آثار ارائه شده در موزه مراغه مربوط به هزاره اول پیش از میلاد و دوره‌های اشکانی و ساسانی است که در بخش‌های جداگانه‌ای به نمایش درآمده است.
این موزه وابسته به سازمان میراث فرهنگی کشور است. نوع موزه باستان‌شناسی است و نوع آثار آن عبارتند از: باستانی شامل سکه‌های نقره‌ای و مسی و آثار عتیقه متعلق به دوره اسلامی اموی و عباسی و صفوی و قاجار.
موزه ایلخانی مراغه جلوه‌گاه بی‌نظیر تمدن عصر حکومت ایلخانی در ایران، است. این موزه از موزه‌های تخصصی کشور بوده و به علت این که شهر مراغه نقطه عطفی در تاریخ ایلخانی محسوب می‌شود با عنوان موزه تخصصی ایلخانی مشهور شده است.
ساختمان این موزه از سال ۱۳۵۳تا ۵۷ به علت قرار گرفتن در کنار مقبره اوحدی مراغه‌ای شاعر پر آوازه قرن هفتم و اوایل قرن هشتم هجری - قمری با سبک و شیوه معماری سنتی ساخته شده و به نام این شاعر معروف شده است.
موزه ایلخانی مراغه حاوی آثار ارزشمندی شامل مجموعه‌های سفال، سکه و بخش‌های شیشه و آبگینه، فلز و کتابت است.
در مجموعه سفالینه‌های این موزه انواع روش‌های سفالگری رایج آن دوره که عصر طلایی سفال دوره اسلامی محسوب می‌شد، نگهداری می‌شود که علاوه بر تنوع روش شامل سفالینه‌های زیر لعاب شفاف، زرین فام، مینایی، لاجورد و مشبک است.
سفالینه‌های موجود در این موزه دارای تنوع نقوش بوده و در تزیین آن‌ها از نقوش هندسی، گل برگ‌های سلیمی، حیوانی، انسانی، کتیبه و تلفیقی استفاده شده است.
تعدادی از این آثار از بافت تاریخی شهر مراغه و مناطق اطراف کشف شده و برخی نیز از سایر موزه‌های کشور به این موزه منتقل شده است.
سکه‌های موزه مراغه مجموعه‌ای نسبتا کامل و بی‌نظیر از سکه‌های ایلخانیان ایران در جهان است و از ۱۷فرمانروای ایلخانی به جز یکی از آن‌ها که بیش از یک قرن حکومت کرده‌اند، سکه‌هایی در این موزه وجود دارد.
این سکه‌ها از جنس طلا، نقره و فلوس (مس) بوده و در شهرهای مختلف قلمرو پهناور ایلخانی از هرات تا فرات ضرب شده‌اند و شهرهای مراغه، تبریز و سلطانیه در این دوره از ضرابخانه‌های سلطنتی محسوب می‌شدند.
سکه‌های ایلخانی به علت تنوع نقش، خط و مضامین آیین‌های مختلف از اهمیت خاصی برخوردار بوده و با توجه به تساهل مذهبی مغول‌ها حاوی آیات قرآنی، متن‌های لااله‌الاالله، محمد رسول‌الله و در دوره الجایتو علی ولی الله بودند.
این سکه‌ها با خط عربی به شیوه خط کوفی و نسخ تزیین شده و نام فرمانروا به خط اویغوری در آن‌ها نوشته شده و در آن‌ها مظاهر آیین‌های مختلف از جمله نقش صلیب مسیحی، ستاره داود یهودی و شیر و خورشید پیش از اسلام ایران به چشم می‌خورد.
در بخش فلز این موزه نمونه‌های ارزشمندی از ظروف فلزی، پیه سوزها و شمعدان‌های دوره ایلخانی نگهداری می‌شود که حاوی تزیینات قلمزنی و ریخته‌گری هستند.
در این موزه شمشیری درباری و طلاکوب شده روی عاج و مفرغ که متعلق به کری‌خان ابن بهادرخان والی داغستان است، نگهداری می‌شود.
در بخش شیشه و آبگینه موزه مراغه نمونه‌های با ارزشی از شیشه‌های ایلخانی نگهداری می‌شود که با روش‌های مختلف شیشه‌گری شامل دمیده آزاد، دمیده در قالب، تراش، نقوش افزوده در فرم‌های صراحی، قندیل، بطری و ظروف نگهداری دارو ساخته شده‌اند.
در بخش کتابت این موزه نمونه‌هایی از قرآن‌هایی که برای اولین بار ترجمه آن‌ها رایج شده وجود دارد، این قرآن‌ها روی کاغذ موسوم به خانبالغ که از کاغذهای وارداتی کشور چین بوده نوشته شده و دارای تزیینات زرنگار است.
در این موزه جزیی از قرآن منسوب به یاقوت مستعصمی که خط نسخ و ثلث را در این دوره به کمال رسانده نگهداری می‌شود. ایلخانان مغول از سال۶۰۳تا۶۵۶ قمری به پایتختی شهر مراغه بر ایران و ماورای قفقاز حکومت کرده‌اند.