با ادغام کمیته و شهربانی وی به عنوان فرمانده نیروی انتظامی نور و سپس به عنوان فرمانده نیروی انتظامی استان مازندران انتخاب شد.
رویانیان همچنین عنوان اولین فرمانده پلیس تازه تاسیس ۱۱۰ را داراست و تا سال ۱۳۸۰ رییس مرکز فوریت‌های پلیسی نیز بوده است.
چندی بعد وی به عنوان فرمانده پلیس راه انجام وظیفه کرد و تا سال ۱۳۸۴ در این سمت باقی ماند و همان سال جایگزین انصاری رئیس راهنمائی و رانندگی کشور شد.
همچنین سرتیپ پاسدار محمد رویانیان، از سال ۱۳۸۶ با حکم محمود احمدی نژاد به عنوان رئیس ستاد مدیریت حمل و نقل و سوخت کشور فعالیت کرده است.
وی همچنین به عنوان مدیر عامل شرکت حمل و نقل ریلی کشور نیز فعالیت می‌کند. شرکت مادرتخصصی حمل و نقل ریلی کشور در سال 1385 با مصوبه هیئت وزیران تشکیل شد و از جمله وظایف این شرکت، نظارت بر قطار شهری‌های کشور و ایجاد مدیریت یکپارچه و نیز تامین ناوگان و تجهیزات قطارشهری‌های کشور می‌باشد.
محمد رویانیان شهریور سال 1390، پس از استعفای حبیب کاشانی، از سوی هیات مدیره باشگاه پرسپولیس، با حفظ سمت به عنوان مدیرعامل این باشگاه انتخاب شد.
رویانیان در دوم بهمن ۱۳۹۲ از مدیر عاملی پرسپولیس استعفا کرد.