روزنامه شرق نوشت: «۲۰ خردادماه مصادف است با عزل بنی‌صدر، نخستین رئیس‌جمهوری ایران از فرماندهی کل قوا به فرمان امام. به فاصله چند روز بعد هم طرح عدم کفایت سیاسی او در مجلس طرح شد و ۲۶ خردادماه به تصویب رسید. در تاریخ‌نگاری رسمی از بنی‌صدر، به‌ویژه در نحوه مواجهه او با جنگ به‌عنوان خائن نام برده می‌شود اما در سال‌های اخیر برخی اظهار نظرها در این ایده تشکیک وارد کرده است.
آخرین بار وقتی احمد توکلی گفته بود که بنی‌صدر خائن بود، محمد درودیان به او واکنش نشان داد. توکلی در توضیح درباره خائن‌بودن بنی‌صدر، به ملاقات با امام اشاره می‌کند و می‌گوید: «یک روز آقایان خامنه‌ای، هاشمی، یزدی، رجایی، پرورش، بنده و مرحوم محمد منتظری خدمت امام رفتیم. نوبت به من رسید، به امام گفتم بنی‌صدر نوار پرمی‌کند، نامه سرگشاده علیه مجلس می‌نویسد و در میتینگ‌هایش مثل میدان آزادی علیه مجلس حرف می‌زند اما نوبت به ما که می‌رسد شما می‌فرمایید هیچی نگویید. امام گفت: شماها هم می‌گوئید! ما تعجب کردیم و گفتیم ما که خفه شدیم از بس هیچ چیز نگفتیم. امام فرمود آن نامه‌ای که آشیخ محمد (منتظری) نوشته است خوب بود؟ روز قبل محمد منتظری یک نامه محرمانه‌ای نوشته بود (از این نامه‌های محرمانه که منتشر هم می‌کرد) و در آن یک کیسه حسابی از بالا تا پایین بنی‌صدر را کشیده بود. برای ما تعجب‌آور بود که امام آن نامه را خوانده بود و در جریان آن قرار داشت و آن را هم به حساب همه ما گذاشت. به اینجا که رسید، محمد منتظری خندید و گفت حالا ١٠٠ تا او گفته یکی هم ما گفتیم. بعد امام شروع به نصیحت کرد و گفت که جنگ است، بچسبید به جنگ، از این حرف‌ها کوتاه بیایید، نباید اختلافی شکل بگیرد. ما هم دست از پا درازتر از این جلسه بیرون آمدیم. »
محمد درودیان، تاریخ‌نگار، سال ۹۴ در یادداشتی در واکنش به ادعای توکلی نوشته بود: «تاکنون در این زمینه هیچ‌گونه اثر پژوهشی کامل و درخور اعتنا منتشر نشده است. آقای توکلی، نماینده محترم مجلس، چنانک ه اشاره شد در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس به موضوع خائن‌بودن بنی‌صدر اشاره و خاطره‌ای از ملاقات با امام خمینی نقل کرده است که در عین اهمیت سیاسی آن، نه‌تنها ارتباط چندانی به تأیید خائن‌بودن بنی‌صدر در جنگ ندارد، بلکه بیانگر دیدگاه امام درباره ضرورت اجتناب از اختلافات سیاسی و تمرکز بر حل مسئله جنگ است. »
موضوع خائن‌نبودن بنی‌صدر در جنگ را برای نخستین بار دریادار علی شمخانی در بازبینی و تحلیل تحولات دهه ۶۰، در یک برنامه تلویزیونی، در بحبوحه رخدادهای سال ۱۳۸۸ اعلام کرد که بازتاب نسبتاً گسترده‌ای داشت و حتی به او بسیار انتقاد شد. مجری برنامه از او سوال کرده بود: «جریان نامه‌ای که بعد از فتح خرمشهر برخی فرماندهان نظامی به بنی‌صدر نوشتند و دستور عقب‌نشینی ایشان را تقبیح کردند، چه بود؟ » که شمخانی پاسخ داد: «بنی‌صدر اصلاً آن موقع نبود. بنی‌صدر تا زمانی که در خاک ایران و فرمانده کل قوا بود، هیچ عملیات موفقی انجام نداد، بنی‌صدر در عملیات سال ۵۹ که می‌خواست خرمشهر را آزاد کند و شکست خورد و فاجعه هویزه رخ داد، قصد خیانت نداشت! بنی‌صدر دنبال پیروزی بود و اگر پیروز می‌شد، تانک‌هایی که به سمت بصره می‌رفتند تانک‌هایی در تهران به سمت کرسی‌های قدرت می‌رفتند و می‌گفت من عامل پیروزی‌ام. بنابراین بنی‌صدر خیانت نکرد. »
