بر اساس این قانون، به منظور تشویق مردم به ادای زکات و سازماندهی امور مربوط در صورت اذن ولی‌فقیه و اعطاء اختیارات در چارچوب این قانون، «شورای مرکزی زکات» با عضویت نماینده ولی فقیه در شورا (رییس شورا)، رییس کمیته امداد امام خمینی (ره)، (قائم مقام و دبیر شورا)، معاون برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رییس‌جمهور، وزیر کشور، وزیر جهاد کشاورزی، وزیر امور اقتصادی و دارایی، وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی، رییس سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران، رییس شورای سیاستگذاری ائمه جمعه سراسر کشور، رییس سازمان تبلیغات اسلامی و یک نماینده از کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی با پیشنهاد کمیسیون و انتخاب مجلس به عنوان ناظر تشکیل می‌شود.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی دولت، دبیرخانه شورا در کمیته امداد امام خمینی (ره) تشکیل می‌شود. همچنین وظیفه جمع‌آوری و رساندن زکات به موارد مصرف بر عهده آن نهاد است که علاوه بر ارائه گزارش کار به شورا، بودجه مورد نیاز جهت اجرای این قانون را پیشنهاد می کند تا پس از تصویب شورا و با لحاظ ماده (4) این قانون توسط دولت در بودجه سالانه آن نهاد قرار گیرد و پس از تصویب مجلس شورای اسلامی، توسط معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رییس‌جمهور تخصیص اعتبار یابد تا به مصرف برسد.
بر اساس این مصوبه، وظایف شورای مرکزی زکات؛ تعیین خط‌مشی‌های اساسی درخصوص جمع‌آوری و مصرف زکات و تنظیم ضوابط و معیارهای مربوطه، سیاستگذاری امور تبلیغی و آموزشی در جهت آشنایی و هدایت مردم به ادای زکات و برنامه‌ریزی جهت ایجاد هماهنگی، نظارت و مشارکت مؤثر استانداران، فرمانداران،بخشداران، شوراهای اسلامی شهر و روستا و ائمه جمعه و جماعات سراسر کشور در اجرای این قانون است.
هرگونه اقدام در مورد زکات از قبیل جمع‌آوری و اولویت‌های مصرف آن مطابق نظر ولی فقیه و با اذن ایشان انجام می‌گیرد.
همچنین دولت مجاز است در جهت اهداف این قانون و بنا بر پیشنهاد کمیته امداد امام خمینی(ره) حداقل معادل ریالی زکات جمع‌آوری شده در هر سال را به علاوه ده‌درصد (10%) در بودجه سال بعد پیش‌بینی نماید و در اختیار کمیته امداد امام خمینی(ره) جهت مصارف اهداف این قانون قرار دهد.
کمیته امداد امام خمینی (ره) موظف است معادل ریالی زکات جمع‌آوری شده در هر محل را به همراه کمک‌های دولت در صورت اذن ولی‌فقیه به مصرف همان محل برساند. کمیته امداد امام خمینی(ره) با ایجاد بانک اطلاعات ملی زکات، گزارش عملکرد میزان زکوات جمع‌آوری شده در مناطق کشور، کمک‌های دولت و اقدامات رفع فقر و عمرانی و خدماتی انجام شده را به صورت دوره‌ای به شورای مرکزی زکات و کمیسیون‌های اقتصادی و اجتماعی مجلس‌شورای‌اسلامی منعکس کند.
بر این اساس، شوراهای زکات در استان، شهرستان و بخش در صورت اذن ولی فقیه یا نماینده مأذون از سوی شورای استان عبارتند از امام جمعه مرکز استان به عنوان رییس شورا، مدیرکل کمیته امداد امام خمینی(ره) استان به عنوان دبیر، استاندار، مدیران کل جهاد کشاورزی، اموراقتصادی و دارایی، بهزیستی، مدیر صدا و سیما و رییس سازمان تبلیغات اسلامی، شورای شهرستان عبارتند از امام جمعه به عنوان رییس، رییس شاخه کمیته امداد امام خمینی (ره) به عنوان دبیر، فرماندار، رییس اداره بهزیستی، مدیر جهادکشاورزی، رییس اداره امور مالیاتی و رییس سازمان تبلیغات اسلامی و شورای بخش عبارتند از امام جمعه به عنوان رییس، رییس شاخه کمیته امداد امام خمینی(ره) به عنوان دبیر و دو نفر معتمد محلی به انتخاب امام جمعه تعیین می‌شوند.
سیاست‌های تبلیغی و تشویقی در جهت ترغیب مردم به ادای زکات از قبیل اختصاص یارانه به کشاورزان و دامداران و نحوه اداره شوراهای استان، شهرستان و بخش و چگونگی تعیین معتمدان محلی در آیین‌نامه اجرائی این قانون پیش‌بینی می‌شود. هزینه‌های ناشی از اجرای این قانون تا حداکثر ده‌درصد(10%)، از محل وصولی‌های مربوطه تأمین می‌شود.
بر اساس این مصوبه، مسوول امور زکات و شوراهای آن در مراکز دهستان‌ها و روستاهای تابع، شورای بخش است و در موارد استثناء به دلیل گسترش امر زکات شورای شهرستان به تشکیل شورای مرکز دهستان و روستا اقدام می‌کند.