در این میان آنچه از علامه در محافل علمی و عمومی بر زبان جاری می‌شود و چون قصد بزرگداشت او می‌شود، او را بدان می‌شناسند،وجه فیلسوفی و نهایتاً تفسیری ایشان است و متأسفانه بُعد فقهی و اصولی و البته حدیثی علامه طباطبایی معمولا مغفول و نامذکور است، حال آنکه بخش اعظم عمر ثمربخش ایشان در تعلم و تعلیم فقه و اصول سپری شده است و ایشان در این دو زمینه به‌خصوص در اصول فقه آرای بی‌نظیر و بدیعی به دست داده‌اند. البته شاید بتوان مغفول ماندن این بخش از حیات علمی علامه طباطبایی را مربوط به زمان شناسی خاص خود ایشان دانست چرا که ایشان در زمانه‌ای به تدریس و نگارش فلسفه پرداختند که عصر استیلای جنبش‌های چپ بود؛جنبش‌ها و حرکت‌هایی که عموما مبتنی بر اندیشه مادی‌گرایانه بودند.
بنابراین شاید ضرورت زمانه را نیز باید در این غفلت مؤثر دانست،ضمن آنکه حوزه‌های علمیه شیعی به‌صورت تاریخی در برخی علوم همچون تفسیر، فلسفه و اخلاق کم کارتربوده‌اند. از این‌رو شاید نتوان پرداخت علامه به این بخش از علوم را چندان غیرعادی تلقی کرد؛ هرچند در عصر ایشان این تلقی امری رایج بوده است. خود علامه از این مسئله با عنوان عدم‌تناسب میان نیازهای جامعه و وضع حوزه یاد می‌کند. اما این نکته را نیز نباید از نظر دور داشت که علامه برای مدت‌های مدیدی در حوزه علمیه قم به تدریس خارج اصول و فقه اشتغال داشته است. به هر روی فهم دقیق ایشان از روایات که به خوبی از حاشیه‌های ناتمام ایشان بر بحارالانوارِ علامه محدث محمد باقر مجلسی، هویداست در کنار نظریات اصولی مبتنی بر نظریات فلسفی ایشان به‌خصوص نظریه ادراکات اعتباری، دستمایه پدید آمدن نظریات و استنباطات عمیق فقهی ایشان را پدید آورده است. نگاهی به حاشیه منتشر نشده ایشان بر مکاسب شیخ‌اعظم گویای این امر است. در این جستار که به مناسبت سالروز بزرگداشت علامه گرانقدر سید محمد حسین طباطبایی تبریزی فراهم آمده است، می‌کوشیم تا به برخی از نظریات بدیع اصولی ایشان نظری بیفکنیم.
علامه طباطبایی چنان‌که خود در زندگی خود نوشت ذکر می‌کنند، در سال 1304شمسی برای تکمیل تحصیلات حوزوی عازم نجف شده‌اند. ایشان اساتید اصلی خویش را 2 تن دانسته‌اند؛ نخست آیتالله شیخ محمدحسین اصفهانی (کمپانی) که علامه یک دوره کامل خارج اصول که تقریبا 6سال به طول انجامیده است و نیز 4سال خارج فقه را نزد ایشان خوانده است و دوم آیتالله شیخ محمدحسین نائینی که علامه، یک دوره کامل خارج اصول فقه را نزد ایشان تلمذ کرده است. بنا به این زندگی خودنوشت، علامه مدت اندکی را نیز در درس خارج فقه آیتالله سید ابوالحسن اصفهانی حاضر شده است؛ چنان‌که کلیات علم رجال را نیز نزد آیتالله حجت کوه‌کمره‌ای. از این‌رو باید رویکرد اساسی فقه و اصول فقه علامه طباطبایی را نشأت گرفته از مدرسه اصولی و فقهی متاخر
نجف اشرف بدانیم؛ مدرسه‌ای که به قاطعیت می‌توان آن را مبدع و پایه‌گذار علم اصول فقه جدید شیعی به‌شمار آورد.
