قرارداد جواد نکونام با استقلال برای سال اول ۲۵ میلیارد، سال دوم ۳۲ و سال سوم ۴۰ میلیارد بسته شده بود، اما با توافقی که بین او و باشگاه استقلال انجام شد رقم سال دوم قرار داد او به ۱۶ میلیارد کاهش پیدا کرد و نامه‌ای منتشر شد که این مسئله را تایید می‌کند و امضای سرمربی استقلال هم در این متمم دیده می‌شود.
در نامه‌ای که منتشر شد ذکر شده بود: "پیرو قرار داد منعقد شده بین جواد نکونام و باشگاه استقلال، فصل ۰۴-۱۴۰۳ توافق‌نامه حاضر به عتوان متمم قرارداد مورد توافق طرفین است، طبق توافقی که بین باشگاه استقلال و جواد نکونام صورت گرفته، طبق این توافق قرارداد ۳۲ میلیاردی جواد نکونام به ۱۶ میلیارد کاهش پیدا کرده است."
جواد نکونام در صحبت‌های اخیر خود موضع شفافی نسبت به کاهش قراردادش نداشت و هیچگاه مستقیم در این ارتباط صحبت نکرد و مدیریت باشگاه هم به همین شکل شفاف و واضح توضیحاتی در این مورد نداده است، اما جواد نکونام بعد از صحبت‌هایی که در ۳۱ شهریور انجام داد اشاره ای داشت که "چیزی میدانم که اگر بگویم سمیعی باید از فوتبال برود!" و این ابهام را به وجود آورده که شاید بدون اجازه جواد نکونام این نامه تنظیم و قرارداد نکونام کسر شده است که البته این مسئله حدس و گمان رسانه‌هاست!
باید دید واکنش باشگاه استقلال و جواد نکونام نسبت به این مسئله چه خواهد بود، کسر بیش از ۵۰ درصد قرارداد اتفاقی بوده است که به احتمال زیاد باشگاه استقلال برای رسیدن به سقف بودجه انجام داده است و سرمربی آبی‌ها برای اینکه بودجه کافی برای ثبت بازیکنان در اختیار باشگاه قرار بگیرد و مشکل سقف بودجه برطرف شود این‌کار را انجام داده است یا شرایط به شکلی پیش رفته که مدیریت بدون اطلاع سرمربی این کار را انجام داده است.