منطقه ظهور اسلام، کانون علم و فرهنگ دنیا نام گرفت و نظام‌های آموزش آن، برای جهانیان الگو شد.
نخستین مدرسه و مکتب علمی، حوزه درس امام صادق(ع) به شمار می‌آید. در آن زمان، خلفای بنی‌امیه با سران عباسی در زدوخورد بودند و امام از اختلاف آنان استفاده کرد و در مدینه، نخستین مدرسه و مکتب و حوزه علمیه تشیع دائر شد. در این حوزه، علاوه بر علوم ادبی و دینی، علوم طبیعی مانند شیمی، فیزیک، حکمت و فلسفه نیز تدریس می‌شد.
همه نوع شاگردی در محضر حضرتش حاضر شده و استفاده علمی می‌کرد و چه بسا که دانشمندان طبیعی با کمال آزادی و آرامش به خدمت امام می‌آمدند و عقاید و افکار خود را بیان داشته و پاسخ قانع‌کننده می‌شنیدند.
شاگردان حضرتش بعضی به ایران آمدند و در شهرهای اهواز، توس، اصفهان و غیره حوزه درس دائر کردند. حوزه‌های درس آن زمان در شبستان مساجد تشکیل می‌یافت و به شکل حلقه بود. مدرّس در وسط می‌نشست و درس خود را از خارج (بدون کتاب) تقریر می کرد.
هدف از مرحله خارج، آموزش و انجام تحقیقاتی است که شاگرد را به درجه اجتهاد برساند. در این مرحله، کوشش‌های طلبه باید به طرف استنباط از آموخته‌های قبلی و مستدل‌کردن آنها و یافتن کاربرد معلومات خویش کشانده شود تا شخصا بتواند در علوم اسلامی- به‌ویژه در فقه- اظهارنظر کند. این مرز را اجتهاد نامند و مجتهد، کسی است که می‌تواند با تکیه بر «ادله»، «حکم» بدهد. منظور از ادله، کتاب و سنت و اجماع و عقل است.به عبارت دیگر، طلبه در مرحله خارج باید ضمن کامل‌کردن آموخته‌های خود، آنها را در سطح وسیع دانش‌های اسلامی قرار دهد.
حوزه درس نجف
شهر مقدس نجف اشرف بیشتر از هزار سال می‌گذرد که دارای حوزه درسی است. بزرگ‌ترین مدرّس این حوزه علمیه، شیخ‌محمدبن‌حسن‌طوسی است که مزار و مسجد او در نجف اشرف، هنوز هم به نام «مسجد طوسی» شهرت دارد و یکی از سه «محمدنامی» است که پایه‌گذار تعلیمات مذهبی شیعی بوده‌اند. این سه محمد، عبارتند از «محمدبن‌یعقوب کلینی» از اهل ری و «محمد بن بابویه» قمی و دیگر «محمد بن حسن طوسی» که هر سه ایرانی پاک‌نژاد بودند و چهار کتاب تالیف کرده‌اند که اساس اجتهاد و فقه مذهب شیعی بر آن چهار کتاب قرار دارد با این نام‌ها: «کافی» از کلینی، «من لا یحضره الفقیه» از ابن بابویه، «استبصار» و «تهذیب» از شیخ طوسی.
ا
دوارد براون در تاریخ ادبیات ایران، این چهار کتاب را (اگرچه به زبان عربی تالیف شده) از اصول ادبیات ایران قلمداد می‌کند، چون هر چهار کتاب، اثر فکر و نبوغ مردان ایران است و برای اداره‌کردن جامعه ایرانیان در نظر گرفته شده بود.
اجازه اجتهاد
همین که شاگردی تقاضای اجازه فتوا می‌کرد، استاد اول راجع به اخلاق و پرهیزکاری و دیانت او تحقیق می‌کرد و اگر از این بابت مطمئن می‌شد، بیش از یکی‌دوماه شب و روز، او را مورد آزمایش قرار می‌داد و اگر به این نتیجه می‌رسید که معلومات او در حد اجتهاد است، شبی او را به حرم مطهر می‌برد و در کنار مرقد مبارک حضرت امیر مولای متقیان او را پند و اندرز می‌داد و در همان مکان مقدس قلم به دست می‌گرفت و اجازه نامه او را می‌نوشت. متن اجازه‌نامه‌ها غالبا مفصل بوده و هست و خلاصه ترجمه یکی از آنها چنین است:
«بعد از حمد و ثناء، نور چشم و فرزند و شاگرد من، فلان پسر فلان اجازه خواسته است که از من حدیث روایت کند و احکام شرع را به مردم بیاموزد. من او را به دقت آزمودم، او را شایسته دیدم و بنابراین به او اجازه دادم(در این مرحله، استاد، سلسله مشایخ و اساتید خود را بیان کرده، می‌گوید همان‌طور که استاد من فلان به من اجازه داد و او از فلان اجازه داشت و همین‌طور رشته اجازه را می‌کشاند تا به معصوم برسد). از آن رو این شخص مجتهد است.
مردم می‌توانند از او تقلید کنند. خودش نمی‌تواند و نباید از کسی تقلید کند. هر کس خمس و زکوه و سهم امام نیز به او بدهد، مثل آن است که به من داده چون دست من با آن سلسله مراتب به دست امام متصل می‌شود. هر کس با او مخالفت کند، با امام و طبعا با پیامبر و خدا مخالف بوده است. از خدا می‌خواهم که مرا از دعا فراموش نکند و در هر حال خدا را ناظر و حاضر بداند».
حوزه‌های دیگر
غیر از نجف، کربلا و سامراء، در شیراز، تبریز، مشهد، قم، اصفهان و تهران هم حوزه‌های علمیه مفصلی دائر بوده که مهم‌ترین آن حوزه علمیه اصفهان در دوره صفویه و اوایل قاجار بوده است. بزرگ‌ترین حوزه علمی آن زمان اصفهان، حوزه درسی مرحوم ملامحمدباقر مجلسی است. در آن ایام تنها در شهر اصفهان بیشتر از هفتاد حوزه درسی علوم حوزوی دائر بود که مدرسین آن از رجال درجه اول مذهبی محسوب می‌شدند.
در تهران نیز حوزه‌های درس آیت‌الله حاج میرزا حسن آشتیانی، آیت‌الله سید محمد صادق طباطبایی و آیت‌الله حاج ملاعلی کنی، از بزرگ‌ترین مراکز علمیه به حساب می‌آمد.