کلیسای ننه مریم نه نیمکت دارد و نه جایگاهی برای اعتراف و وعظ کشیش.
سرت را که خم می‌کنی تا از در کوتاه کلیسا داخل شوی، چشمت به تابلویی می‌افتد که در آن نوشته: نعلینت را از پا بیرون کن، مکانی که در آن ایستاده‌ای مقدس است.
داخل کلیسا اصلا به آنچه از کلیساهای دیگر در ذهن دارید شباهت ندارد. دالان‌هایی تودرتو که با سنگ و ملات درست شده‌اند و سقفی کوتاه.
در بخشی از آن محرابی بسیار ساده و در عین حال نفسگیر وجود دارد که در پشت آن دالانی آبی رنگ و تزیین شده با عکس عیسی مسیح قرار دارد و هنگام مراسم کشیش در آنجا می‌ایستد.
کلیسای ننه مریم با قالی‌های دست بافت مفروش شده و فقط یک نیمکت کوچک برای سالمندان در انتهای سالن قرار دارد.
محراب کلیسا اتاقکی گنبدی شکل و تو در تو است که فقط کشیش‌ها حق ورود به آن را دارند.
روی پله و طاقچه کوچک جلوی محراب تصویر مسیح در حالت‌های مختلف و به شیوه‌های متفاوت به چشم می‌خورد.
از نقاشی و کوبلن دوزی مسیح به صلیب کشیده شده گرفته، تا تابلوی منبتکاری حواریون مسیح و مسیح در آغوش مریم مقدس و شمع‌هایی که چهره متبسم مسیح بر آن نقش بسته است.
سمت راست محراب راهرویی است که زائران را به محل غسل تعمید و روشن کردن شمع‌ها هدایت می‌کند.
اتاقکی 12 متری و مزین به تابلوهای معقر و نقاشی و گلدوزی و کوبلن دوزی که مسیح را در هیات‌هایی مختلف به تصویر کشیده‌اند.
بر اساس روایت پژوهشگران مسیحی و آشوری این بنا که ساختمان فعلی‌اش متعلق به دوران ساسانی است.
قبلا این کلیسا، آتشکده زرتشتیان بوده. هنگام تولد مسیح، موبدان زرتشتی ساکن این معبد، ستاره‌ای درخشان را در حال حرکت به سوی شرق می‌بینند، آن را نشانه‌ای از تولد منجی وعده داده شده می‌یابند و به طرف اورشلیم روانه می‌شوند.
این موبدها پس از بازگشت به ارومیه، آتشکده را مبدل به کلیسا کرده و در آنجا دین مسیح را بشارت می‌دهند.
کلیسای ننه مریم در طی قرون مختلف مورد مرمت قرار گرفته که معروف‌ترین مرمت آن از سوی یک شاهزاده چینی به نام " بافری" انجام شده است.
بر اساس متون تاریخی شاهزاده بافری در سال 642 میلادی برای ملاقات با اسقف اعظم نینوا به بین‌النهرین می‌آید و از آنجا به ارومیه رفته و مدتی در این کلیسا مقیم می‌شود و آن را مرمت می‌کند.
کلیسای ننه مریم صحن نسبتا بزرگی دارد که از سال 1342 شمسی برجی جدید نیز به عنوان سالن برگزاری مراسم رسمی به آن اضافه شده است.
این کلیسا بیشتر به عنوان محلی برای دعا و نیایش و یک بنای تاریخی حفظ شده است.
کلیسای ننه مریم، کلیسای شرق آشور هم نامیده می‌شود و از قدیمی‌ترین کلیساهای ایران و جهان به شمار می‌آید.