و این مصیبت سنگین را به حضرت بقیه‌الله ارواحنا فداه، علمای اعلام، مراجع عظام، خاندان مکرم و همه ارادتمندان آن بزرگوار تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
با دریغ و افسوس فراوان خبر یافتیم که عالم ربانی، فقیه عالیقدر و عارف روشن ضمیر حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمدتقی بهجت «قدس الله نفسه الزکیه» دار فانی را وداع گفته و به جوار رحمت حق پیوسته است.
برای اینجانب و همه‌ی ارادتمندان آن مرد بزرگ، این مصیبتی سنگین و ضایعه‌ای جبران ناپذیر است: ثلم فی الاسلام ثلمه لا یسدها شیء.
آن بزرگوار که از برجستگان مراجع تقلید معاصر به شمار می‌رفتند، معلم بزرگ اخلاق و عرفان و سرچشمه فیوضات معنوی بی‌پایان نیز بودند. دل نورانی و مصفای آن پارسای پرهیزگار، آیینه‌ی روشن و صیقل یافته‌ی الهام الهی، و کلام معطر او راهنمای اندیشه و عمل رهجویان و سالکان بود.
اینجانب تسلیت صمیمانه‌ی خود را به پیشگاه حضرت بقیه‌الله ارواحنا فداه تقدیم می‌دارم و به حضرات علمای اعلام و مراجع عظام و شاگردان و ارادتمندان و مستفیضان از نَفَس گرم او و بویژه به خاندان مکرّم و آقازادگان ارجمند ایشان تسلیت عرض می‌کنم و برای خود و دیگر داغداران از خداوند متعال درخواست تسلا و برای روح مطهر آن بزرگوار طلب رحمت و مغفرت می‌کنم.
والسلام علیه و رحمه‌الله
سیدعلی خامنه‌ای
27/اردیبهشت/1388
22/جمادی الاول/1430