به گزارش همشهری آنلاین به نقل از شرق،: سال ۹۱ رئیس دولت اصلاحات در گفت‌وگویی گفته بود: «کیهان امروز با کیهانی که ما دلمان می‌خواست و اعتقاد دارم که امام هم می‌خواست [ فرق دارد] خیلی از بداخلاقی‌هایی که در جامعه به صورت سنت درآمده، اگر نگویم منابع، یکی از مجاری آن خود کیهان است، نسبت‌های ناروا دادن، تهمت‌زدن» و مدیرمسئول کیهان هم در پاسخش گفته بود که خاتمی حمله به کیهان را برای آن‌سوی مرزها فاکتور می‌کند.
حملات کیهان به خاتمی احتمالا با دوم خرداد یا روزهای منتهی به آن آغاز شده است و همچنان ادامه دارد. این حملات اما صرفا انتقاد از خاتمی نیست، بلکه موجی از ادعا و اتهام را با خود به همراه دارد که به شکایت از او هم منجر شده است؛ شکایتی که روندی طولانی داشت و حتی به گم‌شدن پرونده هم در دادگاه منجر شد.
در تازه‌ترین مورد به بهانه ویدئویی که اخیرا از رئیس دولت اصلاحات منتشر شده، کیهان ادعایی عجیب را طرح کرده است. کیهان مدعی شده پدر سیدمحمد خاتمی او را غرب‌زده می‌دانسته است: «... شرکت او در دانشگاه اصفهان و تحصیلش در رشته فلسفه غرب، تأثیراتی داشته که جنبه روشنفکری را در او تقویت کرده است. امتزاج این دو یعنی تحصیل حوزوی و ملبس‌شدن به لباس روحانیت و تحصیل دانشگاهی، از او عنصری ساخت که دین را از دریچه غرب و تحت‌تأثیر آموزه‌های فلاسفه غربی نگاه کرد».
کیهان به نقل از آیت‌الله علی خزعلی که او هم به نقل از پدر سیدمحمد خاتمی خاطره‌ای را روایت کرده، نوشته است: «در زمانی که سیدمحمد خاتمی به سمت وزارت ارشاد منصوب شد برای عرض تبریک به خدمت حضرت آیت‌الله خاتمی (پدر محمد خاتمی) رفتیم که با ناراحتی ایشان مواجه شدیم و ایشان گفت که خطرناک است، پسر من غرب‌زده است».
کیهان در ادامه مدعی شده که آیت‌الله مطهری هم با شناختی که از روحیات او داشته، با رفتن خاتمی به مرکز اسلامی هامبورگ مخالف بوده است!
حملات کیهان به خاتمی از ۸۸ به‌بعد اوج گرفت و شریعتمداری بعدا مدعی شد که «آقای خاتمی در جریان فتنه آمریکایی اسرائیلی ۸۸ به‌گونه‌ای آشکار و بی‌پرده با منافقین، سلطنت‌طلب‌ها، مارکسیست‌ها و بهایی‌ها ائتلاف کرده بود».
ادعای دیگری که کیهان بارها و بارها بی یا با بهانه علیه خاتمی طرح کرده که منجر به شکایت خاتمی از او شد هم این است که مدعی شده او، حداقل دوبار با جرج سوروس، سرمایه‌دار صهیونیست و عامل کودتاهای مخملی ملاقات کرده.
حتی رأی‌دادن ساده خاتمی هم برای کیهان یک سوژه است. مدیرمسئول کیهان یک‌بار گفته بود آقای خاتمی سعی داشت شرکت در انتخابات مجلس نهم را به صورت نیمه‌پنهان انجام دهد تا مانند سایر اقدامات ایشان در هر دو سو قابل خرج‌کردن باشد. وقتی هم که در انتخابات مجلس اخیر رأی داد، باز نوشت که «محمد خاتمی که جمعه گذشته در مقابل دوربین‌ها، رأی خود را در انتخابات دوره یازدهم مجلس به صندوق انداخت و ۴ سال پیش نیز پیام تصویری «تکرار» را برای انتخابات دوره دهم منتشر کرد، ۸ سال پیش به دور از رسانه‌ها و به شکل مخفیانه در یکی از روستاهای دماوند پای صندوق رأی رفت تا هم با مشارکت در انتخابات خودش را در چارچوب نظام جا کند و هم در سکوت رسانه‌ای، دروغ تقلب سال ۱۳۸۸ را زنده نگه دارد».