اوج مهارت اصولی را البته باید در فرائد الاصول شیخ مرتضی انصاری و کفایه الاصول آخوند محمدکاظم خراسانی به مشاهدت نشست که پس از او در شرح و تعلیقه شاگردان ایشان به‌خصوص آقا ضیاء عراقی، علامه نائینی و علامه اصفهانی بازتولید و منقح شده است. بنابراین علامه طباطبایی به‌صورت مستقیم از این منبع جوشان سیراب شده است. شاید حتی بتوان آثار گوناگون این بهره‌گیری را در فلسفه و تفسیر ایشان رهگیری کرد. به‌عنوان نمونه یکی از اصولی که علامه‌طباطبایی در فلسفه خویش بنیانگذاری کرده است اصل تفکیک حقایق از اعتباریات است که عدم‌تفکیک آن میان بسیاری از اشتباهات در علوم اعتباری مانند فقه و اصول بوده است.
مسائل مربوط به جهان و هستی‌های خارجی از علوم حقیقی است که همگی با دلایل تجربی و علمی قابل اثبات است ولی علوم اعتباری جنبه قراردادی دارد مانند فقه و حقوق و البته اصول فقه که اصولا قابل اثبات با براهین عقلی نیستند. براساس اصل تفکیک حقایق از اعتباریات در اینگونه موارد باید به نحوه اعتباری که اعتبار‌کننده از آن استفاده کرده است، نگریست. نکته جالب اما آن است که اصل این نظریه را استاد از کلمات استاد خویش آیتالله شیخ محمد حسین اصفهانی که در کتاب ایشان، نهایه الدرایه (شرح کفایه‌الاصول) منعکس شده است، گرفته است. البته پس از آن علامه آن را در کتاب مستقل «الحقائق و الاعتباریات» و فصل ششم اصول فلسفه و روش رئالیسم و مرحله یازدهم نهایه‌الحکمه پی گرفته است و به نحو مفصل و مبسوطی درباره آن و مغالطاتی که براساس عدم‌تفکیک آن روی داده است، سخن گفته است. تعلیقات علامه بر کفایه الاصول آخوند خراسانی که در دو بخش مباحث الفاظ و مباحث اصول عقلیه تمرکز دارد، نیز از این نظریه بی‌تأثیر نیست. از نگاه علامه حجیت به‌عنوان یک امر اعتباری کاملا در حدود و مجاری اش وابسته به‌نظر اعتبار‌کنندگان بستگی دارد.
بنابراین استنباط و استخراج میزان حجیت هر پدیده‌ای وابسته به درک حدود و ثغوری است که پدید آورندگان آن ابداع کرده‌اند. بر این اساس، به‌عنوان مثال اصل و میزان حجیت و دلیل بودن ظواهر(الفاظ به کار رفته در) کتاب و سنت تنها با مراجعه به عرف یک جامعه میسر است چنان‌که اصل و میزان حجیت خبر واحد (خبری که به درجه قطعیت و تواتر نرسیده است.) به‌عنوان یکی از اصول اجتهادی و زیربنای اصلی فقه چنین وضعیتی دارد، از این‌رو مهم‌ترین دلیل حجیت خبر واحد بنای رفتاری عرف یک جامعه است که در متون اصولی معمولا از آن با عنوان بنای عقلا یاد می‌کنند. بنابراین چنان‌که برخی از اصولیون تلاش کرده‌اند، نمی‌توان حجیت خبر واحد را به امری واقعی و حقیقی نسبت داد. نتیجه عملی چنین تفکری حجیت ظواهر در فروع فقهی است.
البته از نگاه علامه می‌توان به حجیت اخبار قطعی در باب اصول اعتقادات نیز قائل شد: «با اتکا به دلالت قرآن و هدایت اخبار قطعیه، شیعه معتقد است که در معارف اسلامی حجیت معتبر 3 چیز است که به هر یک از آنها می‌شود اعتماد کرد و به غیرآنها نمی‌شود گروید: کتاب، سنت قطعیه و عقل صریح» (مجموعه مذاکرات علامه طباطبایی با پروفسور هانری کربن، صص 48-47). بنابراین از نظر علامه، نفی حجیت ظواهر قرآن از سوی اخباریون قابل دفاع نیست. ایشان در مقام رد این نظریه چنین می‌گویند: «برخی گفته‌اند در تفهیم مرادات قرآن تنها باید به بیان پیامبر و اهل‌بیتش مراجعه کرد، ولی این سخن قابل‌قبول نیست زیرا حجیت بیان پیامبر و امامان اهل‌بیت را باید از قرآن استخراج کرد. بنابراین چگونه متصور است که دلالت قرآن به بیان ایشان متوقف باشد بلکه در اصل رسالت و امامت باید به دامن قرآن کریم که سند نبوت است، چنگ زند. البته این منافات ندارد با اینکه پیامبر و ائمه عهده دار بیان جزئیات قوانین و تفاصیل احکام شریعت که از ظواهر قرآن مجید به دست نمی‌آید باشند... .
