وی در آغاز دوران مربیگری در سال 1378 به عنوان کمک‌مربی در تیم ذوب‌آهن اصفهان مشغول به کار شد.
ابراهیم‌زاده در فصل 81 - 82 لیگ برتر زمانی که تیم سپاهان به قهرمانی رسید دستیار فرهادکاظمی بود و در تیم ذوب‌آهن دستیار محمدرضا کربکندب بود و با وی این تیم را به نایب‌قهرمانی رساندند.
وی همچنین در زمانی که لوکا بوناچیچ سرمربی تیم سپاهان بود به عنوان کمک مربی در خدمت این تیم بود.
منصور ابراهیم‌زاده در کارنامه مربیگری خود سابقه حضور در تیم ملی هم دارد. وی در سال 2007 دستیار امیر قلعه‌نویی بود و به همراه تیم ملی در مسابقات جام ملت‌های آسیا شرکت کرد.
وی پس از برکناری قلعه‌نویی و عدم عقد قرارداد با خاویر کلمنته، به شکل موقت مدتی به عنوان سرمربی تیم ملی فوتبال انجام وظیفه کرد و در 3 مسابقه 3 مساوی در کارنامه تیم ملی به ثبت رساند.
منصور ابراهیم‌زاده در سال 1387 مجددا به تیم ذوب آهن پیوست اما این بار در کسوت سرمربی. وی در فصل 87- 88 لیگ برتر این تیم را پس از تیم استقلال به مقام نایب قهرمانی رساند اما در جام حذفی همان سال مقام قهرمانی را برای این تیم به ارمغان آورد.
وی سال بعد برای دومین بار تیم ذوب آهن را به مقام نایب قهرمانی رساند و این تیم یکی از 4 تیم برتر آسیا در جام باشگاه‌های آسیا بود.
وی در نهمین دوره لیگ برتر فوتبال به عنوان برترین مربی اخلاق شناخته شد.
ابراهیم‌زاده اول خرداد سال 1392 با باشگاه راه‌آهن قرارداد امضا کرد و در خرداد ۹۳ هدایت پیکان تهران را قبول کرد.
منصور ابراهیم زاده پس از دوری تقریبا طولانی مدت از لیگ برتر بالاخره در هفتم بهمن ماه 1396 سرمربی تیم فوتبال سپاهان اصفهان شد.