علاوه این برآثار، اسناد و آثار به جامانده از شهیدان جمع‌آوری و تحت عنوان موزه شهدا در سال75رسما آغاز به کار کرد.
هم‌اکنون موزه شهدا با داشتن 12هزار و 473 اثر از البسه، آثار حجمی و اسناد از 1310 شهید در بخش‌های مختلف، آماده بازدید عموم شهروندان، گردشگران و بازدیدکنندگان است.
موزه شهدا در طول سال بازدیدکنندگان مختلفی دارد که حتی از آن سوی آب‌ها می‌آیند.
این استقبال و همچنین افزایش آثار و اسناد، و از آنها مهم‌تر توجه به نیازهای مخاطبان مختلف، مسئولان را واداشت تا به فکر توسعه کمی و کیفی موزه برآیند و نتیجه آن ساماندهی وضع موجود شد. فضاهای جدید را هم دکتر قالیباف، شهردار تهران در سال84 بازگشایی کرد.
محبوب شهبازی، مدیرکل جمع‌آوری، نگهداری و تنظیم آثار بنیادشهید وامور ایثارگران با اشاره به بخش اسنادغیرمکتوب ایثارگران کشور می‌گوید آثار موزه‌ای و حجمی شهدا در این مکان به عنوان موزه مرکزی شهدا آماده بازدید علاقه‌مندان است و 20موزه استانی نیز مربوط به شهدا در سراسر کشور مشغول فعالیت هستند.
3 دوره تاریخی در یک سالن
طبقه همکف، سالنی دارد به نام «شهدای ترور» که در آن آثار 3دوره تاریخی جمع‌آوری شده است. ابتدا شهدای قبل از انقلاب‌اسلامی مانند شهیدان رئیسعلی دلواری، شیخ‌فضل‌الله نوری، شیخ‌محمدخیابانی، میرزاکوچک‌خان جنگلی، شهید‌آیت‌الله سیدحسن‌مدرس و دیگر شهدای بزرگی که نام آنها را بارها و بارها شنیده‌ایم و در کتاب‌های تاریخ خوانده‌ایم.
جوادحیدری با لهجه شیرازی‌اش می‌گوید: 20ساله است و اهل آباده و این اولین‌بار است که به موزه شهدا می‌آید. جواد می‌گوید:«در کتاب تاریخ مدرسه، بعضی از نام‌های این شهدا را دیده بودم ولی حالا که روبه‌روی تصویر و آثار شهید شیخ‌فضل‌الله‌نوری ایستاده‌ام و در این ویترین طناب دار را مشاهده می‌کنم به شجاعت و شهامت و ایستادگی او غبطه می‌خورم.»
در قسمت مربوط به شهدای دوران انقلاب‌اسلامی که در جریان مبارزه با رژیم ستمشاهی و جریان پیروزی‌انقلاب‌اسلامی به شهادت رسیده‌اند، می‌توان آثاری از فدائیان اسلام، شهدای 15خرداد، شهدای19دی، شهدای17شهریور و همین‌طور شهدای 22بهمن 57 را مشاهده کرد؛ آثاری که در حد مقدور و فضای سالن برای بازدیدکنندگان به نمایش گذاشته شده است.
در بخش دیگر سالن، آثار شهیدانی که به دست منافقین و سایر گروهک‌ها شهید شده‌اند جمع‌آوری شده است. از شهدای محراب گرفته تا شهدای دولت و واقعه7تیر، شهدای حرم رضوی، نمازجمعه و دیگر مظلومانی که پس از انقلاب ترور شدند.
یادگار فرماندهان جنگ تحمیلی
بخش دیگری از موزه به فرماندهان شهید سپاه و ارتش اختصاص دارد. جوان 20ساله آباده‌ای با دیدن آثار شهدای جنگ تحمیلی می‌گوید:«وقتی آثار و دست‌نوشته‌ها و وصایای فرماندهان دفاع مقدس از شهید چمران، همت، باکری، جهان‌آرا، صیادشیرازی، باقری و سیدشهیدان اهل قلم آوینی و... را دیدم به یاد جوانان بسیجی افتادم که آن روزگار هم سن و‌سال الان من بودند و در طول دوران جنگ تحمیلی جان خود را خالصانه تقدیم اعتلای میهن اسلامی کردند. با خودم می‌گویم اگر من با این سن و سال در آن زمان بودم؛ می‌توانستم راحتی از جانم بگذرم؟» اشک دو چشم‌هایش حلقه می‌زند.
