اساسنامه این موزه همزمان با روز جهانی موزه ۲۵ اردیبهشت سال ۱۳۸۵ به تصویب ریاست سازمان فرهنگی هنری شهرداری رسید. این موزه در خیابان ولی عصر، بالاتر از خیابان ظفر، بلوار اسفندیار پلاک ۳۵ واقع شده است.
همانطور که از نام این موزه پیداست همه فعالیت‌هایی که در این موزه انجام می‌شود مربوط به حضرت علی (ع) می‌باشد و شامل تابلوهای نقاشی، نقاشی‌های قهوه‌خانه‌ای و آثاری مربوط به پرده خوانی در زمان‌های قدیم می‌باشد.
آثار هنرمندان خوشنویس که در رابطه با مسائل مذهبی کار انجام داده‌اند از دیگر آثارست که در این موزه وجود دارد.
در طبقه همکف این موزه نمایشگاههای دوره‌ای برگزار می‌شود که چندی پیش اصل پرده کعبه که به ایران هدیه شده بود در این نمایشگاه در معرض دید عموم قرارگرفت.
آمفی‌تئاتری در این موزه وجود دارد که جلسات عرفانی ادبی و فرهنگی با حضور نویسندگان و شعرای که کارهای مذهبی انجام داده‌اند، در این مکان برگزار می‌شود.
در طبقه اول مرمت آثار تأسیسات نمازخانه، در طبقه همکف نمایشگاه ادواری، در طبقه اول تابلوهای نقاشی معاصر و در طبقه دوم آثار خوشنویسی مستقر می‌باشد.
اهداف و برنامه‌های موزه امام علی(ع) :
- شناسایی، گردآوری، ساماندهی نگهداری و معرفی آثار هنرهای تجسمی با گرایش دینی و آثار هنرمندان موحد
- انجام پژوهش‌های مربوط به هنرهای دینی و آئینی
- فراهم سازی محیطی مناسب بر انجام پژوهش‌های هنر دینی
- معرفی آثار هنری از طریق برگزاری نمایشگاههای مختلف
- گردآوری و طبقه بندی اطلاعات مربوط به آثار هنرهای دینی در ایران و جهان
- تماس و ارتباط با دیگر مراکز هم سان به منظور فراهم سازی فعالیت در راستای اهداف موزه