بر اساس مفاد ماده های 27و 38 قانون مالیات بر ارزش‌افزوده مقرر شده است با تشخیص و اعلام سازمان حفاظت محیط زیست واحدهای تولیدی، صنعتی، معدنی و خدماتی آلاینده و یا به عبارتی واحدهای تولیدی آلاینده که استانداردها و ضوابط حفاظت از محیط زیست را رعایت نمی‌کنند، در صورتی که در مهلت زمانی که توسط سازمان مزبور برای آنها تعیین می شود، نسبت به رفع آلایندگی خود اقدام ننمایند، بر اساس معیارهایی نظیر شدت، مدت، نوع و مکان آلایندگی با نرخ های نیم درصد (0.5%)، یک درصد (1%) و یک و نیم‌درصد (1.5%)، به مأخذ فروش کالا یا خدمات، مشمول عوارض سبز می شوند. این قانون و جریمه های مربوط به آنها پس از کسر کسورات قانونی، به ترتیب زیر توزیع می شود: 1ـ یک نهم از مالیات ها و عوارض وصولی ماده (7) و بندهای «الف» و «ب» ماده (26) این قانون به عنوان مالیات سلامت به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اختصاص می یابد. 2 ـ باقی مانده، به نسبت مساوی سهم درآمد عمومی کشور و سهم شهرداری ها و دهیاری ها می باشد. سهم درآمد عمومی به عنوان مالیات به حساب خزانه‌داری کل کشور واریز می شود. سهم شهرداری ها و دهیاری ها به‌عنوان عوارض حسب مورد به حساب تمرکز وجوه اداره کل امور مالیاتی استان و حساب تمرکز وجوه وزارت کشور واریز می شود. تبصره ـ عوارض و جریمه های سهم شهرداری ها، دهیاری ها و روستاهای فاقد دهیاری موضوع این قانون به حساب های رابطی که بنا به درخواست سازمان و وزارت کشور توسط خزانه داری کل کشور حسب مورد به نام حساب تمرکز وجوه اداره کل مالیاتی استان و وزارت کشور افتتاح می گردد، واریز می شود. عوارض سهم شهرداری ها، دهیاری ها و روستاهای فاقد دهیاری و جریمه های متعلق به آن، درآمد دولت نبوده و سازمان موظف است صد درصد (100%) آن را مطابق با مقررات ماده (39) این قانون به صورت ماهانه به حساب های ذی ربط مذکور واریز نماید؛ فعالان اقتصادی پرداخت این عوارض به شهرداری را صحیح نمی‌دانند زیرا که شهرداری را متولی این امور نمی دانند فلذا شهرداری در ازای این عوارض نیز، خدمت مرتبط با رفع آلایندگی ارائه نمی دهد.
در لایحه بودجه 1402، سازمان حفاظت محیط زیست در نظر داشت، 35 درصد از عوارض آلایندگی به صندوق محیط زیست اختصاص یابد اما این موضوع در کمیسیون تلفیق مجلس رد شد و کمیسیون تلفیق مجلس شورای اسلامی نه‌تنها تخصیص۲۰درصدی (سابق) عوارض آلایندگی را افزایش نداد، بلکه بند مربوط به اختصاص عوارض آلایندگی به سازمان محیط زیست را به‌طور کلی حذف کرد تا این مبلغ در اختیار سازمان قرار نگیرد. بر اساس اظهارات سازمان حفاظت محیط زیست، سازمان حفاظت محیط زیست از عوارض آلایندگی برای اعطای وام به واحدهای صنعتی مختلف جهت خرید تجهیزات جدید در جهت کاهش انتشار آلاینده‌ها استفاده می‌کند و خصوصا این مبلغ می تواند کمکی به کاهش آلودگی هوا کند. با توجه به تشدید روزافزون آلودگی هوا در کشور، این تصمیم نمایندگان مجلس مورد انتقاد برخی از محیط زیستی های کشور قرار گرفته است. بر اساس آمار و اخبار باید در نظر داشت، بیش از ۳هزار واحد صنعتی و تولیدی آلاینده در سطح کشور وجود دارد و قطعا صندوق محیط زیست قادر به پاسخگویی تمام نیازهای این واحدهای آلاینده نخواهد بود؛ اینکه دولت سیزدهم و بنا بر اظهارات رئیس سازمان حفاظت محیط زیست به آلایندگی نگاه درآمدی ندارد و سعی می کند عوارض آلایندگی در خدمت محیط زیست قرار گیرد از نکات مثبت این سازمان است و به نظرم در این راستا می بایست از تمامی ابزار و ظرفیت های موجود بهره بگیرد. مثلا راه اندازی کسب و کارهای محیط زیستی در قالب زیر مجموعه صندوق ملی محیط زیست و کاهش وابستگی این صندوق به سبد بودجه ای کشور!