و باز همان سوال قدیمی سراغم می‌آید که آیا گذشت زمان خاک فراموشی بر آرمان‌های شهدا و ارزش‌های دفاع‌مقدس می‌نشاند؟ و نسل جدید که خود روزگار جبهه و جنگ را تجربه نکرده آنها را از یاد می‌برد؟
اشک‌های جواد پاسخم را می‌دهند که افکار شهدا در لابه‌لای سطور به جا مانده از آنها می‌تواند تاثیرات دراز مدت خود را بر نسل‌های آینده حفظ کند و موزه شهدا می‌تواند بخشی از دغدغه و نگرانی گردفراموشی بر نسل جبهه و جنگ را برطرف کند، البته اگر بتواند ارتباط خوبی با بازدیدکنندگان برقرار کند. علمدار، مدیرموزه شهدا در این‌باره می‌گوید:«برپایی موزه شهدا نمایش توان نظامی یا فتوحات جنگی نیست بلکه مقصود به معرض دید گذاردن جلوه‌هایی از شخصیت و تلاش انسان‌های شجاع و خلاقی است که در راه حفظ میهن و اعتقادات خود، باارزش‌ترین و خارق‌العاده‌ترین صحنه‌های تاریخ این ملت را خلق کرده‌اند.»
وی خاطره یک گردشگر فرانسوی را که هنگام بازدید از موزه شهدا نوشته است را نشان می‌دهد:«فکر می‌کردم در این موزه هم با چیزی شبیه انولید که به نوعی موزه جنگ در پاریس است مواجه خواهم شد. اما تفاوت فرهنگی زیادی میان این دو موزه وجود دارد.»
رومن موتوو، گردشگر فرانسوی در توضیح تفاوت‌های میان این دو موزه در دفتر یادبود موزه نوشته است:«در انولید ما بیشتر با فناوری‌های جنگی و کارهای قهرمانانه مردان جنگ فرانسوی مواجه هستیم، اما در موزه شهدا بعد معنوی و مذهبی رزمندگان ایرانی بارزتر است.» این توریست می‌افزاید: «البته کارهای دلیرانه و شجاعانه در همه جا مورد تقدیر قرار می‌گیرد و این مسئله در هر دو موزه دیده می‌شود منتها تأکید بیشتر در ایران روی مسائل مذهبی است.»
شهدای آن سوی آب
در طبقه اول موزه، سالن نمایش آثار شهدای بین‌الملل جمع‌آوری شده است. آثار موجود در این سالن مربوط به شهدای ایرانی خارج از مرزهای میهن اسلامی و همچنین شهدای خارجی است که برای احیای دین و استقلال میهن‌شان مبارزه کرده و شهید شده‌اند. آثاری از شهدای فلسطین، لبنان، افغانستان و پاکستان در این مجموعه گردآمده و در کنار آن آثار شهدای اقلیت‌های دینی مانند ارامنه، مسیحیان و زردشتیان نیز به‌نمایش گذاشته شده است.
سالن دیگر اختصاص به آثار جمع‌آوری شده شهدای استان‌های سراسر کشور دارد. علمدار، مدیر موزه می‌گوید: به‌دلیل ازدیاد آثار و همچنین عدم امکان ارائه آثار مربوط به همه شهدا تلاش شده روش ادواری ارائه آثار در این سالن رعایت و هر غرفه به‌عنوان نماد آثار شهدای یک استان تلقی شود.
جایی برای نگهداری آثار
در طبقه دوم، کتابخانه تحصصی ایثار و شهادت مشتمل بر مخزن و سالن مطالعه قرار دارد که در آن کتاب‌های متعلق به شهدایی که دارای اثر در موزه و همچنین کتاب‌هایی که درخصوص آن شهدا تألیف شده، گردآوری شده است. علاوه بر آن کتب مربوط به ایثار و شهادت جهت استفاده محققان، پژوهشگران و دانشجویان نیز در اختیار علاقه‌مندان قرار می‌گیرد. در بخش آرشیو اسناد، مخزنی است که جهت حفظ و نگهداری تمامی آثار و اسناد مکتوب جمع‌آوری شده، اعم از وصیتنامه، دست‌نوشته، نامه‌های شخصی و تألیفات شهیدان مشغول فعالیت است. در واقع این مخزن پوشش‌دهنده بخش مهمی از آثار قابل ارائه در غرفه‌های گنجینه شاهد و ایثارگر است که سعی شده اصول علمی و ایمنی نگهداری آثار رعایت شود.
