پس از شکایت برخی شهروندان اصفهانی از سازمان قطار شهری در سال 1385 دستور توقف عملیات اجرایی مترو را دادم، اما کسی به آن گوش نکرد.محمدرضا محمدی جرقویه در همایش بررسی مترو و ابعاد گسترده آن‌که توسط انجمن علمی راه‌آهن دانشگاه اصفهان برگزار شد، ادامه داد: پس از رسیدن تونل مترو به میدان تختی، بین سازمان قطار شهری و سازمان میراث فرهنگی درباره ادامه مسیر مترو اختلاف نظر بود؛ به همین دلیل، حکم توقف عملیات صادر شد تا در این زمینه تصمیم‌گیری شود، اما درنهایت، تونل مترو از زیر خیابان چهارباغ عباسی عبور کرد.
اشاره بازپرس نخستین پرونده شکایت از مترو اصفهان به اوایل شهریور سال 83 باز می‌گردد که آن زمان شاکی و وکیل پرونده عبور مترو از خیابان چهارباغ اصفهان گفته بود: چنانچه ایستگاه متروی چهارباغ از حریم خیابان چهار باغ تجاوز کند بازپرس پرونده دستور توقف عملیات احداث مترو را صادر خواهد کرد. محمدعلی دادخواه در رابطه با آخرین وضعیت پرونده عبور مترو از خیابان چهار باغ اصفهان نیز اظهار داشته بود:
بازپرس شعبه 5 دادسرای عمومی و انقلاب اصفهان به مسئولان کلانتری که ایستگاه متروی چهار باغ در حوزه استحفاظی آنان قرار دارد دستور داد تا بازدیدی از محل به عمل آورند و درصورتی‌که این عمل به درستی انجام نگیرد و چنانچه ایستگاه مترو از حریم خیابان چهارباغ تجاوز کرده باشد بازپرس پرونده دستور تعطیلی عملیات احداث مترو را صادر خواهد کرد. اما طرفداران و انجمن‌های دوستدار میراث فرهنگی نیز در سال‌های گذشته درباره تخریب‌های صورت گرفته در جریان احداث مترو اصفهان واکنش نشان داده‌اند؛ چراکه هربار خبری ماجرا را وارد روند دیگری می‌کرد، اما شاید مهم‌ترین خبر را بتوان انحراف عمدی دستگاه حفار دانست.
انتشار این خبر در دی‌ماه سال گذشته موجب شد تا حمیدرضا فولادگر، نماینده اصفهان در مجلس شورای اسلامی نیز درباره این خبر به همشهری بگوید که طبق گزارشی که از مدیرعامل شرکت مترو اصفهان به دست ما رسیده مشخص شده است که متأسفانه مسئله انحراف مسیر دستگاه حفاری به‌دلیل دستکاری برنامه وارد شده به دستگاه TBM بوده که از روی عمد انجام شده است. وی درباره میزان خسارت وارده و چگونگی جبران آن هم اظهار داشته بود: به‌طور حتم پس از بررسی‌های مربوطه خسارت وارده از محل مطالبات پیمانکار اخذ خواهد شد.
پس از خبری شدن این موضوع، مدیرعامل قطار شهری اصفهان نیز در یکی از نشست‌های خبری خود با تایید انحراف در مسیر دستگاه حفاری گفت: به‌دلیل نقص فنی در دوربین دستگاه حفار در تونل شرقی که در نامه شرکت VMT آلمان نیز به آن اشاره شده؛ 35 تا 40 درجه از مسیر اصلی منحرف شده‌ایم و در حال حاضر حفر این تونل متوقف شده است.
اما چند ماه پس از این موضوع که البته نتیجه نهایی دلیل انحراف دستگاه حفار نیز مشخص نشد، این بار نشست زمین در محدوده حفاری دستگاه تی‌بی‌ام در محدوده بلوار آیینه‌خانه موجب نگرانی شد. آن زمان یکی از کارشناسان سازمان قطار شهری و یکی از مهندسان پیمانکار هم که نخواسته بود نامی از وی برده شود در این خصوص گفت: دستگاه تی‌بی‌ام در حال حاضر مشغول حفاری زمین در این قسمت است و از سوی دیگر وسایل نقلیه نیز از این محل در حال تردد هستند اما گفته می‌شد که تمام این اتفاقات درپی انحراف دستگاه تی‌بی‌ام از مسیر اصلی خود به‌وقوع پیوسته است.
این در حالی است که با وجود تمام این اتفاقات برای بافت تاریخی اصفهان، عملیات ساخت مترو در این محدوده همچنان ادامه دارد و این دلیلی است برای اینکه بازپرس نخستین پرونده شکایت از مترو اصفهان با بیان اینکه هریک از شهروندان درصورت مشاهده هرگونه تخریب و آسیب‌رسیدن به آثار تاریخی که ثبت ملی شده‌اند، می‌توانند علیه افراد یا گروهی که مرتکب این عمل شده‌اند، شکایت کنند، یادآوری می‌کند: تخریب آثار فرهنگی در کشور جرم است و قانون 10سال حبس برای مجرم یا مجرمان در نظر گرفته است.