پدر او عالم عارف، مرحوم آیت‌الله آخوند ملا محمد جواد صافی، علاوه بر تخصص، تحقیق، تألیف و تدریس در گرایش‌های مختلف علوم اسلامی مانند فقه، اصول، کلام، اخلاق، حدیث و ... در زمینه هنرهای ارزشمندی چون شعر و خوشنویسی نیز سرآمد بود.
وی در نوجوانی ابتدا در گلپایگان، کتب پایه ادبیات عرب را نزد مرحوم آخوند ملا ابوالقاسم آغاز کرد و ادامه مباحث ادبیات، کلام، تفسیر، حدیث، فقه و اصول را تا پایان سطح در همان‌جا پی گرفت.
در سال ۱۳۶۰ قمری، گلپایگان را ترک کرد و با رنج مشکلات هجرت به قم رفت تا با حضور در مجلس درس و بحث اساتید بزرگ حوزه علمیه قم به تکمیل تحصیلات و تحقیقات خود بپردازد.
وی چند سال بعد به نجف اشرف رفت و در آن‌جا نیز از محضر مراجع عالیقدر آن حوزه، برای یک سال بهره گرفت.
از اساتید مهم وی در قم، مراجع تقلید، آیات عظام: سید محمد تقی خوانساری، حجّت، صدر، بروجردی و در نجف، آیات عظام: شیخ محمّد کاظم شیرازی، سید جمال‌الدین گلپایگانی و شیخ محمّد علی کاظمی را می‌توان نام برد.
با پیروزی انقلاب اسلامی ایران، وی در سال ۱۳۵۸، به عنوان عضو مجلس خبرگان اوّل، انتخاب و در سال ۱۳۵۹، از سوی حضرت امام خمینی (ره) به عضویت شورای نگهبان منصوب شد.
برخی از آثار آیت الله صافی گاپایگانی:
- راه اصلاح یا امر به معروف و نهی از منکر
- سفرنامه حج
- نیایش در عرفات
- حدیث بیداری (مجموعه پیام‌ها)
- شهید آگاه
- پرتوی از عظمت امام حسین (ع)
- با عاشوراییان
- بزم حضور(دفتر شعر رضوی)
- نغمه مشتاقان(دفتر شعر)
- آفتاب مشرقین(دفتر شعر عاشورایی)
- صحیفة المؤمن (دفتر شعر)
- سبط المصطفی (دفتر شعر)
- دیوان اشعار
- در آرزوی وصال (دفتر سروده‌های امام زمانی)
- پاسخی به کتاب «عقیده مهدویت در شیعه امامیه»
- نوید امن و امان
- پاسخ ده پرسش
- اصالت مهدویت
- تجلی توحید در نظام امامت
- نظام امامت و رهبری
- ولایت تکوینی و ولایت تشریعی
- پیرامون معرفت امام
- عقیده نجات بخش
- به سوی دولت کریمه
- باورداشت مهدویت
صافی گلپایگانی در تاریخ ۱۲ بهمن ۱۴۰۰ درگذشت. آیت‌الله صافی گلپایگانی که به عنوان شیخ المراجع معروف بود از چندی قبل دچار بیماری شده و در بیمارستانی در قم بستری بود.