این در حالی است که پزشکان عمومی چند صباحی است سرشان خلوت شده است. با وجود این‌که جمعیت این پزشکان بیش از یک‌سوم جامعه پزشکان را تشکیل می‌دهد، در طرح تحول سلامت جایگاه خاصی برای این پزشکان تعریف نشده است؛ طرح پزشک خانواده نیز که فقط روی کاغذ مطرح شد نتوانست باعث رونق مطب این پزشکان شود.
رعایت نشدن نظام ارجاع از یک‌سو و مراجعه غیراصولی برخی بیماران برای آگاهی از بیماری خود به پزشکان متخصص از سوی دیگر به امنیت شغلی این قشر از پزشکان لطمات جبران‌ناپذیری وارد کرده است. در حالی که در روند اصولی درمان باید ابتدا بیمار به پزشک عمومی و به تشخیص این پزشکان به پزشک متخصص مراجعه کند اما پس از به اجرا درآمدن طرح تحول سلامت و دعوت از پزشکان متخصص در بیمارستان‌های دولتی با دریافتی بالا و البته حق ویزیت پایین، مردم تمایل بسیار زیادی برای مراجعه به متخصصان و فوق تخصص‌ها پیدا کرده‌اند.
مردم با بروز نشانه هر بیماری مثل ترش کردن معده، سردرد و گوش‌درد، بدون این‌که به پزشک عمومی مراجعه کنند مستقیم نزد پزشک متخصص می‌روند و این یعنی بی‌اهمیت دانستن پزشک عمومی در نظام ارجاع؛ اجرای همین روند باعث شده است مراجعه‌های غیرضروری به پزشکان متخصص افزایش یابد و وقت این پزشکان برای معاینه و مداوا پر باشد؛ همچنین نوبت‌دهی پزشکان متخصص به بیمار فرآیندی طولانی طی می‌کند که گاه ۵ تا ۶ ماه برای نوبت ویزیت یک متخصص بیمار باید در انتظار بماند.
در چنین حالتی پزشکان متخصص نیز وقتی برای مطالعه مشکل مریض خود ندارند و با ویزیت گروهی و وقت کم برای هر بیمار باعث ایجاد مشکلات و نارضایتی بیماران مراجعه‌کننده می‌شوند. علاوه بر وجود مشکلاتی در نظام ارجاع طرح تحول سلامت، تصور اشتباه شهروندان نیز باعث ازدحام حضور در مطب و مراکز درمانی برای ویزیت پزشکان متخصص است. مردم فکر می‌کنند اگر برای تشخیص بیماری به پزشک متخصص مراجعه کنند زودتر به نتیجه می‌رسند ولی عملاً همیشه این‌طور نیست چراکه پزشکان متخصص در یک رشته خاص تبحر پیدا کرده‌اند ولی پزشک عمومی با توجه به تجاربی که دارد و اختصاص زمان بیشتر به بیمار و معاینه کلی در تشخیص ابتدایی و سایر بیماری‌های نهفته می‌تواند مفیدتر باشد.
آسیب‌شناسی مراجعه بی‌رویه و غیرعلمی به پزشک متخصص نشان‌دهنده نبود نظام ارجاع و پزشک خانواده است که البته هزینه‌های زیادی را به دولت تحمیل می‌کند. این در حالی است که پزشک عمومی می‌تواند در برنامه پزشک خانواده حضور پررنگ تری داشته باشد و در درازمدت سلامت جامعه را تضمین کند و هزینه سلامت را کاهش دهد. مراقبت درست از بیمار توسط پزشک عمومی که در برنامه پزشک خانواده دیده شده است یکی از راهکارهای مراقبت از سلامتمردم و اهمیت به نظام ارجاع است.