم بهره یا بدون بهره بلند مدت یا کوتاه مدت به این شرکت‌ها تعلق می‌گیرد.
ایجاد پوشش بیمه‌ای برای کاهش خطرپذیری محصولات دستاوردهای دانش، نوآوری و فناوری در مراحل تولید، عرضه و بکارگیری از دیگر موارد حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان است.
آیین‌نامه اجرایی قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات در تاریخ ۲۱ آبان ماه ۱۳۹۱ در هیات وزیران به تصویب رسیده است.
شرکت‌های موضوع آیین‌نامه ارزیابی و تشخیص شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان شامل ۴ دسته، تولیدی نوع ۱، تولیدی نوع ۲ (صنعتی)، نوپا نوع ۱ و نوپا نوع ۲ هستند که بر اساس دارا بودن معیارهای کالاها و خدمات دانش‌بنیان و همچنین معیارهای خاص موردنظر هر یک از انواع شرکت‌های ذکرشده، مشمول حمایت‌های قانون می‌شوند.