به موجب آیات متعدد قرآن، پیامبر مبین جزئیات و تفاصیل شریعت و معلم الهی قرآن مجید است و به موجب حدیث متواتر ثقلین پیامبر ائمه اهل‌بیت را در سمت‌های نامبرده جانشینان خود قرار داده است. این مطلب منافات ندارد با اینکه دیگران نیز با اعمال سلیقه‌ای که از معلمین حقیقی یاد گرفته‌اند مراد قرآن مجید را از ظواهر آیاتش بفهمند» (قرآن در اسلام، صص32-31).
در جای دیگر علامه همین امر یعنی اثبات حجیت خبر واحد را که طبیعتا امری اصولی به‌شمار می‌رود به عقل نسبت می‌دهد که به‌نظر می‌آید منظور ایشان عقلا باشند هر چند در عبارات بعدی ایشان مطالبی وجود دارد که منافی این امر است؛«رجوع فلاسفه به ادله عقلیه فضول نیست.
بلکه آنها اولا اثبات کرده‌اند که حجیت ظواهر دینیه متوقف است بر برهانی که عقل اقامه می‌کند. [استدلال اعتباری برای حجیت خبر واحد] و عقل نیز از اعتماد و اتکایش به مقدمات برهانیه، فرقی بین مقدمه‌ای و مقدمه دیگر نمی‌گذارد. بنابراین اگر برهان بر امری اقامه شد، عقل اضطرارا باید آن را قبول کند و ثانیا ظواهر دینیه متوقف است بر ظهوری که در لفظ بوده باشد و این ظهور، دلیل ظنی است و ظن نمی‌تواند با علم و یقینی که از اقامه برهان بر چیزی حاصل شده، مقاومت کند(تعلیقه بر بحارالانوار، ج1، ص104). هر چند علامه در این فراز مشغول پاسخ دادن به مدعای کسانی است که به نحو عمومی به حجیت عقل در مسائل اعتقادی باور ندارند، اما صراحتا حجیت ظواهر کتاب را به‌عنوان یک امر اصولی که زیربنای اصلی فقه به شمار می‌رود به عقل یا ادله عقلیه و یا عملی فلسفی نسبت می‌دهند. برای رفع این تناقض ظاهری می‌توان 2راه حل ارائه داد؛ نخست آنکه فهم حسن و قبح ذاتی (عقلی) را به عقل و نه عقلا نسبت دهیم. از این‌رو عمل عقلا به ظواهر و مواخذه ایشان بر این اساس عملی عقلی خواهد بود نه صرفا عقلایی یا عرفی. لذا منظور علامه از این سخن که حجیت ظواهر کتاب و سنت مستند به یک امر عقلایی است، استناد به عقل است.
این توجیه البته هم با اعتباری دانستن امر حجیت منافات دارد و هم با مکتوبات محقق اصفهانی که عقل را در این امور ناتوان می‌داند. توجیه دوم اما این است که این فراز را با توجه به پاسخگویی علامه به اخباریون و کسانی که بر این نهج هستند، مورد ارزیابی قرار دهیم. به این معنا که علامه قصد اشاره به این امر را دارد که هر چند حجیت و معتبر بودن محتوای ظواهر کتاب و سنت و اصولا ظواهر عرف امری اعتباری و قراردادی است، اما شکل قیاسی که این محتوا در آن معنا می‌یابد، بی‌تردید حاصل استدلال‌های عقلی است که فلاسفه و منطقی‌ها سامان داده‌اند، بنابراین حجیت عقل چون در اصل دین مقبول است، در اعتقادات و باورها هم معتبر است؛ هر چند حجیت عقل نیز خود امری اعتباری به شمار می‌رود. ابداعات علامه البته به تدقیقات ژرف ایشان در امر حجیت و اعتباری دانستن آن خلاصه نمی‌شود. اما به‌نظر می‌آید موضع بهتری که امکان نشان دادن ابتنای یک نتیجه فقهی را بر یک اصل فلسفی دارد همین موضع است چرا که در این موضع ارتباط مستقیم فقه و فلسفه علامه طباطبایی به‌خصوص با توجه به‌نظریه ادراکات اعتباری روشن می‌شود.