وی دارای تحصیلات حوزوی است و در دولت نهم استاندار اصفهان بوده است
سید مرتضی بختیاری در سال 1388 و توسط محمود احمدی نژاد به عنوان وزیر پیشنهادی دولت برای وزارت دادگستری به مجلس شورای اسلامی معرفی و در روز 12 شهریور همان سال با کسب اکثریت آرا انتخاب شد.
برخی از سوابق اجرایی سید مرتضی بختیاری:
- مدیر کل دادگستری استان خراسان
- رئیس سازمان زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور
- مدیر کل دادگستری استان فارس
- استاندار اصفهان