این کاروانسرا در 60 کیلومتری جاده یزد - کرمان و در فاصله 500 متری از جاده قرار دارد.
این کاروانسرا به دستور زین الدین گنجعلی خان ریگ حکمران کرمان و به امر شاه عباس ماضی در قرن 10 قمری ساخته شد.
کاروانسرای زین الدین در قرن 10 قمری محل استقرار تفنگچیان و مستحفظان بوده و اکنون با حفظ اصالت پیشینش، هتل گردشگران در یزد شده است.
کاروانسرای زین‌الدین؛ عملکرد خوب، نتیجه بد
این کاروانسرا از نظر معماری دارای اهمیت خاصی است و نمونه دیگری از آن به جز کاروانسرای بین کاشان و نطنز که ویران شده، وجود ندارد.
نقشه این کاروانسرا به شکل دایره است و دارای 5 برج نیم دایره است که به دیواره 8 متری آن متصل‌اند.
ساختمان این بنا از آجر است. پس از سر در نسبتاً وسیع ضلع جنوبی، هشتی و سپس صحن دوازده ضلعی قرار دارد.
در اطراف صحن، رواق‌های سکوداری وجود دارد و در انتهای هر رواق اتاق‌هایی مشابه دیده می‌شود.
در طرفین هشتی ورودی و پشت اتاق‌ها، راهروهای وسیع و طولانی قرار دارد که اصطبل چهارپایان بود. فضای ضلع شمالی بنا- گویا شاه نشین- دارای سقفی بلند با کاربندی است.
در داخل بنا عمدتاً از تزیینات آجر در نما استفاده شده که تابع طرح 12 ضلعی حیاط یا صحن مرکزی آن است. قسمت شاه‌نشین در بدنه و سقف دارای اندود گچ و کاربندی است.
کنگره‌ها و تیراندازهای لبه بام، ترکیب انحنای برج و دیواره ها و نمای تمام آجر آن، چهره خاصی به این کاروانسرا بخشیده است.
از بارزترین مشخصه این بنا می‌توان به قرینه بودن شرق و غرب آن اشاره کرد و آب آن نیز از چشمه تامین می‌شد که امروزه نیز وجود دارد.
این کاروانسرا در سال 2006 دیپلم افتخار یونسکو به دلیل «احیا و ساماندهی با بهره گیری از مصالح سنتی» دریافت کرد.
این بنای تاریخی بازسازی و به محل مناسبی برای اسکان و پذیرایی گردشگران تبدیل شده است.
کاروانسرای زین الدین با شماره ثبتی 926 و مورخ 28/5/51 در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسید.