رهبر معظم انقلاب، حضرت آیت الله خامنه‌ای درباره شهید مصطفی خمینی می‌گویند: ایشان طوری رفتار می‌کرد که با هیچ یک از مراجعین فرقی نداشت و هرگز انتساب به امام (ره) و با نام ایشان برای او وسیله‌ای محسوب نمی‌شد.

به گزارش همشهری آنلاین - آیت‌الله سید مصطفی خمینی اول آبان‌ماه سال ۱۳۵۶ در حالی که فقط ۴۷ سال داشت به شهادت رسید و با شهادتش روند انقلاب ملت ایران شدت گرفت.