در قسمت آرشیو هنری آثار هنرمندان شاخص و برجسته پیرامون ایثار، شهادت و همچنین مجموعه‌ای از آثار شهیدان، جانبازان و آزادگان که در زمینه نقاشی، خوشنویسی، عکاسی، کولاژ، مینیاتور و سایر رشته‌های تجسمی خلق شده، خریداری و به روش علمی نگهداری می‌شود. در حال حاضر بیش از 700 اثر نفیس هنری در این آرشیو موجود است که به مناسبت‌های مختلف در نگارستان هنری به‌صورت موضوعی به‌نمایش گذاشته می‌شود.
آرشیو البسه، مخزنی است برای نگهداری آثار الیافی و البسه‌ای شهیدان اعم از لباس رزم، لباس شخصی، چفیه و... که با اصول ایمنی و تخصصی به‌لحاظ محل نگهداری و همچنین دمای مورد نیاز به‌کار می‌رود.
در کارگاه مرمت لباس رزم شهدایی که به‌دلیل آغشته بودن به‌خون به مرور زمان، نسوج آن از هم گسسته شده، ترمیم می‌شود. همچنین آن بخش از لباس‌هایی که به دلیل اصابت ترکش خمپاره و... آسیب دیده‌اند، به روش‌های علمی بازنگهداری می‌شوند. کارگاه مرمت خود شامل اتاق قرنطینه جهت نگهداری و تشخیص نوع آسیب و همچنین اتاق آزمایشگاه جهت تعیین نوع مواد شیمیایی موردنیاز برای مصرف و نهایتا اتاق مرمت برای ترمیم نسوج آسیب‌‌دیده درنظر گرفته شده است.
موزه شهدا، فضای نمایشگاهی هم دارد که به‌صورت ادواری آثار را در معرض دید قرار می‌دهد. در حال حاضر نمایشگاهی از آثار زنان شهید جهان به‌نمایش گذاشته شده است. از دیگر بخش‌های موزه، فضای مجازی است که در آن برای کاربران شرایطی فراهم آمده تا از اطلاعات گنجینه شاهد و ایثارگر سایر پایگاه‌های اطلاعاتی مرتبط با موزه و گنجینه مرکزی شهدا، استفاده کنند.
سالن آمفی‌تئاتر موزه شهدا با ظرفیتی حدود 120نفر مجهز به بهترین و جدید‌ترین سیستم‌های صوتی و تصویری است تا فیلم‌ها و کلیپ‌های مختلف و متنوعی را در حوزه ایثار و شهادت به نمایش بگذارد، ضمن اینکه مکان مناسبی برای برگزاری سمینارها، جلسات، یادواره‌ها و سایر مراسم فرهنگی است.
موازی‌کاری، آفت فراگیر
علمدار مدیر موزه شهدا یکی از دغدغه‌هایش را موازی‌کاری سایر نهادها و ارگان‌ها درخصوص آثار گرانبهای شهدا می‌داند و می‌گوید: «متمرکز‌کردن همه آثار شهدا در این موزه می‌تواند استفاده بهینه از امکانات را به‌دنبال داشته باشد.» ارتباط مدیران موزه شهدا با سایر موزه‌های کشور ازجمله مواردی است که اصلا به‌آن توجه نشده است. علمدار دراین‌باره می‌گوید: «تنها منبع استفاده ما از طریق اینترنت است که مسائلی را که درخصوص موزه می‌خواهیم به‌دست می‌آوریم.»
وی درباره تعداد و نوع بازدیدکنندگان از موزه می‌گوید: «عمده بازدیدکنندگان ما را گروه‌های دانش‌آموزی و دانشجویی و گروه‌هایی از مراکز ایثارگران تشکیل می‌دهد که با هماهنگی قبلی طی سال از موزه بازدید به‌عمل می‌آورند. همچنین بازدیدکنندگان خارجی هم عمدتا در 2 بخش کشورهای اسلامی مثل لبنان، پاکستان، عراق، ترکیه و... هستند و بعضی گردشگران اروپایی. او دلیل نبودن مترجم مستقر در موزه را نداشتن بودجه و پرسنل اعلام می‌کند. درحالی که گروهی از طلبه‌های پاکستانی از اسلام‌آباد از 2بخش مدارس جامعه‌الرضا(ع) برادران و جامعه‌المعصوم(س) خواهران طبق هماهنگی قبلی با مترجم برای بازدید به موزه شهدا آمده‌اند.
