شرق در ادامه نوشت: تا پنج سال بعد از انقلاب، ساختار اطلاعاتی امنیتی در مراکزی چون معاونت اطلاعات نخست‌وزیری، کمیته‌های انقلاب یا واحدهای اطلاعاتی برخی نهادهای انقلابی یا قضائی پخش بود. انقلابیون که از تشکیلات ساواک خاطره خوبی نداشتند به لزوم راه‌اندازی یک سیستم امنیتی اطلاعاتی مجزا فکر نکرده بودند. شاید اگر ترورها، بمب‌گذاری‌ها و رخدادهای تنش‌زای مسلحانه سال‌های اول دهه ۶۰ رخ نداده بود، هیچ‌گاه هم به صرافت راه‌اندازی وزارت اطلاعات نمی‌افتادند. ابتدا دفتر اطلاعات نخست‌وزیری با ابتکار شهید رجایی شکل گرفت و امور اطلاعاتی میان سپاه و ارتش و کمیته و شهربانی تقسیم شد. سرانجام کلیات طرح تأسیس وزارتخانه اطلاعات در مجلس تصویب و لایحه‌اش سال ۱۳۶۲ در دولت میرحسین موسوی تهیه و در مجلس تصویب شد.
محمد شریعتمداری دیدگاه‌های متفاوتی را که در زمان تأسیس وزارت اطلاعات میان نیروهای امنیتی به وجود آمده بود، این‌گونه روایت کرده است: «برخی می‌گفتند که فعالیت‌های اطلاعاتی در قالب وزارت، نظام را ضربه‌پذیر می‌کند که این نگاه هنوز هم هست. می‌گویند وجود سازمان‌های اطلاعاتی مختلف هزینه‌های نظام را کم می‌کند ... مخالف تمرکز فعالیت‌های اطلاعاتی در قالب یک سازمان بودند و می‌گفتند پراکندگی سازمان‌های اطلاعاتی موازی باعث امنیت بیشتری می‌شود. این بحث وجود داشت که همه مردم ایران باید در حفظ دستاوردهای نظام مشارکت کنند و هنوز هم می‌گویند. اما گروه دیگری می‌گفتند این پراکندگی، برآورد این نوع اقدامات را پایین می‌آورد و موازی‌کاری درگیری‌ها و گرفتاری‌های بسیاری را به وجود می‌آورد. در هر صورت طرز تفکر تمرکز فعالیت‌های اطلاعاتی پیروز شد و وزارت اطلاعات شکل گرفت».
از همان ابتدا درباره اینکه این سازمان زیر نظر کدام‌یک از ارگان‌ها اداره شود، اختلاف نظر وجود داشت. عده‌ای معتقد بودند تشکیلات اطلاعاتی باید زیر نظر سپاه پاسداران اداره شود ولی عده‌ای دیگر، این سازمان را زیر نظر قوه قضائیه قرار می‌دادند. عده‌ای نیز آن را جزئی از نهاد ریاست‌جمهوری می‌دانستند و حتی گروهی معتقد بودند به دلیل حساسیت و اهمیت تشکیلات اطلاعاتی، سازمان اطلاعات باید زیر نظر بالاترین مقام کشور یعنی رهبری اداره شود. اما گویا ترس از قدرتمندشدن و در واقع غیرقابل کنترل‌شدن تشکیلات امنیتی، باعث شد تا سرانجام به جای «سازمان اطلاعات» لایحه وزارت اطلاعات در دستور کار قرار گیرد؛ تا از یک طرف مجلس و از طرف دیگر رئیس‌جمهور بر عملکرد آن نظارت داشته باشند.
محمد شریعتمداری در همین‌باره گفته است: «واقعا خاطرم نیست که چه کسانی طرفدار سازمان اطلاعات بودند. اما من و آقایان حجاریان و خسرو تهرانی فکر می‌کردیم وزارت اطلاعات از سازمان اطلاعات بهتر است. به این دلیل که موظف به پاسخ‌گویی است و بیشتر تحت نظارت و کنترل قرار می‌گیرد».
