بدالمطهر محمدخانی در واکنش به حواشی ایجاد شده در موضوع خانه اندیشمندان علوم انسانی، گفت: رویکرد شهرداری تهران مثل همه ظرفیت‌های فرهنگی و نخبگانی شهر تهران، ایجاد یک ظرفیت و بستر برای فعالیت «همه» گروه‌ها، جریانات و ظرفیت‌های دانشگاهی، نخبگانی و دانشجویی است؛ به نحوی که با وضعیت منصفانه و عادلانه همه بتوانند از این ظرفیت‌ها استفاده کنند. متأسفانه این رویه درباره خانه اندیشمندان علوم انسانی در سال‌های اخیر مراعات نشده و از حداقل این مکان هم به لحاظ ظرفیت موجود در ساختمان و هم به جهت حضور افراد، بهره‌برداری شده است.
سخنگوی شهرداری تهران ادامه داد: براساس مستندات و مشاهدات، بسیاری از اتاقها و فضاهای این خانه خالی بوده و تبدیل به انباری و محل جمع‌آوری وسایل شده و تنها از چند اتاق محدود استفاده می‌شده است. از سوی دیگر این ظرفیت در حقیقت تنها در اختیار یک جریان خاص قرار داشته است. این در حالیست که به سادگی و سهولت می‌توان این ظرفیت را با یک فرایند شفاف در اختیار دیگر گروه‌های دانشجویی و هیأت‌های اندیشه‌ورز قرار داد.
وی تاکید کرد: اتفاقا حضور سلایق مختلف و تنوع دیدگاه‌ها و اندیشه‌های مختلف ذیل چتر انقلاب اسلامی با رعایت قوانین جاریه، می‌تواند برای دستیابی به اهداف تأسیس خانه اندیشمندان علوم انسانی یاری‌کننده باشد.
رییس مرکز ارتباطات و امور بین‌الملل شهرداری تهران با بیان اینکه تضارب آراء می‌تواند به رشد و ترقی اندیشه کمک کند، اظهار کرد: شهرداری تهران مصمم است برای نیل به چنین هدفی و استفاده بهینه از این ظرفیت‌ها و استفاده از گروه‌های نخبگانی اقدام کند.
محمدخانی افزود: اگر فرآیندهای قانونی به صورت کامل و شفاف طی شود، نیازی به اتفاق دیگری هم نیست و عزیزان مستقر فعالیت‌های خود را ادامه خواهند داد. هیچ محدودیتی هم برای فعالیت این گروه ایجاد نشده و می‌توانند از ظرفیت‌ها و اتاق‌هایی که تا این لحظه استفاده می‌کردند، استفاده کنند. در عین حال به سرعت ظرفیت‌های غیرفعال و اتاق‌های خالی و موارد بلااستفاده هم در اختیار دیگر گروه‌ها و مجموعه‌های دانشگاهی قرار خواهد گرفت.
سخنگوی شهرداری تهران خاطرنشان کرد: به رغم آنکه شهرداری تهران هر ساله بودجه مشخصی را برای نگهداشت این مجموعه اختصاص می‌داده است، متاسفانه وضعیت نگهداشت مجموعه اصلا قابل دفاع نیست. داخل ساختمان دچار آسیب‌های جدی شده و نحوه نگهداری ساختمان کاملا غیراصولی بوده است.
وی ادامه داد: با همه این اوصاف اما برخی رسانه‌ها متأسفانه با یک برخورد سیاسی و غیرکارشناسی به موضوع ورود کرده و اخبار نادرستی را در این زمینه منتشر کرده اند. تأکید می‌کنم که هیچ‌گونه پلمبی صورت نگرفته و اصلا در ساختمان مسدود نشده و به هیچ وجه افراد یا حتی وسایل آنها از مجموعه خارج نشده است و تنها برخی کارشناسان دفتر مطالعات معاونت اجتماعی و فرهنگی شهرداری تهران برای بازدید نهایی و فراهم آوردن زمینه استفاده از این مجموعه برای نخبگان در ساختمان حضور یافتند. گروه فعلی هم در همان بخش محدود همچنان مشغول فعالیت هستند.
محمدخانی تاکید کرد: البته که از دیگر گروه‌ها نیز برای استفاده از ظرفیت بلااستفاده مجموعه دعوت به عمل خواهد آمد. در حال حاضر نیز بیش از ۱۵ مجموعه دانشگاهی و نخبگانی متقاضی استفاده از ظرفیت‌های مجموعه خانه اندیشمندان علوم انسانی هستند.