به گزارش همشهری آنلاین، علی مطهری با اشاره به رد صلاحیت خود از سوی هیات نظارت بر انتخابات مجلس یازدهم اظهار کرد: من نسبت به رد صلاحیتم برای مجلس یازدهم اعتراض کردم و همان‌طور که گفته‌ام، التماس و پیگیری نخواهم کرد.
متن اعتراض مطهری که در اختیار ایسنا قرار گرفته، بدین شرح است: «علت رد صلاحیت این جانب عدم التزام عملی به نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام شده است. این امر به این معنی است که اینجانب اقدام عملی علیه نظام انجام داده‌ام، مثلا اقدام مسلحانه داشته‌ام یا دست به تخریب و آتش زدن اموال عمومی داشته‌ام روشن است که چنین چیزی نبوده است. ممکن است مقصود از عدم التزام عملی به نظام جمهوری اسلامی، اظهارنظر برخلاف نظر رسمی نظام باشد. این هم اشکالی ندارد، همان‌طور که مقام رهبری تصریح کرده‌اند که «ممکن است کسی نظری برخلاف نظر من داشته باشد، باید آزاد باشد که نظرش را بگوید.» البته مقام عمل و مقام نظر نباید با هم مخلوط شوند. ممکن است بنده در موضوعی نظری غیر از نظر رهبری داشته باشم ولی در مقام عمل، به خاطر مصلحت نظام و کشور تابع نظر ایشان باشم. به هرحال باب اظهارنظر و آزادی‌بیان در کشور نباید بسته شود.»