سعید حجاریان از اولین افراد تشکیل‌دهنده وزارت اطلاعات می‌گوید: «از اواخر بهمن ۵۷ و روزهای بعد از پیروزی انقلاب عمدتا قدرت به دست کمیته‌ها افتاد. به دلیل عدم فرماندهی واحد، نوعی ملوک‌الطوایفی در کار کمیته و کار اطلاعاتی آنها به وجود آمده بود تا اینکه امام به آقای مهدوی‌کنی حکم دادند که کمیته مرکزی را شکل دهند و کمیته‌ها را هماهنگ کنند. در استان‌ها نیز این کار را نمایندگان امام برعهده گرفتند. با فاصله کمی از انقلاب سپاه پاسداران تشکیل شد و آنجا هم کارهای اطلاعاتی صورت می‌گرفت. قضات هم در زمینه پرونده‌هایی که در اختیارشان بود کار اطلاعاتی می‌کردند. خاطرم هست آقای خلخالی یک تیم اطلاعاتی داشت که در زمینه پرونده‌های در اختیار ایشان به جمع‌آوری اطلاعات می‌پرداختند. دولت موقت و شورای انقلاب در آن موقع سعی می‌کردند بخش‌هایی از بقایای ساواک مخصوصا اداره هشتم ساواک را که اداره ضد جاسوسی بود، احیا کنند. اداره هشتم ساواک عمدتا مراقب سفارتخانه‌ها بودند و به دنبال جاسوس.»
سعید حجاریان درباره بحث‌ها و مخالفت‌ها با تشکیل وزارت اطلاعات در آن روزها گفته است: «مرا به عنوان عضو سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی می‌شناختند که در دفتر نخست‌وزیری با سابقه‌ای که از کشمیری به جا مانده بود فعال بودم و ... سر سازگاری چندانی نبود. با این حال تلاش فوق‌العاده‌ای صورت گرفت که این طرح رأی لازم را بیاورد. آقای موسوی‌اردبیلی با این طرح مخالف بود و استدلال می‌کرد که اطلاعات، ذیل و ضابط قضائی است و از بازجویی، تعقیب مراقبت و دستگیری گرفته تا محصول کار آنها به کار قوه قضائیه مربوط می‌شود و در واقع یک پلیس قضائی باقدرت است. از این جهت با تشکیل وزارتخانه زیر نظر دولت مخالف بود. رئیس‌جمهور وقت هم استدلالشان این بود که برای رئیس‌جمهور ابزاری باقی نمانده است و باید دو نهاد به عنوان بازوی رئیس‌جمهور زیر نظر او باشد؛ یکی سازمان برنامه و یکی هم اطلاعات. از طرف ایشان آقای جواد مادرشاهی می‌آمد که از قدرت استدلال و نطق بالایی برخوردار بود. انصافا هم کار کرده بود و تمام سرویس‌های کشورهای مختلف را مورد مطالعه قرار داده بود. نمودار می‌آورد. چارت تشکیلاتی سرویس‌ها را روی تخته می‌کشید و خلاصه برای طرح استدلال‌های خودش معرکه می‌گرفت و من هم مجبور بودم با او مخالفت کنم. آقای هاشمی هم که رئیس مجلس بود و چون عملا فرماندهی نیروهای مسلح و ریاست شورای عالی دفاع را هم داشت با سپاهی‌ها نزدیک بود. سپاهی‌ها آن موقع جدی‌ترین مخالفت‌ها را می‌کردند. یادم می‌آید محسن رضایی و رضا سیف‌اللهی به من می‌گفتند تو از کشمیری بدتری. چراکه امام دو بازو دارد یکی بازوی نظامی و دیگری بازوی امنیتی. تو می‌خواهی با تمرکز اطلاعات در دولت عملا یک بازوی امام را قطع کنی و آن را بوروکراتیزه کنی. توقع آنها این بود که این دو بازو هر دو در سپاه جمع شوند. هاشمی هم طرفدار استدلال آنها بود. شهید محلاتی هم که نماینده امام در سپاه بود از این استدلال دفاع می‌کرد. همین‌ها رفتند سراغ امام که کجای دنیا اطلاعات وزارتخانه است که اینها می‌خواهند اطلاعات را وزارتخانه کنند. به امام گفتند که اگر اطلاعات وزارتخانه شود، همه اطلاعات آن رو می‌شود و این با فلسفه کار اطلاعاتی مغایرت دارد. یک روز