خاتمی نخستین بار ۱۸ اسفند۹۷ به‌دلیل اظهاراتش در ارتباط با تقلب در انتخابات ریاست‌جمهوری دهم به دادگاه احضار شد که به دلایلی دادگاه برگزار نشد. جلسه دوم رسیدگی به اتهامات این فعال سیاسی هم در تاریخ دهم اردیبهشت برگزار شد.
به گزارش ایرنا، خاتمی پس از پایان دادگاه در جمع خبرنگاران گفت: عنوان دادگاه علنی بود اما می‌توانست بهتر برگزار شود. رئیس دادگاه سعه‌صدر داشتند که قابل تقدیر است، آمدن آقای قطبی رئیس دادستان فرهنگ و رسانه هم نشان می‌دهد که ما در دادگاه اول مؤثر عمل کردیم و برخلاف آنچه تصور می‌شد دست خالی وارد دادگاه نشدیم و به گفته دوستان با ماشین حساب رفتیم. نایب‌رئیس مجلس ششم گفت: درباره ۸ میلیون تقلب در آرای انتخابات هم استنادات متقنی وجود دارد که من در دادگاه اول و دوم ارائه دادم اما بخش‌های مهم‌تر از انتخابات۸۸ باقی مانده که شاید مهم‌تر از بخش‌های اول باشد.
وی ادامه داد: شاید در شرایط فعلی کشور پرداختن به این مسئله صلاح نباشد اما به هرحال قوه قضاییه تصمیم به رسیدگی علنی گرفته که ما هم استقبال می‌کنیم. هرچند اعلام عدم‌انتشار محتویات مطالب، علنی بودن دادگاه را مخدوش می‌کند. خاتمی افزود: فارغ از اینکه چه اتفاقی بعدا خواهد افتاد از این نظر خوشحالم که قوه قضاییه این فرصت را به منتقدان انتخابات ریاست‌جمهوری سال۸۸ می‌دهد تا نظرات خود را بیان کنند.
این دادگاه می‌تواند ختم دعواهای سال۸۸ باشد. نایب‌رئیس مجلس ششم افزود: من با عدد و رقم به ادعای خودم که ۸میلیون است رسیده‌ام که این حداقل است. اما نمایندگان مجلس می‌توانند در این زمینه تحقیق کنند که عدد و رقم واقعی چقدر بوده است. خاتمی تأکید کرد: من عدد ادعایی خود را ثابت می‌کنم اما عدد برای من مهم نیست برای من مهم این است که در این انتخابات هم به مردم و هم جمهوری اسلامی جفا شده است. حتی اگر ۲ میلیون هم تقلب به اثبات برسد، موضوع عدم‌سلامت انتخابات دهم به اثبات خواهد رسید.
وی افزود: چیزی که من به‌دست آوردم ظاهر امر و دستکاری‌های انجام شده در انتخابات است. اما پشت پرده را هم در جلسات بعد ارائه خواهم داد. خاتمی درباره شهودی که در این دادگاه حاضر خواهند بود، گفت: از شورای نگهبان و رأس این شورا یعنی آقای جنتی و کدخدایی، از وزارت کشور آقایان محصولی، دانشجو و شریفی راد و از مسئولان استان‌ها هم درخواست کردم که احضار شوند. همچنین آقایان رضایی، قالیباف، سلیمانی، مطهری، شمخانی، علی لاریجانی و پورمحمدی افرادی هستند که به اظهارات آنها استناد کردیم و از قاضی دادگاه درخواست کردم که در جلسه حضور داشته باشند. چهارمین جلسه محاکمه محمدرضا خاتمی روز ۲۲ خردادماه امسال برگزار می‌شود.
- حاشیه‌نگاری همشهری از دادگاه محمدرضا خاتمی
سرباز نوجوان با وسط کشیدن ردیف صندلی‌های راهروی دادسرای ویژه رسیدگی به جرایم کارکنان دولت، از محمدرضا خاتمی، خبرنگاران و همراهانش مکرر می‌خواهد آن طرف بایستند تا مجوز ورود به اتاق کوچک دادگاه صادر شود. مصطفی تاجزاده، علی شکوری‌راد، فیض‌الله عرب‌سرخی و آذر منصوری از همان درب ورودی ساختمان شماره۲ قوه قضاییه به میدان ارگ آمده‌اند تا محمدرضا خاتمی را همراهی کنند و در جلسه علنی دادگاه نیز حضور یابند. اجازه ورود داده نمی‌شود و با اصرار جمع حاضر، قرار می‌شود خاتمی ۵نفر را به انتخاب خودش به اتاق نه‌چندان بزرگ دادگاه ببرد.
عوامل برگزاری جلسه به خاتمی می‌گویند همه افراد نمی‌توانند از جریان شما باشند؛ ۵صندلی برای شماست و ۵صندلی هم برای ما؛ این در حالی است که پرونده، شاکی خصوصی ندارد و خبرنگاران حضور برخی چهره‌های دیگر ازجمله فیلمبردار را نیز در جلسه روایت می‌کنند. خاتمی ترجیح می‌دهد سهم خود را به خبرنگاران اختصاص دهد؛ از تاجزاده و بقیه همراهان عذرخواهی می‌کند و وارد جلسه می‌شود. تاجزاده به محمدرضا خاتمی توصیه می‌کند که ۲تصویربردار از صدا و سیما و ۳خبرنگار از رسانه‌های دیگر را با خودش به جلسه ببرد که خاتمی به مزاح می‌گوید دوربین‌های دیگری هستند دادگاه را ضبط کنند.
خبرنگاران صدا و سیما اجازه ورود به دادگاه را پیدا نمی‌کنند، با وجود علنی بودن جلسه دادگاه مجوز انتشار گزارش آن به خبرنگاران داده نمی‌شود و موبایل و ضبط صدای آنها بیرون جلسه به صندوق امانات تحویل می‌شود. جلسه‌ای که امیر قطبی، رئیس دادسرای فرهنگ و رسانه نیز در آن حضور یافته و در جریان برگزاری‌اش قرار دارد.