شاهین بوشهر یک تیم حرفه‌ای است و در سال ۱۳۸۶ تحت پوشش سازمان انرژی اقتصادی پارس قرار گرفت و به نام شاهین پارس جنوبی بوشهر تغییر نام داد.
در سال ۱۳۸۸شاهین پارس جنوبی بوشهر با شکست۱ بر صفر مقابل شهرداری تبریز به عنوان آخرین تیم به لیگ برتر فوتبال کشور صعود کرد تا بوشهر برای اولین بار نماینده‌ای در این لیگ داشته باشد.
آخرین حضور شاهین بوشهر در سطح اول فوتبال کشور به سال ۱۳۷۷ بازمی‌گردد.
- رویدادهای ۱۰ دوره لیگ برتر فوتبال ایران / یازدهمین دوره لیگ برتر فوتبال / دوازدهمین دوره لیگ برتر /
- تاریخچه فوتبال / تاریخچه فوتبال در ایران /
- زندگینامه مربیان فوتبال ایران / زندگینامه فوتبالیست‌های ایران / پرافتخارترین مربیان لیگ فوتبال ایران
این تیم در لیگ ۱۳۸۹- ۱۳۸۸ یکی از تیم‌های حاضر در لیگ برتر ایران بود و پس از توافق نهایی با مسئولان باشگاه شاهین پارس جنوبی، محمود یاوری رسما به عنوان سرمربی جدید تیم فوتبال این باشگاه انتخاب شد.
تیم شاهین بوشهر در سال ۱۳۹۱ - ۱۳۹۲ به لیگ دسته دوم سقوط کرد.