احمد آقا به من زنگ زد و گفت امام راجع به این طرح نظر مخالف دارند و می‌پرسند کجای دنیا اطلاعات وزارتخانه است که شما می‌خواهید وزارتخانه درست کنید. من دو استدلال آوردم. آن موقع آقای صافی‌گلپایگانی دبیر شورای نگهبان بود. ایشان البته جزء روحانیت سنتی به حساب می‌آمدند و گرایش‌های راست هم داشتند. من با ایشان بحث کرده بودم. ایشان معتقد بود که چون وظایف و اختیارات رهبری در قانون اساسی احصا شده است و این به معنی حصر این اختیارات است، عملا تشکیل سازمان اطلاعات از سوی رهبری مخالف قانون اساسی است و اگر امام بخواهد که این تشکیلات را سامان بدهد، باید از موضع بنیان‌گذار نظام حکم حکومتی بدهد و خارج از قانون اساسی اقدام کند. من این استدلال آقای صافی را به اطلاع امام رساندم. موضوع دیگری را هم که مطرح کردم، این بود که بالاخره ممکن است در جریان کارهای اطلاعاتی و امنیتی اقداماتی خلاف قانون صورت بگیرد. شکنجه‌ای شود. مشکلی برای بی‌گناهی به وجود آید. اینها اگر کارشان مستقیم زیر نظر امام باشد، این مسائل هم به پای ایشان گذاشته می‌شود. امام هر دو این استدلال‌ها را پذیرفت و نظرشان تغییر کرد».
چه نهادهایی از وزارت اطلاعات تمکین نمی‌کردند؟
ری‌شهری به‌عنوان نخستین وزیر اطلاعات وضعیت آن وزارتخانه نوپا را در کتاب خاطراتش این‌گونه شرح داده است: «اکنون من هستم و وزارتخانه‌ای که در برابر توطئه‌های پیچیده ضدانقلاب داخلی و دشمنان خارجی نه تشکیلات دارد، نه نیرو، نه اسناد و امکانات مورد نیاز و نه بودجه؛ و در یک جمله وزارتخانه‌ای که تنها نام دارد و وزیر در برابر کوهی از مشکلات و انتظارات است! نخستین مشکل تأسیس وزارت اطلاعات متمرکزکردن نهادهای اطلاعاتی بود ... نیاز مبرم باعث شده بود تا برای امنیت کشور، مراکز متعددی مانند سپاه، کمیته، ارتش، نخست‌وزیری، دادستانی و دفتر تحقیقات دادگاه انقلاب ارتش کار اطلاعاتی کنند که پس از تأسیس وزارت اطلاعات، طبق قانون همه نیروها باید اسناد و امکانات خود را تحویل این وزارتخانه می‌دادند؛ ولی تمکین برای اجرای قانون به‌ویژه برای برخی از نهادها آسان نبود. در آن هنگام واحد اطلاعات سپاه از نظر نیروهای کارآمد، اسناد و مکان‌های مورد نیاز بیشترین امکانات را در اختیار داشت و به‌این‌دلیل انتقال همه آنها به وزارتخانه تازه‌تأسیس برای مسئولان سپاه بسیار سخت بود. روزی آقای مرحوم شهید محلاتی - که در آن وقت نماینده امام در سپاه بود - و نیز آقای محمد عراقی (جانشین ایشان) به تفصیل درباره اینکه انتقال امکانات اطلاعاتی سپاه به وزارت اطلاعات مصلحت نیست و سپاه نمی‌تواند از آن تمکین کند، با من صحبت کردند. همچنین آقای محسن رضایی (فرمانده وقت سپاه) در بیت حضرت امام خمینی در همین زمینه با من صحبت کرد و پیشنهاد داد که شما به واحد اطلاعات سپاه کاری نداشته باشید، چه ضرورتی دارد که این واحد را به وزارت اطلاعات منتقل کنید؟ ما اطلاعات مورد نیاز شما را در اختیارتان قرار می‌دهیم و ضمنا اشاره کرد که اصولا انتقال اطلاعات سپاه به وزارت اطلاعات غیرممکن است. همچنین شبی در یکی از جلسات سران قوا یکی از مسئولان اطلاعات سپاه با استناد به قانون اساسی استدلال می‌کرد که سپاه باید واحد اطلاعات داشته باشد؛ چون حفظ و حراست از دستاوردهای انقلاب برعهده سپاه است ...».