وقتی خاتمی کیهان را به بداخلاقی متهم کرده بود، گویا کیهان مقصود آن را از بداخلاقی به وضوح دریافته بود که باز در پاسخش گفته بود: «آیا ملاقات خاتمی با جرج سوروس صهیونیست و توطئه علیه مردم ایران، بداخلاقی است یا افشای آن از سوی کیهان؟ آیا روشنگری کیهان درباره کمک‌های مالی کلانی که خاتمی برای فتنه ۸۸ از برخی سران کشورهای عربی و اروپایی دریافت کرده بود بداخلاقی است؟»
نکته جالب این است که این ادعاها در حالی بارها و بارها از سوی کیهان تکرار می‌شود که با وجود تکذیب چندباره خاتمی و شکایت از کیهان بابت این اتهامات اما هیچ‌وقت هیچ سندی برای آن ارائه نکرده است.
دی ۹۷ حجت‌الاسلام محسنی‌اژه‌ای، سخنگوی وقت قوه قضا، درباره پرونده شکایت خاتمی از روزنامه کیهان و حسین شریعتمداری گفت: این پرونده هنوز به نتیجه نرسیده و به دادگاه نرفته است، نتیجه که روشن شد اعلام می‌کنیم. این پرونده در اختیار دادستان نبوده و یا مدت کوتاهی بوده و در این جابه‌جایی اینکه عمدی و سهوی و غفلت بوده را نمی‌دانیم و گفتیم پیگیری کنند. در این جابه‌جایی‌ها گاهی مواردی داریم که پرونده‌هایی مغفول می‌ماند که آن را دنبال می‌کنیم».
خرداد ۹۸ اعلام شد که مدیرمسئول روزنامه کیهان که برای تفهیم اتهام درباره شکایت جدید سیدمحمد خاتمی به دادگاه احضار شده بود، در شعبه ۹ دادسرای تهران حضور یافت و به پرسش‌های دادیار پاسخ داد.
شکایت جدید سیدمحمد خاتمی درباره بخشی از اظهارات حسین شریعتمداری در مناظره تلویزیونی با مصطفی کواکبیان بود.
مدیرمسئول کیهان در آن مناظره تلویزیونی به ملاقات سیدمحمد خاتمی با جرج سوروس، سرمایه‌دار و صهیونیست معروف آمریکایی اشاره کرده بود. شریعتمداری مدعی شده بود که اسناد غیرقابل‌انکاری از ملاقات خاتمی با جرج سوروس صهیونیست در اختیار دارد که به دادگاه ارائه می‌دهد درحالی‌که او هیچ‌وقت حاضر به انتشار اسناد مورد ادعایش در روزنامه خود نشده بود.
تیر ۹۸ اما اعلام شد که حسین شریعتمداری، مدیرمسئول روزنامه کیهان، برای تعدادی از شکایت‌های میرحسین موسوی، سیدمحمد خاتمی، محمدرضا شجریان و تعدادی دیگر از شخصیت‌ها و افراد در سال‌های ۸۸ تا ۹۰ و حتی در یک مورد دادستانی در ۹۱، منع تعقیب خورده است! بازپرس گفته بود چون بیش از پنج سال از طرح شکایت گذشته، مشمول مرور زمان شده است!
محمود علیزاده‌طباطبایی، وکیل سه نفر از شکات از جمله خاتمی و موسوی، بعدا در گفت‌وگو با انصاف‌نیوز گفت: «ما اعتراضمان را ارائه کردیم و استدلالمان هم این بود که دادسرا موظف است رسیدگی کند، وقتی دادسرا ۱۰ سال پرونده را نگه داشته است، نمی‌توانیم بگوییم این پرونده مشمول مرور زمان می‌شود».