باشگاه پرسپولیس که این روزها به واسطه عقد قرارداد با شرکت طبیعت، توانسته اوضاع مالی تیم‌های رده پایه خود را بهبود دهد، با مدیریت محسن خلیلی در سالیان اخیر توانسته اوضاع آکادمی خود را دچار تحولی شگرف کند. خلیلی که بعد از محمد پنجعلی به عنوان مدیر آکادمی پرسپولیس منصوب شده بود، با به‌کارگیری مربیان جوان و متخصص در حوزه فوتبال پایه توانست اوضاع این آکادمی را طوری تغییر دهد که در دو سال اخیر چندین بازیکن از محصولات آکادمی پرسپولیس از جمله امیررضا رفیعی، محمدعمری، سمیر حبوباتی، میلاد سورگی و چند ستاره دیگر در ترکیب اصلی این تیم به میدان رفته و درخشیدند در حالی که در سال‌های قبل هیچ کدام از بازیکنان آکادمی پرسپولیس حتی کیفیت حضور در تمرینات تیم بزرگسال را هم نداشتند.
البته این روزها شایعه عجیبی از ساختمان باشگاه پرسپولیس به گوش می‌رسد و این احتمال وجود دارد که محسن خلیلی علی‌رغم عملکرد موفق از سمتش برکنار شود. هنوز علت این قطع همکاری مشخص نیست اما به نظر می‌رسد در جلسه آتی هیأت مدیره سرخ پوشان این موضوع رسمیت بگیرد. از محمد انصاری که در حال حاضر مربی تیم ملی جوانان به حساب می‌آید به عنوان جانشین خلیلی در آکادمی نام برده می‌شود.