او درباره نقش خطوط سیاسی و جناحی در شکل‌گیری وزارت اطلاعات هم نوشته است: «دومین مشکل تأسیس وزارت اطلاعات اختلاف تمایلات سیاسی نیروهای اطلاعاتی بود. هرچند از نظر قانونی شرط کارگزاران وزارت اطلاعات عدم عضویت در احزاب و گروه‌های سیاسی بود؛ اما نیروهای اطلاعاتی به‌ویژه آنهایی که کارایی بیشتری دارند و از هوش سیاسی بالایی برخوردارند، از این روز اگرچه عضو رسمی حزبی هم نباشند، نمی‌توانند فاقد تمایلات سیاسی باشند. به‌این‌دلیل کسانی که در نهادهای مختلف اطلاعاتی کار می‌کردند، تمایلات و سلیقه‌های سیاسی گوناگون داشتند و همکاری آنان به صورت متمرکز در وزارت اطلاعات ساده نبود».
محمد شریعتمداری هم روایتی دارد که به گفته ری‌شهری نزدیک است: «از هفتاد و دو ملت و هر کسی که در این زمینه کار می‌کرد، وارد دستگاه اطلاعات کشور شد. همه هم مدعی بودند».
ری‌شهری در ادامه به مشکل سوم اشاره می‌کند و می‌نویسد: «ضعف یا فقدان ابزارهای قانونی برای کسب اطلاعات بود؛ به‌این‌صورت که بخشی از ابزارهای مورد نیاز مانند احکام تجسس و دستگیری در اختیار قوه قضائیه و بخشی مانند امکان و ابزار بازداشت موقت در اختیار نیروهای مسلح بود. اکنون باید دید وزارتخانه‌ای که کمترین امکان قانونی برای کسب اطلاعات نداشت و یک سر کارش به دست قوه قضائیه است و سر دیگر آن در دست نیروهای مسلح بود، چگونه باید انجام وظیفه کند!؟... . همه وزارتخانه‌ها پس از پیروزی انقلاب، کار خود را در مکان وزارتخانه‌های پیشین و با امکانات آنها آغاز کردند؛ اما وزارت اطلاعات هنگام تأسیس فاقد هرگونه امکانات بود. تنها جایی که این وزارت در اختیار داشت، ساختمان مرکزی سازمان اطلاعات رژیم گذشته بود که به مرکز اسناد تبدیل شده بود و در آن زمان در اختیار حجت‌الاسلام‌والمسلمین جناب آقای سیدحمید روحانی قرار داشت و به وزارت اطلاعات تحویل داده شده بود؛ اما در دیگر استان‌ها هیچ امکاناتی برای شروع کار وجود نداشت. البته طبق ماده ۱۴ قانون وزارت اطلاعات همه نهادها و ارگان‌ها موظف بودند در زمینه در اختیار قراردادن نیروی انسانی، امکانات و تجربیات اطلاعاتی همکاری‌های لازم را با وزارت اطلاعات داشته باشند؛ اما مهم این بود که چگونه می‌توان این امکانات را در شرایط آن روز از آنها گرفت!».
اسماعیل فردوسی‌پور نخستین گزینه برعهده‌گرفتن وزارت اطلاعات به مجلس معرفی شد؛ اما حساسیت موضوع از یک طرف و دفاع ضعیف آقای فردوسی‌پور در مقابل نمایندگان مخالف از طرف دیگر باعث شد تا از بین ۱۹۱ نفر نماینده حاضر با ۷۴ رأی موافق و ۴۷ رأی مخالف و ۴۰ رأی ممتنع، موفق به کسب رأی اعتماد مجلس نشود. او سال ۸۵ درگذشت.
مدتی بعد محمد محمدی‌ری‌شهری برای تصدی وزارت اطلاعات به مجلس معرفی شد که از مجموع ۲۰۰ رأی مأخوذه با ۱۷۶ رأی موافق، ۱۱ رأی مخالف و ۱۳ رأی ممتنع، به‌عنوان اولین وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی ایران معرفی شد.
پس از محمد محمدی‌ری‌شهری، در دولت‌های اول و دوم اکبر هاشمی‌رفسنجانی، علی فلاحیان، در دولت سیدمحمد خاتمی، قربانعلی دری‌نجف‌آبادی و علی یونسی، در دولت محمود احمدی‌نژاد محسنی‌اژه‌ای و حیدر مصلحی و در دولت روحانی محمود علوی وزرای اطلاعات بوده‌اند.