یکی از اهداف بحث ساماندهی شهریه دانشگاه‌ها که از سوی دولت و مجلس به‌طور جدی پیگیری می‌شود، کاهش شهریه دانشگاه آزاد است که تاکنون عملی نشده است.
این در حالی است که براساس آمار هم اکنون ۸۰ درصد دانشجویان در کشور شهریه می‌پردازند و حدود۵۰ درصد این دانشجویان نیز در دانشگاه آزاد تحصیل می‌کنند.
وزیر علوم در جمع خبرنگاران در حالی از افزایش ۱۰ درصدی شهریه دانشگاه‌های علمی - کاربردی و غیرانتفاعی در سال جدید تحصیلی خبر داد که وزارتخانه متبوعه‌اش در تعدیل شهریه دانشگاه آزاد با وجود تلاش‌های فراوان ناکام بود.
محمد مهدی زاهدی با اذعان به این موضوع گفت: برای نرخ شهریه دانشگاه پیام نور، دانشگاه آزاد اسلامی و دوره‌های شبانه نیز تاکنون تصمیمی گرفته نشده است.
«شهریه دانشگاه‌ها از سال ۸۴ کاهش داشته و نرخی که به‌عنوان شهریه تا امسال از دانشجویان گرفته می‌شد، مشابه سال ۸۴ بوده است.» این جملات نیز توجیه وزیر علوم در مورد افزایش شهریه دانشگاه‌هاست.
وزیر علوم در حالی خبر از افزایش شهریه دانشگاه‌های غیردولتی و علمی- کاربردی داد که کیفیت آموزش‌های ارائه شده در این دانشگاه‌ها با دانشگاه‌های دولتی قابل قیاس نیست.
از طرفی شهریه‌ها هیچ تناسبی با امکانات، وسایل و تجهیزات دانشگاه‌های غیردولتی و علمی- کاربردی ندارد و دانشجویان این دانشگاه‌ها به آن اعتراض دارند.
گذشته از اینها سال‌هاست که وزارت علوم نوید تدوین مدلی برای منطقی کردن شهریه دانشگاه‌ها می‌دهد که اساس تبدیل شهریه متناسب با امکانات و مزایای هر واحد دانشگاهی است، اما تا پیش از اعلام طرح جدید خبری در این زمینه اعلام نشده است.
طبق مصوبه مجلس، دانشگاه‌هاى دولتی مجاز به پذیرش دانشجو در قبال دریافت شهریه هستند که در گذشته وزارت علوم این مصوبه را تنها به دوره کارشناسی محدود کرده بود و هم اکنون به دوره‌هاى کارشناسى ارشد نیز تسری داده است.
مدیرکل دفتر ارزیابی وزارت علوم نیز در توجیه افزایش شهریه‌ها به مهر گفت: شهریه یک ترم مؤسسات غیرانتفاعی کمتر از ۵۰ درصد شهریه یک ترم دانشگاه آزاد است از این‌رو افزایش شهریه این مؤسسات در مقایسه با دانشگاه آزاد منطقی به‌نظر می‌رسد.
نکته جالب در سخنان مدیر محترم دفتر ارزیابی وزارت علوم این است که وی شهریه دانشگاه آزاد را ملاک قرار می‌دهد در حالی که وزارت علوم معتقد است شهریه دانشگاه آزاد باید تعدیل شود و شاید این هم نوعی تعدیل منتها از نوع معکوس آن باشد.
رضا عامری نیز با تاکید بر منطقی کردن شهریه‌های دانشگاه‌ها، از جمله دانشگاه آزاد براساس شاخص‌های کیفی گفت: شهریه برخی دانشگاه‌ها با توجه به امکانات و کیفیت از روند مناسب و منطقی برخوردار نیستند.