در عصری که علم و دانش نسبت به زمان پیش از خود روبه افول نهاده بود نراقی از پرچمداران خردمند علم و دانش زمان خویش بود. نگاهی به تنوع آثاری که از جناب نراقی در علوم مختلف از فقه و اصول تا حکمت وکلام به‌جا مانده مؤید این مطلب است که او در بسیاری از علوم عصر خویش استاد بوده؛ اما آنچه نراقی را در زمره یکی از عالمان درجه اول قرار می‌دهد بـُعد اخلاقی او و تألیف کتاب عظیم‌الشأن جامع‌السعادات در علم اخلاق است که از یک‌سو چکیده فضایل و محاسن کتبی مثل طهاره‌الاعراق ابن‌مِسکوَیه رازی و احیاء العلوم غزالی و اخلاق ناصری خواجه‌نصیرطوسی است و از طرف دیگر نقطه عطف و منبع الهام در تألیف کتب اخلاقی است که پس از وی تدوین شده است.
بعضی از عالمان اخلاق در تألیفات خویش بیشتر به جنبه نظری اخلاق و بحث‌های فنی در قوای نفس و اثر آنها و شُعب آن و جریانات منتهی به این شعب و طریقه شناخت نیروهای نفس و... پرداخته‌اند و چنان از اصل و هدف بحث که انسان‌سازی است دور شده‌اند که علاقه‌مندان را در پیچ‌وخم اصطلاحات تودرتو سردرگم و پریشان کرده‌اند و مشتاقان تهذیب نفس، دل زده از این کتب، آنها را به اهل فن و حکمت وانهاده‌اند. بعضی نیز بیشتر به جهت دینی و روایی پرداخته‌اند و گزاره‌های اثباتی و سلبی را روایت کرده‌اند و کمتر درپی بیان نحوه تاثیر قوا و اراده انسان بر اعمال بوده‌اند.این دو شیوه نه‌تنها درد زیادی از پیروان شریعت و راهیان طریقت و طالبان حقیقت دوا نمی‌کنند بلکه گاه خودشان دردی بر دردها می‌افزایند و نه‌تنها نسخه و دارو نیستند بلکه گاه فزاینده درد نیز هستند.
مرحوم نراقی راه میانه را برگزیده و در بحث نه آن چنان وارد شعب فراوان و تودرتوی حکمت نظری شده است که خواننده رشته سخن را از دست بدهد و دائم درپی احصای شعب و فصول و ارکان نفس باشد و نه‌چنان ایجابی و سلبی سخن گفته که خواننده، خود را دست بسته و تسلیم ببیند. او معتقد است که رسیدن به قله انسانیت و صعود به عالم قدس و طهارت از مسیر تخلیه نفس از رذایل و آراستن آن به فضایل میسر است اما برای اینکه خردمندان بتوانند به تزکیه نفس بپردازند باید خوبی‌ها و بدی‌ها و منشأ آنها را بشناسند زیرا معرفت و شناخت پایه شهود و نور وجه کریم حق هستند و بذر مشاهده را قوی می‌کنند.
او در ابتدا امهات مسائل نظری که در بحث اخلاق مورد نیاز بوده را به‌صورت موجز و گویا بیان کرده و سپس به سراغ مهلکات و منجیات می‌رود.نراقی ابتدا بیان می‌کند که حقیقت انسان روح و روان اوست که مجرد ذاتی است و باقی می‌ماند، پس اگر این حقیقت به صفات الهی مزین شود یا صفات الهی نهفته او بارز شود به غایت خویش رسیده است. سپس او دلایلی بر تجرد نفس بیان می‌کند که سخنش را با مبانی حکمت نظری درحد نیاز محکم کند.
جناب نراقی حسن و قبح افعال را ذاتی می‌داند. اگرچه در این مورد به‌صورت مستقیم چیزی بیان نکرده اما با بررسی دقیق جامع‌السعادات و توصیه‌ها و توصیف‌ها که از رذایل و فضایل کرده، این نکته فهمیده می‌شود که حسن و قبح ذاتی افعال نزد نراقی از بدیهیات ِوجدانی است. این مطلب چنان برای او واضح است که بدون کمک و تعلیل بیرونی آن را می‌یابد و نیازی به بحث مبسوط در این مورد نمی‌بیند. وجود شرایع و ذاتی بودن عدل الهی از مؤیدات اوست.
نراقی در بحث عقل عملی نیز طرفدار نظریه‌ای است که سردمدار آن شیخ‌الرئیس ابوعلی‌سیناست. آنها معتقدند که عقل عملی قوه محرکه بدن یا عامله آن است و هنگامی‌که مراتب ادراک کلی و جزئی به پایان می‌رسد عقل عملی قوای درونی بدن را تحریک می‌کند تا به ادراکات جزئی عمل شود زیرا نفس برای ارتباط با عالم مادی و غیرمادی نیازمند واسطه است و عقل نظری واسطه نفس با عالم مجرد و عقل عملی واسطه ارتباط نفس با عالم پایین است و ریاست بر قوای دیگر بدن دارد. به عبارت دیگر این گروه ادراک و ارشاد را کار عقل نظری و اجرا را کار عقل عملی می‌دانند.
