بلافاصله بعد از آغاز به کار دکتر نمکی به عنوان سرپرست وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اولین تغییر مدیریت در سازمان غذا و دارو انجام شد و دکتر مهدی پیرصالحی با سابقه حضور در صنعت و مدیریت اجرایی سازمان غذا و دارو به این سازمان آمد. اما دوره مدیریت پیرصالحی خیلی زود به پایان رسید تا شیوه قرارگاهی، جایگزین سازمان غذا و دارو شود و دکتر شانه‌ساز با سوابق کاری مشابه دکتر پیرصالحی تحت نظارت قرارگاه، اداره عالی‌ترین سازمان اجرایی ناظر بر سلامت دارویی کشور را عهده دار شود.
گرچه وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی عدم تطابق سیاست‌های پیرصالحی با وضعیت کنونی کشور به ویژه شرایط تحریم را دلیل این تغییر دانست، رئیس پیشین سازمان در مراسم تودیع خود به نقش برخی از نمایندگان مجلس در این تغییر اذعان کرد. صحبت‌هایی که واکنش تند قربانی نایب رئیس کمیسیون بهداشت مجلس را در پی داشت ولی این نماینده مجلس تلویحاً نقش نمایندگان در تغییرات سازمان غذا و دارو را تأیید کرد.
در ادامه تنش موجود در زنجیره تأمین دارو، مسئله جمع‌آوری داروی لوزارتان از بازار دارو حادثه‌ساز شد و روزنامه شرق، گزارشی از سهل‌انگاری در جمع‌آوری ماده موثره هندی از بازار منتشر کرد که با بیانیه شرکت درگیر در ماجرا و گزارش روزنامه شرق پاسخ داده شد. به همین سبب تنش‌های موجود در بازار دارو حاصل نوعی سهم‌خواهی است و ارتباطی به شفافیت ندارد. همچنین در طول سال‌های متمادی تحت پوشش شعار کلی «حمایت از تولید داخل» عده‌ای از منافع سرشاری بهره‌مند شده‌اند.
این عده در برخی از موارد با استفاده از مواد اولیه نامرغوب کشورهایی همچون هند یا با توسل به بسته‌بندی و یا انجام یک مرحله از سنتز، به عنوان تولیدکننده سود کلانی کسب کردند. اما با افزایش تعداد منفعت‌برندگان و محدودیت بازار دارویی ایران، این افراد برای کسب سهم بیشتر از بازار دارویی کشور به جان هم افتاده‌اند. متأسفانه به دلیل فقدان نظارت دقیق و تمایل منفعت‌برندگان به دستیابی به سود آسان در بازارهای داخلی، توان ورود ایران به بازارهای بین‌المللی بسیار ضعیف بوده و حتی حضور رسمی ایران در بازارهایی مانند افغانستان و عراق در مقایسه با رقیبان بین‌المللی بسیار ناچیز است.
از این رو بازارهای داخلی، میعادگاه تمام منفعت‌برندگان شده و آنها برای رسیدن به سهم بیشتر از این بازار سهل‌الوصول به تخاصم با یکدیگر روی آورده‌اند. به هر حال جامعه تشنه شفافیت است ولی اگر واژگان را در مسیر صحیح به کار نبندیم، حساسیت عمومی درخصوص آنها کاهش خواهد یافت. در درجه اول باید روشن کنیم وظیفه ذاتی سازمان متولی سلامت مردم نه حمایت از تولید است و نه دخالت در جنگ سهم‌خواهان. متولیان سلامت شهروندان باید با نظارت جامع و علمی بر فرایند تولید و توزیع کالاهای سلامت‌محور، اعتماد عمومی به این محصولات را افزایش دهد؛
به عنوان نمونه باید پاسخ داده شود اگر یک نوع ماده اولیه بنابر نظر مراجع علمی جهان خطرناک تشخیص داده شده و باید در خط ویژه ای تولید شود در کشور در کجا و با چه قواعدی تولید می شود؟ یا مشخص گردد کدام مواد اولیه واقعا در کشور تولید می‌شود و کدام موارد، مصداق بهره‌برداری از عنوان تولید برای استفاده از بازار غیررقابتی است. تعیین سهم بازار، وظیفه سازمان غذا و دارو نیست، بلکه این وظیفه سندیکاهای دارویی است که سال‌هاست از انجام آن شانه خالی کرده‌اند. همچنین این مسئله برای مصرف‌کننده دارو مهم است که بداند کدام شرکت‌ها آزمایش فراهم‌زیستی داروهای رونویسی شده را به درستی انجام می‌دهند و یا شرایط تولید در کدام کارخانه‌ها با استانداردهای علمی منطبق است.
در بحث شفافیت مالی باید مشخص شود منافع حاصل از فروش داروها به کدام حساب‌ها وارد می شود؛ به عنوان مثال گفته می‌شود که یکی از مدافعان تولید، سهامدار مخفی چندین کارخانه تولید ماده اولیه است. البته فرد یاد شده تنها در زمینه سلامت شهروندان مدافع تولید داخل است و در زندگی شخصی خود از سوار شدن بر خودروهای لوکس وارداتی ابایی ندارد. به هر حال باید مشخص شود چه کسی از کجا منفعت می‌برد. شفافیت واقعی یعنی اینکه جامعه بداند چرخه پول در داروسازی به نفع چه کسانی در گردش است. اگر مدیران سلامت یا راهبردسازان کشور از منافع حاصل از گردش دارو منفعت می‌برند باید مسئله برای جامعه شفاف گردد.
از سوی دیگر در بسیاری از کشورها فعالان عرصه بالینی پزشکی از سهامداری شرکت‌های تولید کننده کالاهای سلامت‌محور منع شده‌اند. این مسئله باید در ایران شفاف شود که کدام پزشکان به طور مستقیم در شرکت‌ها سهامدار هستند یا تحت عنوان مشاوره علمی، همکاری و ... از شرکت‌ها سود می‌برند. وظیفه وزارت بهداشت تدوین ضوابطی است که ارتباط فعالان عرصه بالینی با شرکت‌های داروسازی را محدود کند. همچنین در سال‌های اخیر پدیده عجیبی در بازاریابی شرکت‌ها در حال شکل‌گیری است.
شرکت‌های دارویی با استخدام بیماران مصرف‌کننده داروی خود به جمع بیماران نفوذ کرده و از طریق شناسایی بیماران پرهیاهو هجمه علیه منتقدان و شرکت‌های رقیب خود به راه می‌اندازند. دامنه استخدام بیماران در شرکت‌ها حتی به استخدام اعضای هیأت‌مدیره انجمن‌های حمایتی کشیده شده است. این شیوه که مغایر اخلاق بازاریابی است در درازمدت می‌تواند باعث تضعیف اعتماد عمومی به کیفیت محصولات تولید شده شود. شفاف‌سازی واقعی مقابله با این پدیده‌های ناپسند است. همچنین تدوین ضوابط شفافیت و انتشار شفاف نام منفعت برندگان مهم‌ترین وظیفه سازمان متولی سلامت مردم است. اگر مسیری غیر از این طی شود، نتیجه جز بی‌خاصیت شدن واژه شفاف‌سازی نخواهد بود.