بازدیدکنندگان پاکستانی معتقد بودند محتوای کلی موزه آنها را تحت‌تأثیر قرار داده است ولی نتوانسته بودند پاسخ تمام سؤالات خود را بیابند چون مترجم درباره برخی موارد شاخص در موزه هم اطلاعات کافی نداشت و مدیریت موزه هم نتوانسته بود تا انتها آنها را همراهی کند. علمدار ابتدا می‌گوید: «ما همه موارد را می‌گوییم ولی ممکن است مترجم در انتقال مطالب، به‌جای پرداخت به جزئیات، کلیاتی را بیان کند که باز هم نیاز به مترجم مستقر در موزه احساس می‌شود و امیدواریم مسئولان فکری به‌حال آن کنند.»
غفلت‌های موزه‌ای
نکته دیگری که مورد غفلت مدیران و کارکنان موزه شهدا قرار گرفته عدم استقبال از معدود بازدید‌کنندگانی است که گذری از موزه شهدا بازدید می‌کنند. یکی از این بازدیدکنندگان از برخورد سرد نگهبان ورودی موزه که اصلا او را نمی‌بیند گله‌مند است و می‌گوید: اینجا حتی راهنمای محیطی ندارد و حداقل نصب پلاک‌های درشت که مراجعه‌کننده را دقیق راهنمایی کند به‌شدت موردنیاز است.
یکی دیگر از بازدیدکنندگان می‌گوید ویترین بیرون موزه که شیشه‌های آن به‌صورت شطرنجی است موجب شده تا تندیس‌های داخل ویترین فقط با نیم‌متر فاصله قابل رؤیت باشد و این مسئله هیچ‌گونه جذابیتی برای عابرین ایجاد نمی‌کند. بازدید‌کننده دیگر می‌گوید: وقتی وارد فضای ورودی موزه می‌شوید در زیر نور کمرنگ ابتدا با نگهبان موزه مواجه می‌شوید که سرد و بی‌روح از شما استقبال می‌کند، نه از راهنمایی خبری هست و نه خوش‌آمد‌گویی! حتی تابلوهایی که برای راهنمایی بازدیدکنندگان نصب شده، جلب‌توجه نمی‌کند. البته علمدار برخلاف نظر بازدید‌کننده‌ها می‌گوید: «هرکدام از کسانی که به‌صورت انفرادی مراجعه می‌کنند توسط نگهبان به اتاق مدیریت موزه راهنمایی می‌شوند و در آنجا ضمن خوش‌آمد‌گویی، به آنها اطلاعات اولیه از سالن‌های موزه ارائه شده و با راهنمایی کامل به‌طرف سالن‌های موزه هدایت می‌شوند.»
گمنام ماندن موزه شهدا دربین ایثارگران که مخاطبان اصلی آن هستند نکته دیگری است که باید بیشتر مورد بررسی قرار گیرد. به‌نظر می‌رسد نسل جبهه و جنگ بازدید از موزه شهدا را صرفا برای نسل جدید مفید می‌دانند. این درحالی است که مرور خاطرات به‌جامانده از شهدا می‌تواند نسل دفاع مقدس را از غوطه‌ورشدن در پیچ‌وخم‌های پرهیاهوی مادی برحذر دارد و همچنین تلنگری باشد تا ارزش‌هایی را که براساس آن هویت خود را یافته‌اند، فراموش نکنند. نباید فراموش کنیم که مرور آن خاطرات می‌تواند به مهم‌ترین سلاح برای مقابله با سختی‌ها و فراز و نشیب‌ها با هدف پاسداری از خون شهدا و حفظ ایمان و جهش و ارتقای مراتب تا رسیدن به آرمان‌های بزرگ انسانی مسلح و تجهیز کند و آن سلاح جز استقامت و پایداری در حفظ و گسترش ارزش‌های اسلامی نیست. علمدار مدیر موزه شهدا اعتقاد دارد آنچه این موزه را با موزه‌های دیگر متمایز می‌کند همان فضای معنوی حاکم بر کل مجموعه است اما اینکه مجموعه مدیریت موزه شهدا تا چه حد توانسته است این انتظار و امکان را ایجاد کند خود جای بحث بسیار دارد.