حضرت آیت‌الله خامنه‌ای اردیبهشت سال ۹۴در دستوری به وزارت بهداشت اعلام کردند: «هیچ کودک افغانستانی، حتی مهاجرینی که به‌صورت غیرقانونی و بی‌مدرک در ایران حضور دارند، نباید از تحصیل بازبمانند و همه آنها باید در مدارس ایرانی ثبت‌نام شوند. »
بعد از اعلام این موضوع وزارت آموزش و پرورش در دستورالعمل‌هایی به مدارس اعلام کرد که باید دانش‌آموزان افغانستانی را در مدارس ثبت نام کنند اما در عمل در سال‌های گذشته برخی مدارس از این موضوع خودداری کردند و یا اینکه سنگ‌اندازی‌هایی را صورت دادند مثلا عملا با درخواست شهریه یا هزینه کمک مدرسه و... موانع جدی پیش روی خانواده‌های افغانستانی قرار دادند و آنها را به نوعی از حضور در مدارس پشیمان کردند.
همچنین در برخی از مدارس هم تبعیض‌هایی را بین دانش‌آموزان ایرانی و افغانستانی به‌وجود آوردند که عملا تحصیل در این مدارس را برای دانش‌آموزان اتباع این کشور سخت کرد. شرایطی که حالا باعث شده وزارت آموزش و پرورش در دستورالعملی به مدارس خواستار پایان دادن به این تبعیض‌ها شوند.
رضوان حکیم‌زاده، معاون آموزشی ابتدایی آموزش و پرورش به مهر گفته است: «در شیوه‌نامه‌ای که به کل مدارس ارسال شده است ذکر شده که هیچ‌گونه تبعیضی بین اتباع خارجی و ایرانی در فضای آموزشی نباید وجود داشته باشد. » او گفت: «می‌توانم این خبر خوشحال‌کننده را بدهم که با پیگیری‌هایی که صورت گرفته است چالش‌های گذشته درخصوص عدم‌پذیرش فرزندان اتباع برای تحصیل رفع شود. دستورالعملی به تصویب رسید و به مدارس ابلاغ شد که امسال برای اتباع خارجی و ثبت نام آنها دارای کمترین چالش باشیم. »
او بدون اشاره به برخی از برخوردهای نامناسب و عدم‌پذیرش حضور دانش‌آموزان افغانستانی در مدارس از سوی بعضی از خانواده‌های دانش‌آموزان ایرانی گفت: «معاونت ابتدایی پیگیری‌های مفصلی انجام داد و در این خصوص فرهنگسازی‌هایی نیز در سطح جامعه صورت گرفته است.
هم‌اکنون بیشتر صحبت ما روی این است که چگونه کیفیت حضور این دانش‌آموزان در فضای آموزشی را ارتقا دهیم. گام اول برای ما پوشش تحصیلی تمام دانش‌آموزان ایرانی و غیرایرانی بود و گام مهم بعدی نهادینه کردن تربیت عاری از تبعیض کودکان و نوجوانان در محیط کشورمان است. به‌معنای دیگر از نظر ما چنین تربیتی زیبنده مدارس جمهوری اسلامی بوده و از همین رو جدا کردن اتباع از دانش‌آموزان ایرانی ممنوع است.
در سال تحصیلی جاری که به پایان رسید طبق آمارهای وزارت آموزش و پرورش تعداد۳۲۲هزار و ۴۵۰دانش‌آموز افغانستانی در مقاطع مختلف تحصیل می‌کردند که ۲۹۳هزار و ۳۶۶نفر آنها در مقطع ابتدایی بودند.