جعفر کاشانی بازی حرفه‌ای را با تیم شاهین و در سال ۱۳۴۲ شروع کرد. وی که تا پیش از آن در تیم‌های محلی شرق تهران بازی می‌کرد توسط عباس اکرامی، بنیانگذار تیم شاهین کشف شد و به آن تیم رفت. وی دو سال بعد با تیم شاهین نخستین تجربه قهرمانی در فوتبال ایران را تجربه کرد.
با بسته شدن تیم شاهین در سال ۱۳۴۶ وی به همراه تعداد دیگری از بازیکنان این تیم از جمله جعفر کاشانی، حسین کلانی و همایون بهزادی به پرسپولیس پیوست. اولین حضور جعفر کاشانی در ترکیب پرسپولیس در یک دیدار دوستانه برابر تاج در روز ۱۶ فروردین ۱۳۴۷ بود.
کاشانی تا ۲۷ آذر ۱۳۵۳ آخرین بازی فوتبال خود را با لباس تیم پرسپولیس انجام داد.
او از سال ۱۳۴۷ تا سال ۱۳۵۳ عضو تیم ملی فوتبال ایران بود و ۳۸ بازی با لباس تیم ملی انجام داد.
جعفر کاشانی به غیر از فوتبال کارمند سیاسی وزارت امور خارجه و کاردار و سرکنسول ایران در کشورهای انگلستان، آلمان، سوریه و امارات بود.
جعفر کاشانی دارای ۳ فرزند به نام‌های شاهین و فاطمه و حمیدرضا است.
آخرین حضور فوتبالی جعفر کاشانی ریاست هیات مدیره باشگاه پرسپولیس بود.