ساختمان اصلی در وسط حیاط قرار دارد و آنرا درختانی همیشه سبز احاطه کرده‌اند.
حوضی مدور و بزرگ در محور ورودی بنا به آن زیبایی خاصی بخشیده است. آتش در محفظه‌ای بلندتر از سطح زمین در اتاقی نسبتا وسیع و دور از تابش خورشید قرار گرفته و اتاق‌هایی برای مراسم نیایش پیرامون آن طراحی شده است.
آتش موجود در آتشکده یزد، از آتش کاریان (آتشکده فرنبغ پارس) که یکی از سه آتشکده بزرگ دوره ساسانیان می‌باشد که در سده پنجم میلادی به عقدای یزد آورده شد و مدت 700 سال در آنجا روشن بوده‌است.
سپس در سال 553 شمسی برابر با 1174 میلادی از عقدا به اردکان یزد نقل مکان می‌یابد و مدت 300 سال نیز در آنجا نگهداری می‌شود.
مجددا در سال 1318 خورشیدی به محل کنونی، آورده شد و تا به امروز روشن نگه‌داشته شده است.
از باستانی‌ترین دوران، آتشکده‌ها ساده و بدون زرق و برق ساخته می‌شده است.
سرستون‌ها و زوارهای سنگی آتشکده یزد با نقوشی برجسته و زیبا، کار هنرمندان سنگ‌تراش اصفهانی بوده و از معماری آتشکده‌های پارسیان هند الهام گرفته است.