محمد ذبیحی پای کرسی تدریس علمای قم از جمله آیات عظام مرحوم محمدفاضل لنکرانی، حسین وحید خراسانی و عبدالله جوادی آملی، علوم فقهی را فراگرفته و همچنین دارای مدرک دکترای فلسفه از دانشگاه تهران است.
از جمله سوابق اجرایی حجتالاسلاموالمسلمین ذبیحی میتوان به مواردی چون مسئولیت مرکز تربیت مدرس دانشگاه قم، فعالیت به عنوان معاون فرهنگی این دانشگاه، عضویت در کمیته تخصصی تعیین سرفصلهای دروس معارف اسلامی دانشگاه قم، عضویت در هیأت مؤسس مرکز مطالعات ادیان و مذاهب اسلامی و مدیریت گروه فلسفه و کلام اسلامی دانشکده آموزشهای الکترونیک اشاره کرد.
وی همچنین عضو هیأت علمی و استاد تمام دانشگاه قم بوده و در دانشگاه تهران سابقه تدریس دارد. ذبیحی در سال ١٣٨۰ به عنوان استاد و پژوهشگر نمونه دانشگاه قم برگزیده شد.
دکتر محمد ذبیحی در سال ١٣٨٧ توسط آیتالله مهدی قاضی خرمآبادی، رئیس وقت دانشگاه جامع قم، به عنوان قائم مقام رئیس این دانشگاه منصوب شد. ذبیحی همچنین مؤلف کتابهای «فلسفه مشاء با تأکید بر اهم آراء ابنسینا»، «حکمت عملی از نگاه سه فیلسوف مسلمان فارابی، ابنسینا و ملاصدرا»، «داوریها، شناختشناسی و نظام نوری در فلسفه اشراق» و «المبداء و المعاد ملاصدرا» است و آثاری همچون «بررسی و نقد دیدگاه شیخ اشراق، ملاصدرا و ابنسینا» نیز از جمله مقالات وی است.
ذبیحی همچنین در زمینه فعالیتهای نشر و رسانه نیز سوابقی همچون مسئولیت انتشارات دانشگاه قم، عضویت در هیأت تحریریه «دوفصلنامه پژوهشهای هستیشناختی» و عضویت در هیأت تحریریه «دوفصلنامه فلسفه و کلام» را در کارنامه خود دارد. وی همچنین سابقه مدیرمسئولی و عضویت در هیأت تحریریه «فصلنامه پژوهشهای فلسفی-کلامی» را در کنار چهرههایی مانند آیتالله صادق لاریجانی، دکتر غلامحسین دینانی، دکتر سیدمصطفی محقق داماد، دکتر احمد بهشتی و دکتر محسن جوادی دارا است.
دکتر ذبیحی توسط دکتر احمد احمدی اولین رئیس سازمان مطالعه و تدوین کتب علوم انسانی دانشگاهها (سمت) به عنوان قائممقام و معاون پژوهشی سازمان مطالعه و تدوین کتب علوم انسانی دانشگاهها (سمت) انتخاب شد و پس از درگذشت این استاد فقید، در خردادماه ١٣٩٧ و با ابلاغ وزیر علوم، تحقیقات و فناوری به سرپرستی سازمان سمت منصوب شد.
ذبیحی در خرداد ماه ۱۳۹۸ پس از یکسال سرپرستی سازمان سمت، با تایید کمیته تعیین روسای دانشگاهها که با حضور دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری؛ بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها برگزار میشود، به ریاست سازمان سمت رسید.