و همچنین نظریه‌پردازی‌ها در مورد اینکه چه چیزی باعث مرگ ناگهانی او در 35 سالگی در 5 دسامبر 1791 شد؛ مطرح است
ٱیا این آهنگساز نابغه اشرافی بوسیله رقیبی حسود مسموم شد؟ آیا او تصادقا خودش را با جیوه‌ای برای در مان حمله سیفیلیس به کار می‌برد مسموم کرد؟
به گزارش آسوشیتدپرس پژوهشگران بررسی سوابق مرگ در وین در حین ماه‌های حدود مرگ موتسارت در نوامبر و دسامبر 1791 و ژانویه 1792، و مقایسه علل مرگ در سالهای قبل و بعد پرداختند.
دکتر ریچارد زگرس از دانشگاه در آمستردام، یکی از نویسندگان تحقیق گفت "ما متوجه شدیم که در زمان موتسارت در افراد فوت شده،همه گیری مختصری رخ داده شده که شامل ورم (ادم) بدن بوده است. و این علامت شاخص نهایی بیمار موتسارت هم بوده است."
زگرس گفت جهشی در میزان مرگ و میر‌های وابسته به ورم در میان مردان جوان د
جوانتر در وین در زمان مرگ موتسارت در مقایسه با سایر سالهای مورد مطالعه رخ داده است، که بیانگر یک همه‌گیری جزئی بیماری با باکتری استرپتوکوکی است.
علت این مرگ در دفتر ثبت رسمی متوفیات در وین "تب و دانه‌های پوستی" اعلام شده است، هر چند که در زمان موتسارت فکر می‌کردند که اینها تنها علائمی صرف هستند و بیماری واقعی به حساب نمی‌آیند.
نامه‌های باقی‌مانده و آثار خلاقه باقی مانده از او بیانگر آن است که او در ماه‌های پیش از مرگش از یک بیماری مزمن رنج می‌برده است. بسیاری از شرح حال‌های موتسارت حاکی از آن است که او پیش از مرکزش مدت زیادی بستری نشده است. او دچار تورم شدیدی بود که خواهرش سه دهه بعد به یاد می‌آورد که او نمی‌توانست در تختخواب بچرخد.
دیگرانی که شاهد روزهای پایانی موتسارت بوده‌اند، نیز به این تورم و همچنین درد پشت، کسالت و دانه‌های پوستی- اشاره کرده‌اند که بیانگر آن است که موتسارت احتمال در نتیجه بیماری کلیوی به دنبال عفونت استرپتوکوکی درگذشته است.
دکتر ویلیام شافنر،متخصص بیماری‌های عفونی در مرکز پزشکی دانشگاه وندربیلت که در این بررسی دخالت نداشت، در مورد نتایج آن گفت:" این یافته‌های قطعی نیست، اما به هر حال ارزش فکر کردن دارد."
به نظر او غیرمنطقی نیست که بر اساس این اطلاعات موتسارت به علت عوارض باکتری استرپتوک درگذشته باشد، اما داده‌های در دست این پژوهشگران برای نتیجه‌گیری قطعی کافی نیست."
او گفت: "عفونت‌های وخیم استرپتوکوکی بسیار شایع‌تر از حالا بودند،و در واقع به عوارض وخیمی منجر می‌شدند."