مثلا ساعتی بعد از مراسم تدفین میترا استاد شایعه شد که چرا پیکر وی به این زودی از سوی پزشکی‌قانونی در اختیار خانواده‌اش قرار گرفته است یا اینکه چرا نجفی با گذشت ۳روز بعد از جنایت برای بازسازی صحنه به محل وقوع جرم منتقل شده و ...
پرونده‌های قتل روندی روشن و تخصصی را طی می‌کنند که این روند با وقوع جنایت آغاز می‌شود. معمولا شهروندان بعد از مواجهه با قتل آن را به پلیس گزارش می‌دهند و پلیس همزمان با حضور در محل حادثه ماجرا را به بازپرس کشیک قتل اطلاع می‌دهد. اگر نیاز به بررسی صحنه قتل باشد، بازپرس همراه تیمی از افسران اداره آگاهی و تشخیص هویت و درصورت لزوم یک نماینده از پزشکی‌قانونی در محل جنایت حاضر می‌شود.
در مواردی که قتل با سلاح گرم اتفاق افتاده باشد از کارشناس سلاح نیز برای بررسی صحنه قتل کمک گرفته می‌شود. نماینده پزشکی‌قانونی برای از بین نرفتن آثار در صحنه حضور پیدا می‌کند؛ چراکه ممکن است با گذشت زمان برخی از این آثار در جسد از بین برود. در نهایت اگر در همان مرحله مقدماتی بازپرس به فردی درخصوص ارتکاب قتل مظنون شود، دستور بازداشت وی و در ادامه دستور انتقال جسد به پزشکی‌قانونی صادر می‌شود.
این روند ثابت و مشخصی است که درخصوص همه پرونده‌های قتل انجام می‌شود. اما درخصوص پرونده آقای نجفی این سؤال مطرح شده که چرا جسد به این زودی به خانواده مقتول تحویل داده شده است؟ باید توجه داشت که پس از انتقال جسد به پزشکی‌قانونی درصورت نیاز کالبدشکافی و نمونه‌برداری برای سم‌شناسی انجام می‌شود؛ هرچند همه این اقدامات به نوع قتل و شرایط جسد بستگی دارد اما نمونه‌هایی که برای انجام تحقیقات نیاز باشد، برداشته می‌شود؛ مثلا درصورتی که قتل با سلاح گرم اتفاق افتاده باشد، کالبدشکافی باید در حضور کارشناس سلاح انجام شود. همچنین در پزشکی‌قانونی از جسد رادیوگرافی انجام می‌شود تا با تهیه عکس‌های تخصصی مسیر ورود و خروج گلوله مشخص شود.
پس از پایان کار پزشکی‌قانونی و نمونه‌برداری و انجام آزمایش‌های اولیه درحالی‌که ممکن است هنوز نتایج آزمایش‌ها مشخص نشده باشد (چراکه برخی از این آزمایش‌ها زمانبر است و می‌شود با استفاده از نمونه‌هایی که گرفته شده آن را انجام داد) جواز دفن صادر و جسد به خاک سپرده می‌شود. در نهایت با روشن شدن علت فوت که گاه ممکن است حتی تا ۲ماه طول بکشد، پزشکی‌قانونی گزارش خود را ارائه می‌کند.
با اینکه بررسی جسد در پزشکی‌قانونی یکی از مهم‌ترین بخش‌ها در تحقیقات جنایی است، ولی شاید تحقیقات از متهم مهم‌ترین بخش باشد. تحقیقات در این جرایم منحصرا در صلاحیت بازپرس است که تحت نظارت دادستان انجام می‌شود. در روند تحقیقات اگر متهم شناسایی شده باشد، توسط بازپرس تحت بازجویی قرار می‌گیرد. در این موارد به‌دلیل حساسیت موضوع و اینکه جان یک نفر گرفته شده و قرار است فرد دیگری (متهم) در معرض قصاص قرار گیرد، بازجویی‌ها به دفعات تکرار می‌شود و معمولا بازپرسان بارها سؤالات اولیه را از متهم می‌پرسند تا با جواب وی، برای بازپرس محرز شود که قتل توسط وی رخ داده است.
وقتی تحقیقات اولیه بازپرس کامل شود با مستندات ازجمله نظریه پزشکی‌قانونی و آثار و شواهدی که جمع شده برای اینکه مشخص شود آیا اقرار متهم منطبق با واقعیت است یا نه صحنه جنایت بازسازی می‌شود.
در مرحله بازسازی صحنه، متهم براساس اعترافاتی که انجام داده در حضور بازپرس و عوامل تشخیص هویت نحوه ارتکاب قتل را نشان می‌دهد. بازسازی صحنه قتل از ۲حیث حائز اهمیت است؛ اول اینکه بازپرس که قرار است تصمیم نهایی در مورد مجرمیت متهم را بگیرد باید به نوعی اقناع وجدانی برسد که ادعای متهم درباره نحوه جنایت مطابق با همانی باشد که در تحقیقات علمی به‌دست آمده و دوم اینکه بعضی از متهمان بعد از تحقیقات مقدماتی در دادسرا، هنگام محاکمه در دادگاه کیفری یک، منکر ارتکاب جرم می‌شوند و ادعا می‌کنند که تحقیقاتی که در دادسرا انجام شده تحت‌تأثیر فشار یا شکنجه بوده اما بازسازی صحنه قتل می‌تواند روند فرار از مجازات را خنثی کند؛
چون نحوه قتل توسط شخص متهم نشان داده می‌شود و با تهیه عکس و فیلم مستند می‌شود و وقتی مطابق با همانی باشد که در بررسی علمی صحنه جرم و نتیجه پزشکی‌قانونی(درخصوص نحوه ورود گلوله به بدن مقتول یا وارد آمدن ضربه چاقو و...) به‌دست آمده است، جایی برای انکار در دادگاه نمی‌ماند.
مرحله پایانی تحقیقات از متهم در دادسرا صدور قرار نهایی و کیفرخواست است. به این شکل که بعد از آنکه برای بازپرس مسجل شد که فرد مرتکب قتل شده نظر خود را در قالب قرار نهایی صادر می‌کند و دادستان یا نماینده او پس از بررسی قرار درصورت موافقت با آن با صدور کیفرخواست پرونده را به دادگاه کیفری می‌فرستد تا در آنجا متهم محاکمه شود. یکی از پرسش‌هایی که در پرونده آقای نجفی مطرح شده این است که چرا فردی که سرشناس است یا خودش با پای خودش به پلیس آگاهی رفته تا پیش از محاکمه باید بازداشت شود که پاسخ روشنی دارد. قرار متناسب برای افراد متهم به قتل، قرار بازداشت موقت است.
چه فرد دستگیر شود یا تسلیم یا گمنام باشد و مشهور. باید توجه داشت که گاهی ممکن است همه این تحقیقات زمانبر باشد و عدم‌آشنایی با این روند ممکن است باعث اظهارنظرهایی شود که تنها نتیجه آن منحرف کردن افکار عمومی است. در چنین پرونده‌هایی افکار عمومی باید منتظر بماند تا نتیجه تحقیقات مشخص و اعلام شود و افراد و رسانه‌ها نیز نباید شتاب‌زده درباره روند تحقیقات قضاوت کنند که نتیجه این اقدام چیزی جز پیچیده کردن ماجرا و انحراف افکار عمومی نیست.