آن زمان گزینه‌های سرشناس‌تری در فهرست استقلال قرار داشتند ولی تلاش‌های قلعه‌نویی به عنوان رئیس سازمان فوتبال این باشگاه که اصرار زیادی برای انتخاب مرفاوی به عنوان سرمربی جدید داشت، نتیجه داد تا راه‌های بازگشت امیر به استقلال بسته نشود.
با گذشت سه سال باز هم مرفاوی جای قلعه‌نویی را روی نیمکت استقلال گرفت، این در حالی است که خیلی‌ها تصور می‌کردند آنها در سپاهان باز هم در کنار هم باشند ولی مرفاوی به پیشنهاد واعظ آشتیانی پاسخ مثبت داد. این اتفاق بر‌خلاف پیش‌بینی‌های قلعه‌نویی بود. هر چند برخی انتخاب مرفاوی را تصمیم درستی از سوی مدیرعامل آبی‌ها نمی‌دانند ولی این تاکتیک واعظ آشتیانی بود که با عبور از قلعه‌نویی، دستیار او را به عنوان سرمربی انتخاب کند.
اختلاف در هیات مدیره
مرفاوی درفصل ششم لیگ برتر و در اولین تجربه سرمربیگری‌اش، روزهای خوبی را تجربه کرد ولی در آخرین هفته‌ها همه چیز بر خلاف خواسته‌های او پیش رفت تا این مربی از رسیدن به یک افتخار بزرگ دور شود. استقلال تا هفته‌های آخر مدعی اول قهرمانی بود ولی شاگردان مرفاوی امتیازهای حساسی را از دست دادند تا در نهایت از صدر جدول سقوط کرده و در رده چهارم جدول قرار بگیرند.
یک بار دیگر تاریخ برای مرفاوی تکرار شد تا او با جدایی قلعه‌نویی باز هم نفر اول کادر فنی آبی‌ها شود، این در حالی است که در هفته‌های گذشته گمانه‌زنی‌های مختلفی در مورد انتخاب سرمربی استقلال مطرح شد و اسم چند مربی مثل پرویز مظلومی، مجید جلالی و چند گزینه خارجی هم به میان آمد. چند روز پس از جدایی قلعه‌نویی بود که زریبافان رئیس مجمع باشگاه از انتخاب یک مربی ایرانی برای جایگزینی قلعه‌نویی خبر داد و با صراحت اعلام کرد که مدیرعامل برای انتخاب سرمربی اختیار تام دارد.
واعظ آشتیانی هم روی مرفاوی به عنوان جدی‌ترین گزینه نظر داشت ولی آخرین اخبار حاکی از آن است که بعضی از اعضای هیات‌مدیره از جمله محمد‌سعید نفریه و امیدوار رضایی مخالف انتخاب مرفاوی بودند ولی با حکم واعظ آشتیانی که خسرو دانشجو و علی انصاری هم با او همسو بودند مرفاوی به عنوان سرمربی جدید انتخاب شد. مدیرعامل استقلال در شرایطی این تصمیم را گرفت که برخی معتقدند مرفاوی تجربه و کاریزمای لازم را برای هدایت استقلال ندارد، آن هم در شرایطی که این تیم قهرمان لیگ شده و فصل آینده هم باید در لیگ قهرمانان آسیا حضور داشته باشد. البته موافقان مرفاوی هم معتقدند که او از استقلال شناخت کافی دارد و می‌تواند فصل موفقیت‌آمیزی را پشت‌سر بگذارد.
روته مولر و مظلومی‌در کادرفنی
از دلایل مهم باشگاه استقلال درباره تاخیر در اعلام اسامی‌کادر فنی، موضوع قرارداد روته مولر با فدراسیون فوتبال بود. واعظ آشتیانی چند هفته پیش اعلام کرده بود که از کادر ایرانی-خارجی استفاده خواهد کرد و در نهایت با اریش روته مولر مربی آلمانی تیم ملی که دستیار علی دایی بود به توافق رسید. در ضمن انتخاب مربیان و دستیاران سرمربی در روزهای آینده توسط مرفاوی صورت می‌گیرد. اعلام اسامی کادر فنی مشروط به قطع همکاری روته مولر با فدراسیون فوتبال و انعقاد قرارداد با باشگاه استقلال بود که در نهایت این اتفاق افتاد.