امروزه یکی از اساسی ترین مسئولیت‌های شرکت‌ها، کارخانجات و بنگاه‌های اقتصادی و صنایع دنیا، مسئولیت در قبال حفظ محیط زیست است. با وجود برخی ابزارها همچون مفاد آئین نامه اجرایی بند (د) ماده ۴۵ قانون وصول برخی از درآمدهای دولت و مصرف آن در موارد معین؛ که کارخانه ها، کارگاه ها و واحدهای صنعتی و معدنی را موظف کرده است یک در هزار فروش تولیدات و یا خدمات خود را در امور مرتبط با محیط زیست و کنترل آلودگی ها، طبق مقررات هزینه نمایند. در این قانون به صراحت آمده است که کلیه مخارج و هزینه هایی که واحدهای مزبور تحت نظر سازمان حفاظت محیط زیست هزینه نمایند جزو هزینه های قابل قبول مالیاتی آنان منظور خواهد شد. این موضوع سالهاست که بسیار کمرنگ شده است و ابزارهای بازدارنده همچون عوارض آلایندگی صنایع به‌رغم مسائل و کاستی‌ها، عاملی برای بهتر شدن وضعیت محیط زیستی صنایع آلاینده در کشور شناخته شده اند.
اما واقعیت این است که ارتقای وضعیت محیط زیستی واحدهای تولیدی و صنعتی کشور نیازمند برخی اقدامات و فعالیت‌ها مانند کاهش آلایندگی دودکش ها از طریق نصب تجهیزات و بهبود بخشیدن فیلتراسیون، تولید به شیوه های نوین، جایگزینی و نوسازی خطوط فرسوده با خطوط منطبق با فناوری روز (فناوری‌های سبز) است علاوه بر این موارد دسترسی و استفاده از سوخت مناسب و نسبتا پاک و عدم استفاده از سوخت‌های فسیلی از موضوعات اساسی برای کاهش آلودگی‌های منتشرشده به محیط است. با توجه به وضعیت موجود از قبیل نوسانات اقتصادی و تحریم که صنایع زیادی با آن مواجه هستند، از یک سو امکان ارتقای وضعیت محیط زیستی اغلب صنایع و انطباق آلاینده‌های خروجی با استانداردها بدون حمایت صندوق ملی محیط زیست دشوار به نظر می‌رسد. برای آن بخش از صنایع که علاقه‌مند به حرکت در مسیر محیط زیست هستند نیز می بایست راه هموار شود و چاره ای اندیشید و از سوی دیگر با توجه به تحریم‌ها و وجود مشکلات اقتصادی، تامین تجهیزات کنترل آلودگی، مرمت و بازسازی خطوط تولید، انتقال فناوری‌های سبز و سایر مولفه‌های دخیل در بهبود وضعیت محیط زیست، هزینه‌های سنگینی را بر دوش صنعت وارد می‌کند. چرا که اغلب کشور سازنده وسایل و تجهیزات، به واسطه تحریم‌ها وارد همکاری مستقیم با ایران نشده و در نهایت منجر به خرید تجهیز یا فناوری‌ها، سیستم‌ها و قطعات با قیمتی چند برابر از کشورهای واسطه می‌شود. لذا یکی از راهکارهای جدید و تجربه شده توسط کشورهای جهان در جهت کنترل آلاینده های مخرب بنگاه های تولیدی، ایجاد بازار تبادل مجوزهای زیست محیطی است. نهاد مسئول در تنظیم آلاینده های زیست محیطی، با تعیین حد مشخصی از حق آلودگی و تخصیص آن به آلوده کنندگان محیط زیست، یک مکانیزم کنترل درونی را برای مجموعه آلوده کننده ها به وجود خواهد آورد.
بر اساس این شیوه مدیریت آلودگی؛ خصوصا برای تعادل یا بهتر نمودن وضعیت آلودگی هوا، ایجاد بازار تبادل مجوزهای زیست محیطی روشی مناسب به نظر می رسد. هر صنعت آلوده کننده ای که به مقدار آلودگی کمتر از تعداد مجوزهایی که در اختیار دارد دست پیدا کند، حائز امتیاز و اعتبار می گردد؛ به عنوان مثال آلوده کننده A دارای مجوز انتشار آلودگی به میزان ده واحد است؛ اما در عمل، هشت واحد آلودگی منتشر می نماید. بدین ترتیب این دو امتیاز قابل مبادله است. چنانچه دو واحد آلودگی ارزانتر از قیمت فروش مجوز دو واحد آلودگی باشد، این موضوع به نفع آلوده کننده A خواهد بود. در اصطلاح فنی، اگر هزینه های کاهش آلودگی (نهایی) کمتر از قیمت متداول مجوز باشد، انگیزه ای برای فروش مجوز و در صورتی که هزینه های مزبور بیشتر از قیمت مجوز باشد، این انگیزه برای خرید مجوز وجود دارد. زمانی که سهمیه اولیه مشخص گردد، آلوده کننده ها مختارند که حقوق آلودگی «مجوز آلوده سازی» را مبادله نمایند. اصولا کارخانه ای که متوجه شود که کاستن از میزان آلودگی در مقام مقایسه کار راحتی است، با فروختن مجوزهایی که در اختیار دارد به آلوده کننده ای که کاهش دادن آلودگی برای او گران تمام می شود، سود کسب خواهد نمود. اساساً اگر کارخانه ای دریابد که هزینه هایی را که برای کاستن از میزان آلودگی، صرف می کند کمتر از مبلغی است که برای مجوز پرداخت می کند، به فروختن مجوز اقدام خواهد نمود. از طرف دیگر، آلوده کننده ای که برای کاهش آلودگی باید هزینه زیادی صرف کند (آلوده گر پرهزینه) در صورتی که قیمت مجوز کمتر از هزینه لازم برای کاستن آلودگی باشد، به نفعش خواهد بود که اقدام به خرید مجوز نماید؛ بنابراین، هم آلوده گر خریدار مجوز کمتر هزینه می کند و هم آلوده گر فروشنده، سود کسب نموده و این امر، انگیزه مبادله را برای آنها فراهم می کند. علاوه بر این، از طریق مبادله، کنترل آلودگی بین آن دسته از آلوده گرانی که کنترل نمودن آلودگی برای آنها ارزان تمام می شود، تمرکز می یابد.
شایان ذکر است هیأت وزیران در جلسه ۱۳۹۵/۱/۲۲ به پیشنهاد سازمان حفاظت محیط زیست و به استناد ماده (15) قانون نحوه جلوگیری از آلودگی هوا مصوب ۱۳۷۴ـ درخصوص تعیین حد مجاز استانداردهای خروجی از کارخانجات و کارگاه های صنعتی مصوباتی را تصویب کرده اند. و بر مبنای آن می توان اقدام به ایجاد بازار تبادل مجوزهای زیست محیطی نمود. با توجه به اینکه شهرداری‌ها مسئولیت برای پایش یا کاهش آلایندگی واحدهای صنعتی یا معدنی، ارائه تسهیلات، کاهش آلایندگی یا جبران خسارات مرتبط با آلاینده‌های گاز، آب، خاک و صوت واحدهای صنعتی و معدنی چه در محل تولید و چه در محل انتشار، مدیریت پسماندهای صنعتی، معدنی، کشاورزی، پزشکی و ویژه، مسئولیتی در قبال شهرک‌های صنعتی و واحدهای مستقر در آنها عهده‌دار نیستند بنابراین عوارضی توسط واحدهای آلاینده به شهرداری‌ها پرداخت می‌گردد که در پی آن، هیچ‌گونه خدمتی مرتبط با موضوع این عوارض، نه به پرداخت‌کننده و نه به جامعه در معرض خطر ارائه نمی‌شود. از سوی دیگر پیامدهای اقتصادی و اجتماعی وضع عوارض با عنوان عوارض سبز در محیط کسب‌وکار ایران، از دو حالت خارج نخواهد بود: اول کاهش سود کسب‌وکارها، تعدیل نیرو یا تعطیلی بنگاه‌های اقتصادی و دامن زدن به بحران‌های اقتصادی و اجتماعی کشور؛ دوم افزایش زنجیره‌ای قیمت و در نهایت اثر بر جامعه و کاهش قدرت خرید شهروندان. بنابراین به نظر می رسد بهترین شیوه در حال حاضر این شیوه مدیریتی یعنی استفاده از ابزارهای اقتصادی کنترل آلودگی بازار و تبادل مجوزهای زیست محیطی می باشد و کارخانه‌ها و صنایعی که میزان آلایندگی آنها از حد مجاز کمتر است می توانند آن را از طریق انتشار اوراق اعتبار الایندگی در بازار سرمایه عرضه کرده و به متقاضیان بفروشند، و به این ترتیب، بخشی از آلایندگی در کشور کنترل خواهد شد.