این مسجد در محله نیماورد قرار دارد که در زمان صفویه یکی از محلات آباد و پرجمعیت اصفهان بوده است.
مسجد ذوالفقار در زمان سلطنت شاه طهماسب صفوی دومین حکمران این سلسله ساخته شده است.
کتیبه‌ای که به خط ثلث با کاشی سفید معرّق بر زمینه لاجوردی بر سر در مسجد نوشته شده به نام شاه طهماسب و ذوالفقار که اسم مسجد است اشاره کرده و تاریخ آن نیز سال 950 هجری قمری است.
خطاط این کتیبه محمد سیاوش است. در این کتیبه نام شیخ محمد صفی که بانی مسجد بوده است نیز آمده است.
بر در قدیمی مسجد ذوالفقار به خط ثلث برجسته اشعاری در مدح و ستایش حضرت رسول (ص) و حضرت علی ابن ابیطالب (ع) منقور است.
بربالای کتیبه سردر مسجد لوح سنگی سیاه رنگی نصب شده که با خط ثلث برجسته عباراتی روی آن نوشته شده است.
لوح بزرگتری نیز به رنگ سیاه در ایوان جنوبی نصب شده است. تاریخ این لوح سال 1037 قمری آخرین سال سلطنت شاه عباس اول است و مفاد آن بخشودگی مالیات برخی اصناف می‌باشد.
نقش کتیبه‌ها به غیر از مفهوم مذهبی آن، زیبایی خاصی به این اثر بخشیده است. در مسجد جامع اصفهان نیز از این گونه کتیبه‌ها که از بخشودگی مالیاتی حکایت می‌کند، دیده می‌شود.
شاید پادشاهان صفوی بدین گونه می‌خواستند حمایت اصناف را به سوی خود جلب کنند تا بدین وسیله بر مدت فرمانروایی‌شان بیفزایند.
مسجد و مدرسه و حمام ذوالفقار هنگامی در اصفهان ساخته شد که هنوز این شهر پایتخت نشده بود.
این نکته بیانگر این مطلب است که شهر اصفهان حتی در زمانی که مرکز حکومت نیز نبود مهم و آباد بود و حکّام و امراء و بزرگان کشور به آن توجه مخصوص داشتند.