هاشمی رفسنجانی در اولین واکنش پس از افشای نامه سری امام خمینی به مسئولان عالی کشور در سال 67 از سوی دفتر خود گفت: نامه امام قبلاً منتشر شده بود.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام که در دیدار با اعضای تحریریه روزنامه «صدای عدالت» سخن می‌گفت و خبر آن را فارس مخابره کرده است با بیان اینکه «نامه امام محرمانه نبود و قبل از این هم منتشر شده بود» افزود: «این نامه دست‌نوشته خود امام بود و در تمام سایت‌های خبری نیز موجود است.»
هاشمی رفسنجانی درعین حال هیچ اشاره روشنی به زمان و منبع انتشار رسمی نامه امام در گذشته نکرد. وی درباره دلیل انتشار این نامه نیز گفت: «به خاطر اینکه دیدم درباره جنگ شبهاتی ایجاد شده است، برای رفع شبهات و پاسخ به نسل جوان این نامه را منتشر کردم.»
از سوی دیگر قائم مقام دبیر شورای عالی امنیت ملی در واکنش به انتشار نامه سری امام‌خمینی(ره) از سوی دفتر هاشمی رفسنجانی تأکید کرد انتشار این نامه به مصلحت کشور نبود و با شورای عالی امنیت ملی هم هماهنگ نشده بود.
عبدالرضا رحمانی فضلی تصریح کرد: طرح چنین موضوعاتی در شرایط کنونی امکان سوء استفاده به دشمن را برای تضعیف کشور می‌دهد. دفتر هاشمی رفسنجانی هم با ارسال نمابری به رسانه‌ها درباره انتشار نامه حضرت امام(ره) توضیحاتی داد
در این نمابر که ایسنا آن را منتشر کرد، تأکید شده است که این نامه فاقد هرگونه طبقه‌بندی بوده است. همچنین در بخش دیگری از این اطلاعیه تأکید شده که فلسفه انتشار این نامه صرفاً پاسخ روشن و بدون ابهام توسط شخص امام(ره) به شبهات و تشکیک‌های احتمالی بود که در مورد علل ختم جنگ عنوان می‌شد.