ساخت بسیاری از این پروژه‌های عمرانی که شامل بیمارستان‌ها و مراکز بهداشتی- درمانی است از 18 تا 20 سال پیش شروع شده است و به علل مختلف از جمله نبود بودجه یا نداشتن توجیه اقتصادی به صورت نیمه کاره رها شده‌اند.
کسری بودجه باعث شده که وزارت بهداشت حداکثر تا آخر آذر ماه توان پرداخت حقوق پرسنل را داشته باشد.
مسئله کسری بودجه وزارت بهداشت در حالی مطرح است که مدیر کل سلامت سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی با میزان کسری بودجه اعلام شده از سوی وزارت بهداشت موافق نیست و معتقد است در صورتی که بخشی از درآمد 1300 میلیارد تومانی اختصاصی بیمارستان‌ها که از محل اخذ هزینه بیماران از بیمه‌ها دریافت می‌شود را در بودجه جاری وزارت بهداشت لحاظ کنیم بخش عمده‌ای از کسری این وزارتخانه جبران می‌شود.
از سوی دیگر مخبر کمیسیون بهداشت مجلس با اشاره به اینکه کسری بودجه وزارت بهداشت تا آخر امسال به 1100 میلیارد تومان می‌رسد.