خاکپور از جمله فوتبالیست‌های ملی پوش کشورمان است که بیشتر در پست دفاع یارگیر سمت راست بازی می‌کرده است.
وی در بازی فوتبال بازیکنی آرام بود و در باشگاه‌های زیادی از جمله پاس همدان، بهمن، پرسپولیس، گیلانک سنگاپور و رد بولز نیویورک آمریکا بازی کرده است.
خاکپور در ۵۲ بازی برای تیم ملی فوتبال ایران به میدان رفت و سابقه بازی در جام جهانی 1998، جام ملت‌های آسیا ۱۹۹۶ و مسابقات مقدماتی جام جهانی ۱۹۹۸ در کارنامه دارد.
محمد خاکپور از سال ۲۰۰۰ در کالیفرنیا ساکن شد و با تأسیس باشگاه فوتبالی به نام خود به مربیگری پرداخت.
او دارای مدرک ملی A مربیگری نیز هست و در سال ۱۳۸۵ مدتی کمک محمد مایلی کهن در تیم فوتبال فولاد خوزستان بود.
در آذر سال 1389 پس از استعفای دسته جمعی کادر فنی تیم استیل آذین (عابدزاده، پیروانی و شاهرودی، سه مربی مستعفی تیم استیل آذی) محمد خاکپور بنا بر تصمیم علی پروین به عنوان سرمربی جدید این تیم برگزیده شد و در لیگ‌برتر مشغول به کار شد. وی 10 اسفند همان سال به طور ناگهانی بعد از تمرین با بازیکنان تیم خداحافظی کرد.
وي در سال 1393 به عنوان مربي تيم اميد ايران انتخاب شد.