پنجعلی ازجمله مدافعان مستحکم و مشهور فوتبال کشورمان به حساب میآید. وی سابقه بازی برای باشگاههای برق تهران، فتح تهران، ابومسلم، پرسپولیس، الاتحاد و تیم ملی فوتبال ایران را در کارنامه خود دارد.
پنجعلی یک سال برای تیمهای برق تهران، فتح و ابومسلم به میدان رفت و پس از آن به تیم پرسپولیس پیوست و از سال 1356 تا 1373 پیراهن این تیم را بر تن کرد. وی در این مدت 2سال (1987-1989) برای تیم الاتحاد به میدان رفت.
وی همچنین 13 سال به عنوان بازیکن در تیم ملی حضور داشت و در این مدت 45 گل به ثمر رساند.
پنجعلی پس از خداحافظی از بازی فوتبال به مربیگری رو آورد و ابتدا در تیم پرسپولیس به عنوان دستیار فعالیت خود را آغاز کرد.
وی همچنین سابقه حضور در کادر فنی تیم امید ایران به عنوان دستیار مربی را در کارنامه خود دارد.
سید محمد پنجعلی خرداد سال 1392 به عنوان مدیر تیم پرسپولیس انتخاب شد.