البته به‌نظر می‌رسد با پذیرش این نظریه باید بپذیریم که حکمت عملی ارتباطی با عقل عملی ندارد زیرا حکمت عملی از مقوله ادراک متعلق به اعمال اختیاری است اما عقل عملی از قلمرو ادراک بیرون بوده و جنبه تحریکی دارد که پذیرفتن این نظریه سخت به‌نظر می‌رسد. آنچه روشن است این است که نظریه رقیب که ریشه در آرای فارابی دارد و مورد پذیرش حکمت متعالیه است از اتقان بیشتری برخوردار است. این گروه عقل را مُدرک می‌دانند که به دو گروه نظری و عملی تقسیم می‌شود.
در بحث جزا و پاداش نیز جناب نراقی رای حکمت متعالیه را پذیرفته و آنچه در جامع‌السعادات به‌صورت موجز بیان کرده این است که جزا و پاداش را نه قراردادی می‌داند و نه نتیجه طبیعی عمل، بلکه او معتقد به انعکاسی بودن جزا و پاداش است و عقیده دارد که جزا و پاداش جنبه باطنی خود عمل است که در قیامت به فاعل عمل باز می‌گردد. پس باید دقت خاص مبذول داشت که از اینجا روی پل صراط هستیم و سقوط از آن در قیامت باطن همین لغزش‌ها و اطاعت هواست که بارز می‌شود.از دیگر مؤلفه‌های اندیشه‌های اخلاقی ملا مهدی نراقی تعادل در دیدگاه است که به تعادل در اعمال و رفتار نیز کشیده شده است.
او همچون ارسطو معتقد است که فعل اخلاقی به دور از افراط و تفریط است پس سعی می‌کند در همه کارها حد وسط را بیابد و برای یافتن آن نیز دچار عوام‌زدگی و مغالطه نفس و تلبیس ابلیس نشود. در توصیه‌هایی که برای توبه و پرداختن به اوراد وا ذکار و تلاوت قرآن کریم کرده نیز جانب تعادل و حدوسط را نگاه داشته است تا افراد از دیگر کارها و مسئولیت‌های خویش باز نمانند.
نراقی در بحث شناخت فضایل و نقطه مقابل آن یعنی رذایل ابتدا به قوا و غرایز چهارگانه بشری - عقل، غضب، شهوت و وهم- می‌پردازد. در نظر نراقی این غرایز به تنهایی و یا به‌صورت ترکیب با یکدیگر منشأ بروز رذایل است و راه نجات، شناخت ریزه‌کاری‌ها و اسرار آن و تزکیه عملی برای رهایی نفس از این امور است.
او در مورد تک‌تک رذایل و منشأ آنها و نیز فضیلت مقابل آنها و راه از بین بردن آن رذایل و جایگزینی فضایل به جای آنها توضیحات راهگشایی بیان می‌کند. این جنبه کار نراقی که به ریشه رذایل می‌پردازد و بیان می‌کند که این رذیله در چه غریزه‌ای ریشه دارد و از چه آبشخوری تغذیه می‌شود از مهم‌ترین وجوه اهمیت کار اوست.
اگر نگاهی به مباحث کبر، حسد، سرکشی، کینه، خودستایی و... بیندازیم می‌بینیم که نراقی از جایگاه حکیم روشن‌بین بسیار دقیق به این مسائل پرداخته است. مثلا در باب رذایل متعلق به قوه عاقله ابتدا به بررسی جهل پرداخته و آن را ریشه بسیاری از خطا‌ها دانسته است و عدم‌شناخت صحیح و معرفت را محملی برای نفوذ دیگر رذایل این قوه در قلب بیان کرده است و راه معالجه آن را هم چنین بیان می‌کند که اگر علت جهل، تعصب یا تقلید است باید سعی در برطرف کردن عوامل تعصب داشت و اگر علت جهل کج‌اندیشی است باید ذهن را با ابزار علم به استقامت واداشت.
او در این مورد توصیه‌های کارگشایی نیز می‌کند. در مورد بقیه رذایل نیز او به همین روش برخورد کرده و راه علاج علمی و عملی را بیان می‌کند.نکته بسیار مهم کار مرحوم نراقی تأمل دقیق در آیات قرآن کریم و روایات حضرات معصومین - صلوات‌‌الله علیهم اجمعین- درباب اخلاق، تحقیق و رمز گشایی آنهاست به نحوی که گاه اگر توضیح نراقی را در مورد مسئله‌ای نخوانیم هرگز نمی‌توانیم بفهمیم که این شاهد مثال چه ارتباطی به بحث دارد ولی وقتی سخن نراقی را خواندیم و به شاهد مثال رسیدیم از عمق دقت بیان او که به دور از تأویلات دور از ذهن نیز بیان شده متعجب می‌مانیم.
عالمان اخلاق معتقدند که کتب و دستور‌العمل‌های اخلاقی نه‌تنها باید نسخه بلکه باید داروی دردهای طالبان نفوس طیبه باشند. نگاه به روش و سیره علمی و عملی جناب نراقی و راه‌هایی که برای مبارزه با رذایل مطرح می‌کند کاملا نشان دهنده این است که سبک بیان ایشان برهمین اصل دوا بودن است و به همین خاطر اگر طالبان اخلاق حسنه همت بلند دارند و با طلب و تواضع و پشتکار به نکات بدیعی که مرحوم نراقی بیان کرده عمل کنند داروی بسیاری از دردهای خویش را می‌یابند.