حالا که دیکتاتور مصری‌سرنگون‌شده، در دولت پس از انقلاب، همان روش ادامه یافته و مردم عادی پس از محاکمه نظامی به زندان انداخته می‌شوند. در حقیقت دولت موقت مصر برای تغییر دادن این شرایط کار چندانی انجام نداده است.
پیش از این گفته می‌شد از زمان شروع قیام، 10هزار مصری بازداشت شده‌اند. طبق آخرین گزارش‌ها، 7هزار نفر در زندان به سر می‌برند و سرنوشت سایر بازداشت شدگان نیز هنوز مشخص نشده است. البته آمار دقیق این افراد تاکنون معلوم نیست. به گفته گروه‌های حقوق بشر، شورای نظامی جزئیات دیگری در اختیار مدافعان حقوق بشر قرار نداده. این در حالی است که آنها از شورای نظامی درخواست کرده بودند آمار دقیق و اسامی غیرنظامیان را اعلام کند.
پیش از آنکه اعضای گروه مخالف با دادگاه‌های نظامی با شورای نظامی دیدار کنند این افراد خواستار توقف محاکمه نظامی غیرنظامیان شده بودند. این افراد تقاضا کرده بودند دولت امنیت تظاهرات و تجمع‌های آرام و صلح آمیز را تامین و 5کارگر میدان‌های نفتی را که در جریان اعتصاب‌های اخیر بازداشت شده‌اند، آزاد کند. این گروه اعلام کرد که خط تلفن ویژه‌ای را برای اطلاع‌رسانی درباره آخرین گزارش‌های مربوط به نقض حقوق بشر و دستگیری‌های مردم راه‌اندازی کرده‌است.
هبا مورایف، نماینده دید‌بان حقوق بشر در قاهره که در هفته نخست ژوئن به همراه سایر فعالان حقوق بشر با شورای نظامی دیدار کرده بود، می‌گوید نظامیان از رویکرد خود در استفاده از دادگاه‌های نظامی برای غیرنظامیان دفاع کرده‌اند. آنها دلیل این کار خود را بالا بودن میزان جرائم اعلام کرده‌اند. به گفته مورایف، به سختی می‌توان آمار اعلام‌شده از سوی دولت را باور کرد و در مورد صحت آن مطمئن بود؛« معترضان، فعالان اجتماعی و سیاسی، تبهکاران، مجرمان معمولی، حتی رهگذران عادی و بی‌گناه، همگی در این فهرست قرار دارند و به زندان محکوم شده‌اند».
زندانیان سیاسی یکی دیگر از موارد بحث برانگیز روزهای اخیر مصر بوده‌اند تا جایی که اوایل ژوئن کنفرانسی در حمایت از زندانیان سیاسی تشکیل شد. سندیکای کارگران مصر و کمیته حقوق زندانیان سیاسی خواستار آزادی بدون قید و شرط افرادی شدند که طی 30سال حکومت مبارک در زندان به سر برده‌اند.
mcclatchydc.com