در یکی از آخرین اظهار نظرها هم مصطفی میرسلیم به تسنیم گفته بود: «من شخصاً سند محکمی که نشان‌دهنده وابستگی بنی‌صدر به بیگانگان باشد، ندیده و نیافته‌ام اما بنی‌صدر با آن ویژگی آقازادگی و به‌علاوه نداشتن تسلط بر نفسانیات که ترکیب شده بود با اطرافیانی اغلب غیر انقلابی و فرصت‌طلب و خانواده‌ای که چندان مراعات اقتضای ظاهر انقلاب را هم نمی‌کردند، گرفتار خودشیفتگی شد و این خودشیفتگی او را به سقوط در دامان ننگین منافقان کشاند. منافقان با تحلیل شرایط او، به‌راحتی و سریعاً توانستند او را که منزوی شده بود، طعمه خود کنند. »
با این حال سیدیحیی رحیم‌صفوی، فرمانده سابق سپاه، به فاصله دو سال دو اظهار نظر متضاد درباره بنی‌صدر داشته است. او خرداد ۸۹ در حاشیه همایش شب خاطره گفته بود: «بنی‌صدر چه در دوران جنگ و چه در ارتباط با منافقین به صورتی کاملاً آگاهانه اقدام به خیانت کرد و این امری محرز است. »
او با رد این ادعا که «بنی‌صدر تنها مرتکب اشتباه شده و قصد خیانت به ملت و کشور را نداشته است»، گفته بود: «این فرد چند ماه قبل از جنگ فرمانده کل قوا بود و این در حالی است که با هشدارهای متعددی که به او مبنی بر احتمال وقوع جنگ از سوی عراق می‌شد، از در اختیار قراردادن سلاح و مهمات به نیروهای سپاهی و ارتشی و نیز آماده‌کردن آنان خودداری می‌کرد. »
این در حالی است که او خرداد ۸۷ در برنامه محرمانه‌ای که از شبکه سه سیما پخش می‌شد، در پاسخ به سوال مجری برنامه مبنی‌بر این که «می‌گویند بنی‌صدر در جنگ و دفاع خیلی به ما خیانت کرد، ولی هیچ‌کس نگفته خیانت او چه بود»، اظهار کرد: «من هم نمی‌توانم کلمه خیانت را به کار ببرم، بلکه نفهمی او را در برابر موضع خودش که رئیس‌جمهور بود و فرمانده کل قوا بود اما انقلاب اسلامی را درک نکرده بود و عظمت امام را و این که بالاخره باید تابع امام باشد. البته از مسئله جنگ هم چیزی نمی‌فهمید. »
سردار محسن رشید، یکی دیگر از سرداران جنگ، هم در سال ۸۸ در بخشی از گفت‌وگوی خود با تاریخ ایرانی درباره نقش بنی‌صدر در جنگ گفته بود: «در مورد این که آیا بنی‌صدر خائن بود یا نه، نگاه افرادی که او را خائن بالفطره می‌دانند یک نگاه افراطی است. به نظر من از وقتی که بنی‌صدر در حوزه سیاست داخلی با سازمان مجاهدین خلق علیه حاکمیت پیوند برقرار کرد، عمل او خیانتکارانه است. می‌خواهم بگویم که خیانت بنی‌صدر در حوزه داخلی است نه در حوزه جنگ. هر چند که در حوزه جنگ مدیریت مقبولی نداشت. حالا بعضی‌ها این عدم مقبولیت روش‌ها را دال بر خیانت او می‌دانند که به نظر من این طور نبود. بنی‌صدری که در جبهه جنگ ترک (پشت) موتور می‌نشست و به خطوط مقدم سر می‌زد نمی‌تواند خائن باشد. من یقین دارم که بنی‌صدر می‌خواست در جنگ پیروز شویم ولیکن می‌خواست از پیروزی در جنگ، برای پیروزی جناح خود در داخل حاکمیت بهره بگیرد. دوست داشت در جنگ پیروز شود تا در تهران حرف اول را بزند و رقبای خود را منزوی کند. خب این اسمش خیانت جنگی نیست اما این که آیا می‌توانست با این روش‌ها از پس عراق برآید؟ به نظر من نمی‌توانست، چون از پتانسیل‌های ملی مردمی نمی‌توانست استفاده کند. حالا این که چرا نمی‌توانست از این پتانسیل‌ها استفاده کند بخشی از آن به دلیل مشاورانش بود و بخشی به‌خاطر دیدگاه‌هایش و بخشی هم به‌خاطر رقابت‌های داخلی بود. »