بی‌توجهی به مسجد امام (ره) سبب شده بخشی از کاشی‌کاری‌های مسجد باد کرده یا فرو بریزند. فرو ریختن بخشی از کاشی‌های مناره این بنای تاریخی، نمای ناخوشایندی را به این مسجد تاریخی داده است؛ ضمن اینکه هر لحظه امکان تخریب تزئینات این گنبد فیروزه‌ای زیبا وجود دارد. همچنین باد کردن (طبله کردن) بخشی از کاشی‌های این بنای تاریخی که در لحظه ورود به مسجد امام (ره) آشکارا دیده می‌شود از دیگر نکاتی است که باید مورد توجه مسئولان قرار گیرد.
در این خصوص یکی از فعالان عرصه کاشی‌سازی، معرق و هفت‌رنگ اظهار داشت: متأسفانه اکنون در مرمت بناهای تاریخی آنگونه که باید، از متخصصین دارای صلاحیت استفاده نمی‌شود و کسانی نظارت بر اجرای این طرح‌ها را بر عهده دارند که متأسفانه حتی آشنایی نسبی با این علم ندارند.
مجید پنجه‌پور افزود: مشورت‌نکردن با کارشناسان خبره در زمینه مرمت و تعمیر بناهای تاریخی در نهایت مشکلات بسیاری را برای بناهای تاریخی به‌وجود می‌آورد و باید به این نکته توجه داشت که اقدامات مرمتی بازیچه نیست. پنجه‌پور در ادامه سخنان خود با اشاره به وضعیت برخی از کاشی‌های مسجد امام (ره) اظهار داشت: می‌توان در مرمت این کاشی‌ها آن را به سبک قدیم درست کرد اما نکته مهم این است که چه کسی این کار را انجام دهد.
آخرین شخصی که مرمت گنبد مسجد امام را در 20 سال گذشته بر عهده داشته، گفت: در آن دوران که مرمت گنبد مسجد امام (ره) را به انجام رساندم، تنها 3ترک باقیمانده بود.حسین علی مصدق‌زاده با اشاره به اینکه در آن دوران نیز این 3 ترک باقیمانده از گنبد مسجد امام (ره) طبله کرده بود، افزود: در آن سال به خاطر میزبانی اصفهان و انتخاب اصفهان به‌عنوان پایتخت فرهنگی جهان اسلام، داربست‌های این گنبد باز شد و ادامه کار باقی ماند.
وی تصریح کرد: در آن زمان وضعیت گنبد مسجد امام (ره) را به سازمان میراث فرهنگی متذکر شدم که در نهایت این امر بدون نتیجه ماند. در آن سال علاوه بر بازکردن داربست‌های گنبد مسجد امام (ره) حتی قالب گنبد را نیز سازمان میراث فرهنگی خراب کرد. مصدق‌زاده با اشاره به اینکه هزینه ساخت مجدد این قالب بسیار زیاد است، اظهار داشت: مخالفت و درخواست‌های فراوان برای نگهداری این قالب‌ها بدون نتیجه ماند و تنها از سوی سازمان میراث فرهنگی این نکته مطرح شد که در زمان نیاز این قالب مجددا ساخته می‌شود.
محمد حسن مقضی یکی دیگر از مرمت‌کاران برجسته کاشی معرق در اصفهان معتقد است: متأسفانه عدم‌استفاده سازمان میراث فرهنگی از نیروهای متخصصی که به‌صورت عملی در این عرصه فعالیت کرده‌اند باعث شده تا مرمت‌های انجام شده با دقت لازم انجام نشود.
چندی پیش رئیس سازمان میراث فرهنگی استان اصفهان در این خصوص در گفت‌وگو با یک رسانه گفته بود: کاشی‌های گنبد مسجد امام (ره)25 سال پیش مرمت شد که به سبب تابش مستقیم نور خورشید، یخ‌زدگی، آلودگی‌های هوا و صوتی اکنون نیاز به بهسازی دوباره دارد.