مدیر عامل استقلال اعضای کمیته فنی، کادر فنی، مشاوران و مدیران جدید تعدادی از کمیته‌های مختلف این باشگاه را هم انتخاب کرد که اسامی آنها بدین شرح است: سرمربی: صمد مرفاوی، مربی و مشاور فنی مدیرعامل: اریش روته مولر، مدیر تیم: غلامحسین مظلومی.
اعضای کمیته فنی: حسن امین بخش (رئیس کمیته) ، مسعود معینی، غلامحسین مظلومی، صمد مرفاوی و روته مولر. در ضمن احتمال اضافه شدن یک عضو به جمع اعضای کمیته فنی وجود دارد. رئیس کمیته پشتیبانی: هادی مباشری،کمیته پیشکسوتان: جواد قراب، رئیس آکادمی باشگاه استقلال: مسعود معینی، مشاوران جدید مدیرعامل: عباس منتظری، علیرضا منصوریان و علی امیری، کادر پزشکی: عباس منتظری (روانپزشک)، امین نوروزی (فیزیوتراپ)، کاوه ستوده (پزشک عمومی).
روته مولر که فعالیتش در فوتبال ایران با حضور در استقلال ادامه خواهد داشت، می‌گوید: «مذاکراتی برای همکاری با این تیم انجام شد و من تصورات و شرایطم را به اطلاع آنها رساندم و آنها هم شرایط خود را با من در میان گذاشتند. ما درنهایت به توافق رسیدیم و امیدوارم بتوانم تجربیاتم را در اختیار سرمربی استقلال و مسئولان باشگاه قرار دهم.» نکته قابل توجه در مورد انتخاب روته مولر این است که او ساعاتی پس از توافق با استقلال، برادرش را به دلیل بیماری قلبی از دست داد و مجبور شد به آلمان برود.
23 خرداد؛ شروع تمرینات
با اعلام صمد مرفاوی سرمربی جدید استقلال، تمرینات این تیم برای فصل جدید لیگ برتر از 23 خرداد آغاز خواهد شد. مسئولان باشگاه با مشخص کردن اعضای کادر فنی، مذاکره با بازیکنان جدید را نیز آغاز کرده‌اند. قرار است تا 15 خرداد این باشگاه بازیکنان جدید را جذب کند و سپس مذاکره با بازیکنانی که در این تیم قراردادشان به پایان رسیده، آغاز می‌شود.
امروز در باشگاه استقلال جلسه‌ای با حضور اعضای جدید کادر فنی و مدیریتی برگزار می‌شود تا سیاست‌های جدید باشگاه و شرح وظایف مشخص شود. در روزهای اخیر و در حالی‌که مرفاوی به عنوان سرمربی جدید انتخاب شد، شایعات مختلفی در مورد پیوستن ابراهیم توره و ایوان پتروویچ دو بازیکن خارجی پرسپولیس به استقلال شنیده شد ولی آبی‌پوشان این شایعه را تکذیب کردند. این باشگاه هرگونه مذاکره با ابراهیم توره و ایوان پتروویچ را رد کرده و معتقد است هر مذاکره رسمی با بازیکنان از سوی مدیران استقلال رسما اعلام خواهد شد و هرگونه گمانه‌زنی و ایجاد شایعات مردود است.
مرفاوی: جانشین بزرگان شده‌ام
مرفاوی پس از انتخابش به عنوان سرمربی استقلال در اولین اظهارنظرش می‌گوید: «جانشین مربیان بزرگی در استقلال شده‌ام. تلاش می‌کنیم به گونه‌ای کار کنیم که قهرمانی فصل گذشته را تکرار کنیم.» وی در ادامه به دلایل انتخابش اشاره می‌کند: «شاید یکی از دلایل این انتخاب این بود که من نزدیک‌ترین فرد به قلعه‌نویی در کادر فنی بودم. افتخار می‌کنم مدتی دستیار قلعه‌نویی بوده‌ام. او روزهای موفقی را در استقلال داشت و من باید با تمام‌توانم طوری کار کنم که روزهای موفق استقلال همچنان ادامه داشته باشد.»
مرفاوی در مورد انتخاب دستیارانش می‌گوید: «درحال حاضر به این موضوع فکر می‌کنم که دستیاران را انتخاب کنم و فعلا در حال جمع‌بندی هستم. روته مولر مشاور مدیرعامل و غلامحسین مظلومی مدیر تیم است. از 23 خرداد تمرینات را آغاز می‌کنیم. تا آن زمان چند جلسه با مدیران باشگاه خواهم داشت و برنامه‌ها و اسامی دستیارانم را در این نشست‌ها ارائه خواهم کرد.»