او از ۱۳۸۲ تا ۱۳۸۸ دادستان تهران و از ۱۳۸۸ تا ۱۳۸۹ معاون دادستان کل کشور بود. مرتضوی از ۱۳۹۰ تا ۱۳۹۲ ریاست سازمان تأمین اجتماعی را بر عهده داشت.
دی سال ۱۳۹۱ با رأی هیئت عمومی دیوان عدالت اداری، حکم مدیرعاملی سعید مرتضوی بر سازمان تامین اجتماعی ابطال و ۲ بهمن همان سال از سوی هیات امنای سازمان تامین اجتماعی عزل شد. وی در بهمن سال ۱۳۹۱ مجددا از سوی وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی به عنوان سرپرست سازمان تامین اجتماعی منصوب شد.
مرتضوی دادستان عمومی و انقلاب تهران در تاریخ ۲۴ آبان سال ۱۳۹۳ به صورت دائم از احراز شغل قضا انفصال پیدا کرد و همچنین انفصال وی از مشاغل دولتی به مدت ۵ سال نیز مورد تأیید قرار گرفت. وی در تاریخ دوم اردیبهشت ۹۷ دستگیر و برای اجرای حکم به زندان منتقل شد اما در شهریور ۹۸ و پس از گذراندن دوسوم از محکومیتش آزاد شد.